# Python做CNV分析
## 1. 什么是CNV？
CNV全称为Copy Number Variation，中文名为拷贝数变异，是指基因组中长度为1kb以上的DNA片段的拷贝数目发生变异的现象。CNV是人类基因组中最常见的一种基因结构变异，它对于人类的遗传多样性和疾病易感性具有重要影响。
CNV的分析可以帮助我们了解基因组的结构变异，揭示基因突变与疾病之间的关联。在过去的几年中，随着高
原创
2023-08-24 20:10:19
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欢迎关注”生信修炼手册”!基于全基因组数据分析CNV, 有以下4种经典策略read-pairsplit-re
原创
2022-06-21 09:25:41
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CNVnator是一款CNV检测软件，基于Read-Depth的分析策略，通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV, 源代码保存在github上，网址如下https://github.com/abyzovlab/CNVnator这个软件的安装比较复杂，我这里直接使用别人装好的docker镜像进行处理，这也是docker的方便之处，直接从源中下载别人已经装好的cnvnator的镜像，代码
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2022-06-21 10:12:05
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欢迎关注”生信修炼手册”!CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检
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2022-06-21 09:25:22
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欢迎关注”生信修炼手册”!基于全基因组数据来检测CNV是非常有效的一个手段，然而全基因组的成本还是挺高的。全
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2022-06-21 09:25:36
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欢迎关注”生信修炼手册”!CNV全称为Copy Number Variatiosn, 即拷贝数异常，是广泛存
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2022-06-21 09:56:35
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欢迎关注”生信修炼手册”!相比全基因组，全外显子组只针对外显子区域进行测序，更加的经济高效。全外显子利用特定
原创
2022-06-21 09:25:10
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欢迎关注”生信修炼手册”!通过SNP芯片来检测CNV，对应的分析软件有很多，PennCNV就是其中之一，该软
原创
2022-06-21 09:27:04
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什么是CNV？ copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of a particular gene varies from one individual to the
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2021-05-07 14:49:00
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词法分析（Lexical Analysis）：分析由字符组成的单词是否合法，如果没有问题的话，则产生一个单词流。语法分析（Syntactic Analysis）：分析由单词组成的句子是否合法，如果没有问题的话，则产生一个语法树。在词法分析器分析源代码文本的时候，有一个概念需要明确：1.物理行：由回车字符序列（在Windows上是CR LF，在Unix上是LF）结尾的字符序列组成一个物理行
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2023-08-01 15:32:10
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欢迎关注”生信修炼手册”!和xhmm类似，conifer也是一款利用WES的数据来检测CNV的软件。不同的是
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2022-06-21 09:25:28
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除了利用aCGH和snp芯片来检测CNV之外，也可以通过NGS数据来分析CNV, 比如全基因组和全外显子测序。针对全基因组CNV的检测，还针对开发了一种称之为CNV_seq的测序策略，指的是低深度全基因组测序，只需要5X的测序深度，就可以有效的检测CNV。本文根据一篇2015年的综述来简单介绍下全基因组CNV分析的策略，文章标题如下Whole-genome CNV analysis: advan
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2022-06-21 09:58:59
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一、什么是AARRR模型，以及为什么它如此受欢迎？让我们深入了解Dave McClure的模型。AARRR代表：用户拉新Acquisition 用户激活Activation 用户留存Retention 用户推荐Referral 商业收入Revenue二 、RARRA模型是托马斯·佩蒂特Thomas Petit和贾博·帕普Gabor Papp对于海盗指标-AARRR模型的优化。RARRA模型突出了用
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2023-10-03 11:30:01
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欢迎关注”生信修炼手册”!excavator2是一款利用WES数据进行CNV分析的软件，其他同类软件通常只关
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2022-06-21 09:25:15
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欢迎关注”生信修炼手册”!CNV作为一种重要的基因组结构变异形式，与很多疾病的发生发展密切相关，疾病相关CN
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2022-06-21 10:11:46
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DECIPHER是一项国际化的合作项目，是一个由200多个临床中心和1600多个遗传学家和实验室构成的联盟，从各种生物信息资源中进行数据整合，提供了一套全面的工具来识别与患者表型相关的基因组结构变异，挖掘潜在的致病基因，所有的成果存在在一个在线数据库中，方便科学家查看和利用，对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，文章链接如下https://academic.oup.
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2022-06-21 10:12:23
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CNVscope是Sentieon推出的一款基于机器学习的全基因组CNV分析检测模块。该模块主要用于检测大于5kb的拷贝数增加或缺失，方法是通过分析reads的深度信息，并结合断点检测等其他特征进行拷贝数判断。
2.环境必备
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2024-09-02 16:28:49
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01 引言之前发了几篇文章关于矩阵中 特征向量和PCA主元分析的文章，大家反响不错。当时并没有涉及到数学运算，只是大概讲了讲原理。这篇文章我们一起来一步一步解读PCA的计算过程如何用Python实现PCA分析 准备就绪 02 第一步：数据获取第一步，大量的数据收集是必须的。手边此时并没有数据，就通过python自己制造点数据吧。 构造数据框架 我们的项目计划是 看看 白种人和黄种人
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2024-04-20 21:43:42
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知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发，对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细，用同样的工具也可做分析。 地址：https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda。 conda create -n cnv c
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2022-09-01 09:58:06
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亲测 好用推荐给大家1、打开系统盘C盘，依次找到路径\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\TextConv，找到“TextConv”这个文件夹，然后将其删除。2、在桌面左下方的“开始”“运行”中输入“regedit”，进入注册表编辑器，然后依次找到HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Micros
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2021-08-08 14:19:30
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