1. DBSCAN算法原理首先介绍该算法的主要概念与参数：(1) ε值：样本与样本之间的距离阈值，如果样本A与样本B的距离小于该阈值，则认为样本A在样本B的邻域内，同时样本B也在样本A的邻域内。(2) minPts：每一个样本的邻域内样本数阈值，如果该样本邻域内的样本数大于等于该阈值，则认为该样本是核心点。(3) 核心点：即邻域内的样本数大于等于minPts的样本。如下图所示，
最近整理点数据，顺便使用R中的包"qqman"绘制一张曼哈顿图，用起来是还很简单的，这势必要感谢前人给我们留下的宝贵资源，方便我们学习与思考，那么先说说这图是干嘛的，否则图与实际脱轨，导致学无用武之地。 曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究
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2024-01-17 08:49:56
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曼哈顿距离定义出租车几何或曼哈顿距离（Manhattan Distance）是由十九世纪的赫尔曼·闵可夫斯基所创词汇 ，是种使用在几何度量空间的几何学用语，用以标明两个点在标准坐标系上的绝对轴距总和。 两点在南北方向上的距离加上在东西方向上的距离d(i,j)=|X1-X2|+|Y1-Y2| 数学性质非负性：d(i,j)≥0 距离是一个非负的数值同一性：d(i,i)= 0 对象到自身的距离为0对称性
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2023-11-26 11:03:25
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热图注释前面我们介绍了如何绘制聚类热图，在这一节我们将介绍如何添加注释热图的注释是聚类热图的重要组成部分，能够将热图的行、列附加信息添加到热图中。ComplexHeatmap 提供了灵活的热图注释功能，可以在热图主体的上、下、左、右四个方向上添加注释，且支持自定义注释图形。热图注释使用 HeatmapAnnotation 类来构建，例如column_ha <- HeatmapAnnotati
前言刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程(都是爆满，2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了)，数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余，收到学员的反馈，说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前，我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议，因次借这次的ImageGP答疑，来给ImageGP正正名，是的，它不是ima
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2024-06-09 13:49:41
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1.1曼哈顿图曼哈顿图，Manhattan plot，它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个基因组上从左到右依次画出来。为了可以更加直观地表达结果，通常都会将p-value转换为-log10(p-value)。这样的话，基因位点-log10(p-value)在Y轴的高度就对应了与表型性状或者疾病的关联程度，关联度越强（即，p-value越低）就越高。而GWAS研究中，一般p-v
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2024-07-08 22:52:18
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# 如何在R语言中对比曼哈顿图
在生物信息学和统计学中，曼哈顿图（Manhattan Plot）通常用作展示基因组范围内的关联性，特别是在全基因组关联研究（GWAS）中。本文将教导你如何在R语言中生成和对比曼哈顿图。我们将通过几个步骤来完成这一任务，确保你能够清晰理解每一步的含义。下面是整个流程的概述。
## 流程概述
我们将进行以下步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|----
# 如何使用R语言画曼哈顿图
## 概述
曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于展示关联分析和基因组关联研究结果的图表。它可以帮助我们可视化大规模数据集中的关联性，特别是在GWAS（基因组关联研究）中的常见应用。在本文中，我们将教会你如何使用R语言画曼哈顿图。
## 准备工作
在开始之前，你需要在你的R环境中安装`qqman`包。你可以使用以下代码安装：
```markdown
原创
2023-08-30 10:44:38
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前言ggplot是一个拥有一套完备语法且容易上手的绘图系统，在Python和R中都能引入并使用，在数据分析可视化领域拥有极为广泛的应用。本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包，首先给几个我觉得最值得的理由：采用“图层”叠加的设计方式，一方面可以增加不同的图之间的联系，另一方面也有利于学习和理解该package，photoshop的老玩家应该比较能理解这个带来的巨大便利适用范围广，拥有详尽的
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2024-05-23 07:27:49
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曼哈顿图 Manhattan Plot
曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图）。
近几年，在宏基因组领域，尤其是差异OTU结合分类学结果，采用Manhattan plot展示有非常好的效果，倍受推崇。
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2024-05-07 10:32:03
