R语言 edgeR差异 r语言差异表达分析

文章目录

• 介绍
• 环境搭建

• 软件下载

• 结果展示

• 基因数据下载流程

• 基因数据处理

• 利用GEO分析绘制拟火山图

注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！

介绍

本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程，
 其中包括：
 	1. 基因数据下载
	2. 制图所需数据格式
 	3. 火山图制作流程
 	4. 聚类热图制作流程

环境搭建

软件下载

结果展示

基因数据处理

注意删除末行注释

基因数据下载流程

以GSE137578基因为例，先下载 如图所示文件，并解压如图。

1.

2.

3.新建一个excel,并将解压好的文本拖进去。

4.注意，打开后，此时我们需要对数据进行处理。

基因数据处理

1. 在以  ！开头的行，均是**注释行**，要全部删除，如图示，
2. 删除方法：选择好区域后，右键，删除整行即可

删除之后：

注意，尾部图片选择的整行都要删除：

删除尾部结果：

对于上述数据，我们所需要数据结构模样如上。

注意，我们上述下载的是基因实验数据，它用于绘制热图，这在第三章会详细说明，这里点击另存CSV即可。

利用GEO分析绘制拟火山图

1.点击分析

2. 如图步骤，

1.按住 Shift 选择组别，

2.标记组别

3.如此选择完你的组别

3. 进行分析

4.注意下面我们要绘制的火山图模样，我们点击下载表格即可

4. 文件格式是 tsv，我们利用excel打开，注意，在绘制热图时，我们需要它，所以，请进行备份！

5. 在这里，我们只保留以下列，注意记住以下列的名字，这非常重要，它将决定代码是否成功运行！

保留的列头行名：

1. GB_ACC（这是基因名，每个文件有所不同，按己索需）
2. P.Value（这里改名为FDR）
3. logFC
4. adj.P.Val
   你只要记住你要保留的每行头个单元名称即可，至于是什么，自己可决定。
   我们如下整理，请将非数据列放到开头。
   
   注意名称和另存格式
   
   之后，我们将利用此绘制火山图。