饼图：饼图（pie chart）可用于表示不同的分类情况，通过弧度的大小来对比各种分类。饼图通过将一个圆饼按照分类的占比来划分成多个切片，整个圆饼代表数据的总量，每个切片（圆弧）表示该分类占总体的比例，所有切片（圆弧）的加和等于100%。饼图清晰明了，很容易就能对数据占比进行主观比较，因此可以作为数据处理前对整体把握的一种手段。 饼图可以很好的帮助我们快速了解数据的占比，但使用时也有一些不足的地方
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2023-06-20 15:27:54
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准备数据需要准备两个数据：一个是基因表达谱，另一个是基因的注释（可以为KO注释，也可以是别的什么注释）基因表达谱sample1sample2sample3...gene11.02.02.0...gene23.03.04.0...gene35.05.05.0...gene46.07.09.0..................通路信息geneKOpathwaygene1KO1pathway1gene
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2023-09-04 14:47:27
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# 使用R语言绘制Circos图
Circos图是一种用于可视化复杂数据关系的图形，广泛应用于生物信息学和社交网络分析等领域。通过环形布局，Circos图能够直观地展示数据之间的连通性和相互关联。在本篇文章中，我们将介绍如何使用R语言中的`circlize`包来创建Circos图，并通过具体的代码示例来展示这一过程。
## Circos图的基本概念
Circos图的核心思想是将数据以环形布局
原创
2024-09-06 05:02:02
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# 教你实现R语言Circos plot
作为一名经验丰富的开发者，我将教你如何使用R语言实现Circos plot。Circos plot是一种用于可视化基因组数据的强大工具，它能够展示基因组的结构、变异和染色体间的相互关系。下面是整个实现过程的步骤表格：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 第一步 | 安装Circos软件 |
| 第二步 | 准备数据 |
| 第三
原创
2023-10-23 06:52:02
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# R语言Circos Plot解析
Circos Plot是一种以圆形图表形式展示多维度数据的可视化方法。它通常用于展示基因组、染色体、蛋白质互作网络等复杂关系的数据。
在R语言中，我们可以使用circlize包来绘制Circos Plot。本文将通过一个具体的案例来介绍如何使用R语言绘制Circos Plot，并解析其中的代码。
## 安装和加载circlize包
首先，我们需要安装c
原创
2023-10-26 17:38:16
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一组学生参加了数学、科学和英语考试。为了给所有的学生确定一个单一的成绩衡量指标，需要将这些科目的成绩组合起来。另外，还想将前20%的学生评定为A，接下来20%的学生评定为B，以此类推。最后，希望按字母顺序对学生排序。Excel中的数据表（自己一个个敲的，最讨厌做的事情TT） StuIdStuNameMathScienceEnglish1John Davis50295252Angela Wil
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2024-05-19 07:28:43
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FIN=read.table(IN,header=TRUE) circos.clear() circos.par("start.degree" = 90) circos.initialize("chrB", xlim = c(0, 171823)) circos.track(ylim = c(0, ...
