一、在线画图（行列分别最大为75）相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在circos官网（http://circos.ca/）的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种
相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家
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2023-11-22 22:37:29
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基本配置做好，接下来就是将各种各样的数据整合进circos环图里了，本章主要介绍links、highlights、text数据作图。LinksLinks主要试图利用连线关系，表明染色体上不同位置之间的联系。这在实际生物学问题中很常用，因为基因组往往在功能调控、空间结构上存在相互作用关系，而网络图就是最佳的展示方式之一。我们可以利用<<include>>单独引入links配置
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2024-07-19 16:35:38
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饼图：饼图（pie chart）可用于表示不同的分类情况，通过弧度的大小来对比各种分类。饼图通过将一个圆饼按照分类的占比来划分成多个切片，整个圆饼代表数据的总量，每个切片（圆弧）表示该分类占总体的比例，所有切片（圆弧）的加和等于100%。饼图清晰明了，很容易就能对数据占比进行主观比较，因此可以作为数据处理前对整体把握的一种手段。 饼图可以很好的帮助我们快速了解数据的占比，但使用时也有一些不足的地方
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2023-06-20 15:27:54
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是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75
原创
2024-06-26 17:27:58
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准备数据需要准备两个数据：一个是基因表达谱，另一个是基因的注释（可以为KO注释，也可以是别的什么注释）基因表达谱sample1sample2sample3...gene11.02.02.0...gene23.03.04.0...gene35.05.05.0...gene46.07.09.0..................通路信息geneKOpathwaygene1KO1pathway1gene
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2023-09-04 14:47:27
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# 使用R语言绘制Circos图
Circos图是一种用于可视化复杂数据关系的图形，广泛应用于生物信息学和社交网络分析等领域。通过环形布局，Circos图能够直观地展示数据之间的连通性和相互关联。在本篇文章中，我们将介绍如何使用R语言中的`circlize`包来创建Circos图，并通过具体的代码示例来展示这一过程。
## Circos图的基本概念
Circos图的核心思想是将数据以环形布局
原创
2024-09-06 05:02:02
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一.引言最近看B站视频，有大佬徒手用excel一个格子一个格子填充，撸出了钢铁侠的图片，惊奇的同时，我思考，用python是否可以更快速的完成呢？ps：由于最近重构了下代码，因此想看最新效果图以及GUI界面可直接前往文末二.任务分解既然原理是将excel的每一个单元格当作一个像素块，那我们是否可以通过opencv获取图片每个像素的RGB值，然后通过python对excel进行操作，给每个单元格填充
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2023-08-01 12:52:34
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在数据分析过程中，数据及模型可视化是无可避免的，同时这也是展示我们数据分析成果的最佳方式。因此，熟悉掌握绘图库的使用，对精进我们的数据分析技能起着不可替代的作用。在上一篇中，我们掌握了Matplotlib的基本操作技巧。在有一定的认识基础后，我们今天再来看看在python里另一个强大的绘图库——Seaborn。重温一下：Seaborn 是以 Matplotlib 为核心的高阶绘图库，
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2023-09-25 19:04:18
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目录1、绘制多个子图2、绘图在指定的子图上 3、subplots命令：快速生成多个子图框架 3.1 快速布局3.2 画一个图形 3.3 多个图形共用一个轴 3.4 与seaborn联合使用 3.5 使用数组方式指定子图 3.6 嵌套图在matplotlib中，所有的绘图操作实际上都是以Axes对象为独立的绘图区域进
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2023-08-07 14:00:17
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引言大家好,我叫circos。相信做生信的同学没有几个不认识我的吧,但我相信并不是每一个同学都画过我,对吧?我思考了一下,觉得原因无非有三:1)
完全没听过(好伤心); 2) 听过但不知道是干吗的(略感欣慰); 3)
听过也知道能干吗,但是不知道该怎么画(重点帮扶对象);针对这三个突出的问题,我将逐个击破,让你们彻彻底底地了(chong)解(bai)我。好了,话不多说我们开始吧。第一个问题和第
原创
2021-03-27 14:19:55
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rcos图（圈图）功能可展示的数据：基因密度、基因功能注释、CG...
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2023-05-07 19:58:57
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该文会讲解一些大家比较熟悉却又经常混淆的统计图形，掌握这些统计图形可以对数据可视化有一个深入理解，并正确使用。2.1 函数 bar()——用于绘制柱状图函数功能：在 x 轴上绘制定性数据的分布特征。调用签名：plt.bar(x,y)。参数说明x：标示在 x 轴上的定性数据的类别。y：每种定性数据的类别的数量。调用展示（1）代码实现# 使用的代码都是coding:utf-8的
impo
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2023-08-16 18:06:50
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networkX tutorial绘制基本网络图用matplotlib绘制网络图
基本流程：
1. 导入networkx，matplotlib包
2. 建立网络
3. 绘制网络 nx.draw()
4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用
最基本画图程序1 import networkx as nx #导入networkx包
2 impo
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2023-06-26 13:47:09
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问答环节问：在finetuning的时候，新问题的图像大小不同于pretraining的图像大小，只能缩放到同样的大小吗？” 答：对的：）问：目前dl在时序序列分析中的进展如何？研究思路如何，能简单描述一下么答：这个有点长，可以看看google最近的一系列machine translation和image description的工作。问：2个问题：1.目前Caffe主要面对CV或图像的
Circos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图和柱状图等都可以整合到Circos当中。特别是，Circos尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。1.绘制Circos图目前绘制Circos图的方法很多，perl语言、R语言等等都可以完成，今天分享的是TBtools的“AdvancedCircos”的可视化模式。TBtools中的“A
一组学生参加了数学、科学和英语考试。为了给所有的学生确定一个单一的成绩衡量指标，需要将这些科目的成绩组合起来。另外，还想将前20%的学生评定为A，接下来20%的学生评定为B，以此类推。最后，希望按字母顺序对学生排序。Excel中的数据表（自己一个个敲的，最讨厌做的事情TT） StuIdStuNameMathScienceEnglish1John Davis50295252Angela Wil
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2024-05-19 07:28:43
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因果图(Cause-Effect Graph)是用于描述系统的输入、输出以及输入和输出之间的因果关系、输入和输入之间的约束关系。因果图的绘制过程是对被测试系统外部特征的建模过程。在实际测试过程中，因果图和判定表两种方法往往同时使用，根据系统输入和输出间的因果图可以得到判定表，根据判定表产生设计测试用例。因果图需要描述输入与输出之间的因果关系和输入与输入之间的约束关系。表示输入与输出间的因果
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2023-11-29 10:28:59
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在数据可视化中，Circos图以其优雅和信息量大而受到广泛应用。尤其是在基因组学、网络分析等领域，它能够有效展示复杂的数据关系。在这篇博文中，我将分享如何使用Python实现Circos图的绘制，整个过程将从背景描述逐步深入到源码分析和应用场景等多方面进行探讨。
来看看我在分析不同数据时如何使用四象限图来评估不同方法的优缺点：
```mermaid
quadrantChart
titl
常见可视化工具pandas和matplotlib就可以直接出分析的图表了，最基本的出图方式，是面向数据分析过程中出图的工具； Seaborn相比matplotlib 封装了一些对数据的组合和识别的功能； 用Seaborn出一些针对seaborn的图表是很快的，比如说分布图、热图、分类分布图等。 如果用matplotlib需要先group by先分组再出图；Seaborn在出图的方式上，除了图表的可
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2023-08-10 21:40:41
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