在芯片分析中，使用探针的信号强度来衡量表达量，但是探针的信号强度会受到噪声的干扰，所以需要去除背景噪声。差异
原创
2022-06-21 05:25:58
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对于DNA 甲基化芯片而言，探针水平的差异针对的是单个CpG位点，在大多数的研究中，比如cancer_vs_
原创
2022-06-21 05:25:36
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minfi 是一个用于分析DNA 甲基化芯片的R包。官网如下：> http://www.bioconduct
原创
2022-06-21 09:00:20
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对于原始的芯片数据，在分析之前，我们首先要做的就是质量过滤，主要是探针水平的过滤，包含以下三个方面；1. 过
原创
2022-06-21 05:25:29
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对于如何使用`minfi` 分析甲基化芯片数据，我们在之前的文章中详细讲解了每一步处理的具体用法。今天主要给
原创
2022-06-21 05:24:46
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minfi （ https://github.com/hansenlab/minfi ）这个 R 包，但是发现不管是 conda 还是 BiocManager::install("minfi") 总不能成功，依赖包贼多不说，有些依赖包还特别坑爹。 sparseMatrixStats （ https://github.com/const-ae/sparseM
甲基化分析应知应会的另一个R包：minfi，ChMAP包的很多的函数都有minfi包的影子。minfi使用起来也很简单，就是5个对象走一遍流程即可，下面还是用之前的GSE194282数据集进行演示！读取数据suppressMessages(library(minfi))和ChAMP包差不多，也是指定文件夹，文件夹内有IDAT文件和样本信息csv文件。baseDir <- "./gse1492
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2024-10-09 19:08:22
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