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2021-07-16 12:59:00
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Accuracy（准确率）是机器学习中最简单的一种评价模型好坏的指标，每一个从事机器学习工作的人一定都使用过这个指标。没从事过机器学习的人大都也知道这个指标，比如你去向别人推销一款自己做出来的字符识别软件，人家一定会问你准确率是多少。准确率听起来简单，但不是所有人都能理解得透彻，本文将介绍Keras中accuracy（也适用于Tenso
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2024-04-01 00:00:15
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限制性立方样条函数（RCS）在比较非线性关系中很常用。既往我们已经讲过R语言制作限制性立方条图，但是讲得比较简单，中间有些环节没写出来，我也不是很满意，今天重新来说一下。主要是要用到rms包的rcs函数来绘制，继续用我们的乳腺癌数据来绘制，因为目前也没找到什么好的数据。 我们先导入包，导入数据library(foreign)
library(rms)
bc <- read.spss("E:/
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2023-08-31 17:09:12
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作者
傅兴提醒大家：在这个浪漫的情人节里也别忘记练习R编程哦！今天的R图秀就用R来制作一张情人节卡片送给你和你的另一半，愿天下有情人终成眷属！表达爱意肯定离不开❤️，所以首先要解决的问题是如何用R来画❤️。我在网上找到了一个很简单的方法：https://www.r-bloggers.com/make-a-valentines-heart-with-r/ 代码如下：画出来
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2023-09-14 09:36:21
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circlize包circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的Github主页（https://github.com/jokergoo）。这个包有两个文档，一个是介绍基本原理的绘制简单圈圈图的，也是本次要介绍的。另外一份文档专门介绍基因组数据绘制圈圈图Genomic Circos Plot，我自己还没看完，下次再介绍。根据我的学习发现这个包与ggpl
上一期“【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图3”介绍了R语言pheatmap包绘制按聚类结果分组的热图，本期主要介绍使用ComplexHeatmap和circlize包绘制环形热图，环形热图可以将过长的热图变为环状，从而节省空间和使基因标签变得更为的清晰及美观。1 数据准备数据输入格式（csv格式）： 2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("circli
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2023-07-31 10:45:29
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通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系。数据格式对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [options]举个例子chr1 1000000 2000000 chr5 3000000 4000000
构建输入
这次会以A. lyrata 和 A.thalina的基因
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2024-07-31 22:12:59
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一、在线画图（行列分别最大为75）相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！在circos官网（http://circos.ca/）的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种
R语言绘图—热图绘制原创 R语言与医学生 2022-06-24 20:59 发表于广东热图使用颜色来表示二维图中第三个变量的变化和大小。热图能清楚直观的看到数据的变化。今天就简单介绍下R语言中热图的绘制。我结合一份传染病的日常数据作一个展示。一、模拟数据这里模拟12年期间每个月份传染病的发病数，如下：mydata<-data.frame(
years=re
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2023-05-23 23:33:54
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数据可视化——R语言使用ggplot2工具包绘制分面的曲线图概述：R语言使用ggplot2工具包绘制分面的曲线图，即依据数据的不同属性进行分面显示，并详细设置了不同绘图参数，使得绘制的图形更美观。使用工具：R语言中的ggplot2工具包， RcolorBrewer颜色工具包RcolorBrewer包在我之前的博客有介绍，请参考：数据可视化——R语言使用ggplot2工具包绘制精美的条形图下面展示一
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2023-08-31 17:04:27
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pythonK线的柱状图怎么画在这里提了一个自问自答的问题来推广一种十分优雅的数据可视化工具，R的ggplot2包。其实我自己现在主要在使用Python和Pandas和Numpy工作，ggplot2应该是我留守在R里面最大的理由之一~在介绍ggplot2之前，我首先来介绍一下作者Hadley Wickham。Hadley (Rice University Department of Statist
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2024-03-07 13:48:42
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一转眼，2020年进入了下半年，看到身边的亲戚朋友都顺利升学开学，心里很开学。凡是预则立，不预则废。在硕士，博士以及课题规划中，我们常常要用的甘特图来展示我们的计划。今天演示一下如何用R语言画甘特图。有点是制图比较整洁，可以随意添加数据。放在开题报告和研究计划申请里很不错。首先看一下图：图中Y轴表示的是需要完成的任务，X轴是时间轴。每一条带表示一个任务的进程，其中黑色表示已经完成的部分，灰色表示没
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2023-10-17 17:38:52
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这篇推送使用了biscale工具包绘制了双变量填充地图。近来，小编发现使用常用的绘图工具包也能很便捷的绘制这种地图，而且灵活性更强一些。1 示例数据本篇使用的示例数据和上面转载的推送一样，关于数据的介绍可以点击上面的推送链接查看。library(tidyverse)
data <- socviz::county_data
albersusa::counties_sf(proj
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2023-12-30 20:57:12
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ggplot2包中绘制点图的函数有两个：geom_point和 geom_dotplot，当使用geom_dotplot绘图时，point的形状是dot，不能改变点的形状，因此，geom_dotplot 叫做散点图(Scatter Plot)，通过绘制点来呈现数据的分布，对点分箱的方法有两种：点密度(dot-density )和直方点(histodot)。当使用点密度分箱(bin)方式时
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2023-08-24 20:40:05
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