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图论基础以及遍历算法图和多叉树的结构十分类似,不过一般通过邻接表和邻接矩阵来实现图的遍历图怎么遍历？还是那句话，参考多叉树，多叉树的 DFS 遍历框架如下：/* 多叉树遍历框架 */
void traverse(TreeNode root) {
if (root == null) return;
// 前序位置
for (TreeNode child : root.chil
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2024-06-02 15:59:56
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# R语言曼哈顿图加柱图实现教程
## 一、引言
曼哈顿图是一种用于展示基因组学研究中多重比较结果的图表。它通过在x轴上显示基因组位置，并在y轴展示显著性水平，通常用于全基因组关联研究（GWAS）。在这个教程中，我们将学习如何在R语言中实现一个曼哈顿图并结合柱图展示数据。
## 二、实施流程
为了更清楚地了解整个实现过程，下面是一个简要的步骤表格：
| 步骤 | 描述
原创
2024-10-14 04:47:59
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# 介绍
在数据可视化领域，ggplot是一种非常流行的R语言包，它提供了一种简洁而灵活的方式来创建高质量的图表。本文将介绍如何使用ggplot来绘制Iris数据集的图表，展示出其功能和优点。
# Iris数据集
Iris数据集是一个经典的数据集，包含150个样本和4个特征。每个样本代表一个鸢尾花的观测值，而特征则包括鸢尾花的花萼长度、花萼宽度、花瓣长度和花瓣宽度。这个数据集是非常适合用于数
原创
2023-10-14 09:06:46
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# 使用 R 与 ggplot2 创建热图
## 1. 热图的创建流程
在 R 中创建热图，最常用的工具是 `ggplot2` 包。下面我们将通过几个步骤来指导你如何使用这个包来创建热图。在开始之前，你可以参考以下流程表。
| 步骤 | 描述 | 代码 |
|------|---
原创
2024-08-25 06:55:33
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R语言的一个优势就是在于其强大的制图功能，其中ggplot以强大的制图能力著称，ggplot制图系列我会一直慢慢的写下去，除此之外还会更新GraphPad Prism制图系列。今天来说下，ggplot制作条形图，条形图也叫柱形图，用于显示各项之间的比较情况，常见的有单数据条形图，多数据条形图，堆积条形图，百分比条形图。 今天我们使用SPSS自带的汽车销售数据来演示条形图制作，需要使用tidyver
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2023-06-21 20:05:29
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# 用R语言做曼哈顿图
作为一名经验丰富的开发者，我会教你如何用R语言实现曼哈顿图。首先，我们来了解一下整个实现过程。
## 流程概述
以下是实现曼哈顿图的整个流程：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1 | 安装必要的R包 |
| 2 | 准备数据 |
| 3 | 创建曼哈顿图 |
| 4 | 自定义曼哈顿图的外观 |
| 5 | 保存曼哈顿图 |
接下来，我
原创
2024-02-01 11:11:46
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好消息，为庆祝自己暑假上蓝，并成功晋级为参赛队员。我决定在这个暑假集训中写一篇研究性报告，像那些国家集训队的人那样，当然质量没有那么高。我假装网上没有直接完整的关于曼哈顿最小生成树资料。于是自己就想做整理和详细解释的工作。后文会放上自己参考的blog，喝水不忘挖井人。 摘要: 曼哈顿最小生成树，是把最小生成树中两点直线距离的条件改成了在坐
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2024-05-08 16:54:28
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1、原理简述 为了对GMM-HMM在语音识别上的应用有个宏观认识，花了些时间读了下HTK（用htk完成简单的孤立词识别）的部分源码，对该算法总算有了点大概认识，达到了预期我想要的。不得不说，网络上关于语音识别的通俗易懂教程太少，都是各种公式满天飞，很少有说具体细节的，当然了，那需要有实战经验才行。下面总结以下几点，对其有个宏观印象即可（以孤立词识别为例）。
折线图可以反映某种现象的趋势。通常折线图的横坐标是时间变量，纵坐标则是一般的数值型变量。当然，折线图也允许横纵坐标为离散型和数值型。1.绘制单条折线图 有关时间序列的折线图library(ggplot2)
library(lubridate) # 处理日期时间相关的R包
Year <- year(seq(from = as.Date("2006-01-01"),to = as.Date("
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2023-07-11 22:21:30
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#前面的变成语言不是很规范，略看 #用ggplot作散点图>qplot(carat,price,data=diamonds)#演示数据集diamonds，作散点图，carat为横坐标，prince为纵坐标
>qplot(log(carat),log(price),data=diamonds)#由散点图发现二者有关系，于是对数化
>qplot(carat,x*y*z,data=di
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2023-08-10 20:10:44
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