词法分析（Lexical Analysis）：分析由字符组成的单词是否合法，如果没有问题的话，则产生一个单词流。语法分析（Syntactic Analysis）：分析由单词组成的句子是否合法，如果没有问题的话，则产生一个语法树。在词法分析器分析源代码文本的时候，有一个概念需要明确：1.物理行：由回车字符序列（在Windows上是CR LF，在Unix上是LF）结尾的字符序列组成一个物理行
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2023-08-01 15:32:10
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# Python做CNV分析
## 1. 什么是CNV？
CNV全称为Copy Number Variation，中文名为拷贝数变异，是指基因组中长度为1kb以上的DNA片段的拷贝数目发生变异的现象。CNV是人类基因组中最常见的一种基因结构变异，它对于人类的遗传多样性和疾病易感性具有重要影响。
CNV的分析可以帮助我们了解基因组的结构变异，揭示基因突变与疾病之间的关联。在过去的几年中，随着高
原创
2023-08-24 20:10:19
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WGS数据分析目的：检测出每个样本基因组中的变异集合（不同样本中的差异序列）WGS数据分析流程分为三步：原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测1.原始数据质控阶段：拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据2.数据预处理阶段：read比对 -> sort排序 -> 去除重复 -> 局部重比对 -> 碱基质量校正（BQSR） -> 变
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2023-09-14 16:54:50
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01 引言之前发了几篇文章关于矩阵中 特征向量和PCA主元分析的文章，大家反响不错。当时并没有涉及到数学运算，只是大概讲了讲原理。这篇文章我们一起来一步一步解读PCA的计算过程如何用Python实现PCA分析 准备就绪 02 第一步：数据获取第一步，大量的数据收集是必须的。手边此时并没有数据，就通过python自己制造点数据吧。 构造数据框架 我们的项目计划是 看看 白种人和黄种人
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2024-04-20 21:43:42
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欢迎关注”生信修炼手册”!CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检
原创
2022-06-21 09:25:22
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欢迎关注”生信修炼手册”!基于全基因组数据来检测CNV是非常有效的一个手段，然而全基因组的成本还是挺高的。全
原创
2022-06-21 09:25:36
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欢迎关注”生信修炼手册”!CNV全称为Copy Number Variatiosn, 即拷贝数异常，是广泛存
原创
2022-06-21 09:56:35
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欢迎关注”生信修炼手册”!相比全基因组，全外显子组只针对外显子区域进行测序，更加的经济高效。全外显子利用特定
原创
2022-06-21 09:25:10
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什么是CNV？ copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of a particular gene varies from one individual to the
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2021-05-07 14:49:00
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一、什么是AARRR模型，以及为什么它如此受欢迎？让我们深入了解Dave McClure的模型。AARRR代表：用户拉新Acquisition 用户激活Activation 用户留存Retention 用户推荐Referral 商业收入Revenue二 、RARRA模型是托马斯·佩蒂特Thomas Petit和贾博·帕普Gabor Papp对于海盗指标-AARRR模型的优化。RARRA模型突出了用
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2023-10-03 11:30:01
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欢迎关注”生信修炼手册”!和xhmm类似，conifer也是一款利用WES的数据来检测CNV的软件。不同的是
原创
2022-06-21 09:25:28
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宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例，也
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2024-01-09 21:35:19
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除了利用aCGH和snp芯片来检测CNV之外，也可以通过NGS数据来分析CNV, 比如全基因组和全外显子测序。针对全基因组CNV的检测，还针对开发了一种称之为CNV_seq的测序策略，指的是低深度全基因组测序，只需要5X的测序深度，就可以有效的检测CNV。本文根据一篇2015年的综述来简单介绍下全基因组CNV分析的策略，文章标题如下Whole-genome CNV analysis: advan
原创
2022-06-21 09:58:59
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CNVscope是Sentieon推出的一款基于机器学习的全基因组CNV分析检测模块。该模块主要用于检测大于5kb的拷贝数增加或缺失，方法是通过分析reads的深度信息，并结合断点检测等其他特征进行拷贝数判断。
2.环境必备
原创
2024-09-02 16:28:49
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TCGA数据已经改版，workflow.type只有STAR-counts数据，改版后数据下载与预处理方法见：TCGA测序数据改版后的应对以下为改版前的方法：library("TCGAbiolinks")
library("SummarizedExperiment")一、数据下载1 GDCquery筛选-下载数据数据query <- GDCquery(project = "TCGA-PRAD
# WGS84 坐标系统及其在 Python 中的应用
## 1. 什么是 WGS84？
WGS84（World Geodetic System 1984）是全球定位系统（GPS）使用的坐标参考系统。它提供了一个三维地理坐标，包括经度、纬度和高程。WGS84 是一种地理坐标系统，广泛用于地图绘制、导航和定位等应用。
## 2. WGS84 的基本组成
WGS84的基本组成部分包括：
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原创
2024-09-01 04:36:10
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# 火星转WGS：一种坐标转换的探索之旅
在地理信息系统（GIS）领域，坐标转换是一个常见但复杂的任务。特别是在中国，火星坐标系（GCJ-02）与国际通用的WGS-84坐标系之间的转换尤为重要。GCJ-02由中国政府为保护地理信息数据而开发，因此在应用程序和导航服务中广泛使用。本文将介绍如何将火星坐标转换为WGS-84坐标，并提供Python代码示例，帮助读者深入理解这一过程。
## 一、坐标
欢迎关注”生信修炼手册”!基于全基因组数据分析CNV, 有以下4种经典策略read-pairsplit-re
原创
2022-06-21 09:25:41
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CNVnator是一款CNV检测软件，基于Read-Depth的分析策略，通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV, 源代码保存在github上，网址如下https://github.com/abyzovlab/CNVnator这个软件的安装比较复杂，我这里直接使用别人装好的docker镜像进行处理，这也是docker的方便之处，直接从源中下载别人已经装好的cnvnator的镜像，代码
原创
2022-06-21 10:12:05
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# Python WGS84 udeg 实现教程
## 1. 整体流程
为了实现"Python WGS84 udeg"，我们可以按照以下步骤进行：
| 步骤 | 描述 |
|---|---|
| 1 | 安装所需的库 |
| 2 | 获取WGS84坐标系统的经纬度数据 |
| 3 | 转换经纬度数据为度分秒形式 |
| 4 | 输出转换后的结果 |
接下来，我们将逐步指导你完成每个步骤。
原创
2023-11-25 07:43:25
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