准备数据需要准备两个数据：一个是基因表达谱，另一个是基因的注释（可以为KO注释，也可以是别的什么注释）基因表达谱sample1sample2sample3...gene11.02.02.0...gene23.03.04.0...gene35.05.05.0...gene46.07.09.0..................通路信息geneKOpathwaygene1KO1pathway1gene
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2023-09-04 14:47:27
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# 使用R语言绘制Circos图
Circos图是一种用于可视化复杂数据关系的图形，广泛应用于生物信息学和社交网络分析等领域。通过环形布局，Circos图能够直观地展示数据之间的连通性和相互关联。在本篇文章中，我们将介绍如何使用R语言中的`circlize`包来创建Circos图，并通过具体的代码示例来展示这一过程。
## Circos图的基本概念
Circos图的核心思想是将数据以环形布局
原创
2024-09-06 05:02:02
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饼图：饼图（pie chart）可用于表示不同的分类情况，通过弧度的大小来对比各种分类。饼图通过将一个圆饼按照分类的占比来划分成多个切片，整个圆饼代表数据的总量，每个切片（圆弧）表示该分类占总体的比例，所有切片（圆弧）的加和等于100%。饼图清晰明了，很容易就能对数据占比进行主观比较，因此可以作为数据处理前对整体把握的一种手段。 饼图可以很好的帮助我们快速了解数据的占比，但使用时也有一些不足的地方
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2023-06-20 15:27:54
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上一期“【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图3”介绍了R语言pheatmap包绘制按聚类结果分组的热图，本期主要介绍使用ComplexHeatmap和circlize包绘制环形热图，环形热图可以将过长的热图变为环状，从而节省空间和使基因标签变得更为的清晰及美观。1 数据准备数据输入格式（csv格式）： 2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("circli
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2023-07-31 10:45:29
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通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系。数据格式对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [options]举个例子chr1 1000000 2000000 chr5 3000000 4000000
构建输入
这次会以A. lyrata 和 A.thalina的基因
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2024-07-31 22:12:59
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# 教你实现R语言Circos plot
作为一名经验丰富的开发者，我将教你如何使用R语言实现Circos plot。Circos plot是一种用于可视化基因组数据的强大工具，它能够展示基因组的结构、变异和染色体间的相互关系。下面是整个实现过程的步骤表格：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 第一步 | 安装Circos软件 |
| 第二步 | 准备数据 |
| 第三
原创
2023-10-23 06:52:02
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circlize包circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的Github主页（https://github.com/jokergoo）。这个包有两个文档，一个是介绍基本原理的绘制简单圈圈图的，也是本次要介绍的。另外一份文档专门介绍基因组数据绘制圈圈图Genomic Circos Plot，我自己还没看完，下次再介绍。根据我的学习发现这个包与ggpl
# R语言Circos Plot解析
Circos Plot是一种以圆形图表形式展示多维度数据的可视化方法。它通常用于展示基因组、染色体、蛋白质互作网络等复杂关系的数据。
在R语言中，我们可以使用circlize包来绘制Circos Plot。本文将通过一个具体的案例来介绍如何使用R语言绘制Circos Plot，并解析其中的代码。
## 安装和加载circlize包
首先，我们需要安装c
原创
2023-10-26 17:38:16
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一组学生参加了数学、科学和英语考试。为了给所有的学生确定一个单一的成绩衡量指标，需要将这些科目的成绩组合起来。另外，还想将前20%的学生评定为A，接下来20%的学生评定为B，以此类推。最后，希望按字母顺序对学生排序。Excel中的数据表（自己一个个敲的，最讨厌做的事情TT） StuIdStuNameMathScienceEnglish1John Davis50295252Angela Wil
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2024-05-19 07:28:43
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相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家
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2023-11-22 22:37:29
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之前看过一张关于人口迁徙的图，感觉很惊艳，后面了解到Circos这个工具，虽然主要是用于染色体基因组的图的绘制，但是在其他方面也是有着很好的可视化效果汽车交易中的用户行为模式追踪How do customers "flow" between brands and car segments? 城市规划 人类迁移模式 政治辩论 1 网页可视化绘制ht
FIN=read.table(IN,header=TRUE) circos.clear() circos.par("start.degree" = 90) circos.initialize("chrB", xlim = c(0, 171823)) circos.track(ylim = c(0, ...
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2021-07-16 12:59:00
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是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75
原创
2024-06-26 17:27:58
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基本配置做好，接下来就是将各种各样的数据整合进circos环图里了，本章主要介绍links、highlights、text数据作图。LinksLinks主要试图利用连线关系，表明染色体上不同位置之间的联系。这在实际生物学问题中很常用，因为基因组往往在功能调控、空间结构上存在相互作用关系，而网络图就是最佳的展示方式之一。我们可以利用<<include>>单独引入links配置
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2024-07-19 16:35:38
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Accuracy（准确率）是机器学习中最简单的一种评价模型好坏的指标，每一个从事机器学习工作的人一定都使用过这个指标。没从事过机器学习的人大都也知道这个指标，比如你去向别人推销一款自己做出来的字符识别软件，人家一定会问你准确率是多少。准确率听起来简单，但不是所有人都能理解得透彻，本文将介绍Keras中accuracy（也适用于Tenso
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2024-04-01 00:00:15
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# R语言中的Circos图：基因的染色体定位
Circos图是一种用于可视化复杂数据关系的图形，特别适合显示基因组信息和基因定位。通过在环形坐标系统中显示数据，Circos图能够直观地呈现基因之间的关系，包括相互作用和位置。本文将介绍如何使用R语言绘制Circos图，并通过示例代码演示基因的染色体定位。
## Circos图的基本构成
Circos图通常由多个“轨道”构成，其中每个轨道可用
一、在线画图（行列分别最大为75）相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在circos官网（http://circos.ca/）的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种
1.什么是雷达图？ 雷达图是以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。轴的相对位置和角度通常是无信息的。 雷达图也称为网络图，蜘蛛图，星图，蜘蛛网图，不规则多边形，极坐标图或Kiviat图。它相当于平行坐标图，轴径向排列。 雷达图和折线图是是很相似的，只不过坐标轴由直线坐标轴，变成了极坐标轴。2.绘图前的数据准备 demo数据可以在https://www.
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2023-09-18 16:05:57
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SPSS只能完成主成分分析的一部分环节，主成分得分等计算尚需结合其他工具(如Excel)来完成，这对SPSS用户来说，是极不方便的。小兵建议大家直接采用R语言实现主成分分析，今天先送上一枚案例。使用R语言自带USJudgeRatings法官综合素质评分数据，每位法官均有12项维度打分，我们觉得用12个指标评价一位法官过于复杂了，现在请对12个维度打分变量进行降维处理，造几个主成分来用于综合评价。数
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2023-08-08 14:05:41
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雷达图简介雷达图是以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。轴的相对位置和角度通常是无信息的。 雷达图也称为网络图，蜘蛛图，星图，蜘蛛网图，不规则多边形，极坐标图或Kiviat图。它相当于平行坐标图，轴径向排列。像六边形战士就是说的马龙的力量、速度、技巧、发球、防守、经验六个方面的六维雷达图是六边形的。ggradar介绍我们将用ggradar这个包来绘
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2023-10-24 19:48:18
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