1. 蛋白质准备文件从蛋白质文件中删除其他链和链，包括水分子(HOH)。在Ubuntu和Windows中，您可以使用vim、notepad++等编辑器。也可以使用以下命令删除hetatom:#linux
$ grep -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb
#windows
findstr -v HETATM 1zni.pdb > 1zni_new.pdb2
在Linux操作系统中，安装GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是许多科研工作者和学生经常面临的任务之一。GROMACS是一款用于分子动力学模拟的开源软件，它可以模拟大分子的运动和相互作用，广泛应用于生物物理学、药物设计等领域。
要在Linux系统中安装GROMACS并非一件复杂的事情，但需要按照一定的步骤来进行。首先，用户需要确
原创
2024-04-29 12:17:31
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GROMACS是一种在生物分子模拟领域得到广泛应用的软件，它能够对蛋白质、多肽和其他生物分子进行分子动力学模拟。为了在Linux系统上使用GROMACS，必须首先将其正确安装并配置，下面将介绍如何在Linux系统上安装GROMACS的步骤。
首先，确保你的Linux系统已经安装了所需的依赖项，这些依赖项包括cmake、gcc、g++、make、perl等。如果缺少这些依赖项，可以通过包管理器如a
原创
2024-03-28 10:06:45
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Linux系统作为一种常用的操作系统，其用户界面有多种选择，其中之一就是使用红帽系统。红帽系统被广泛应用于企业和个人计算机中，具有稳定性高、安全性强、易于管理和维护等特点，因此备受用户喜爱。下面将为大家介绍一些关于Linux系统下红帽的使用教程。
首先，对于新手来说，了解如何正确安装红帽系统是非常重要的。在安装过程中，需要选择适合自己的版本，通常有桌面版和服务器版可供选择。安装过程中需要注意选择
原创
2024-03-01 09:52:51
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在Linux中用vim写代码，但是不可能每次写的代码都没有错误，如果出错了，该怎么找出错误呢？ 在Linux中有个Linux专门的调试器—gdb，我们要学会使用gdb，这样对我们在Linux环境下编写代码有好处。 我们在Linux下写了这么一段代码： 这段代码的功能是将数组arr中的每个元素加起来，将结果返回给sum。 运行的结果如图所示，sum=3，很明显，结果是错误的，按理来说结果应该是55。
GROMACS介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推广的研究手段。分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究，特别是生物
原创
2021-06-09 17:35:08
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常用操作：登录账号、退出账号、绑定授权、解绑授权、更新授权、更换设备。
原创
2023-05-06 00:40:55
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前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 能量最小化 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.能量最小化6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果
但是在生成力场和电荷的时候，根据分子特征还要进行许多调整得到适合这个分子的具体参数，例如在计算电荷时使
目录一、linux内安装gdb二、使用gdb调试程序步骤1.执行程序2.调试设置断点开始调试debug版本与release版本的说明： debug版本：在编译阶段会加入某些调试信息，是给程序员使用的
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2024-09-06 06:04:25
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Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。
当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计 修改一
这里以ubuntu系统为例，其他Linux系统自行根据对应系统安装命令安装所需模组 ××××简化版××××依赖DependenceUbuntu安装gevent上传运行客户端退出How to install goagent in CentOS (include gevent) ?浏览器设置安装pyopensslNotice： 其他系统可能需要自行解决相关依赖问题Mac OSX用户可以使用GoAgen
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2014-08-06 14:22:14
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Gromacs安装WSL2 Ubuntu 20.04.6 LTS1. 安装WSL22. 安装必要的软件2.1 安装gcc、g++、cmake2.2 安装cuda（需要nVidia显卡）3. 安装Gromacs3.1 下载Gromacs3.2 安装3.3 测试Colab1. 首次使用1.1 上传gromacs-2022.tar.gz1.2 在Colab中使用（修改自己上传的gromacs版本）2.
Linux系统是一种类UNIX操作系统，是一种开源免费的操作系统。在Linux系统中，有各种不同的发行版，其中最知名的莫过于Red Hat Enterprise Linux（RHEL）。
RHEL是由美国红帽公司（Red Hat）开发的Linux操作系统，被广泛用于企业级应用和大型数据中心。作为一个专业的Linux发行版，RHEL提供了稳定性、安全性和高性能，并受到了许多企业的青睐。
在学习L
原创
2024-03-05 11:08:32
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安装准备cmake2.8.8 or later C,C++ 3.gromacs包http://www.gromacs.org/Downloads安装步骤tar xfz gromacs.tar.gzcd gromacsmkdir buildcmake ../-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录-DGMX_BINARY_SU
原创
2017-03-06 09:38:01
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Linux下通用打印系统CUPS使用教程 1.什么是CUPS CUPS(Common UNIX Printing System，即通用Unix打印系统)是FedoraCore3中支持的打印系统，它主要是使用IPP(Internet PrintingProtocol)来管理打印工作及队列，但同时也支持”LPD”(Line Printer Daemon)和”SMB”(ServerMessage
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2019-10-28 17:18:00
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原创
2016-06-29 15:09:49
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很早以前，试用过一次深度的OS，那时深度刚出自己的Linux修改版系统，过了有两年了，准备看看Deepin OS有什么变化，和雨林木风的Start OS比，有什么不同 1、安装的引导菜单和Start OS相同，我选择的是第二项，直接安装 2、选择语言，有英简繁三种 3、这一步会检测磁盘空间和网络，以
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2017-11-04 15:10:00
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这篇文章主要介绍了Linux系统下Mysql使用简单教程（一）的相关资料,需要的朋友可以参考下如果你会查询这些相关的问题，说明你是一个正在或者准备从事IT的程序猿，对于一个程序猿而言，不会使用linux系统的程序猿不是一好的程序猿哦！因为windows有时候真的让人很抓狂，而本人也相信没有什么习惯是不可以改变的。so以下都是在linux系统中的使用：安装mysql命令 ：$
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2021-07-06 13:50:26
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这篇文章主要介绍了Linux系统下Mysql使用简单教程（一）的相关资料,需要的朋友可以参考下如果你会查询这些相关的问题，说明你是一个正在或者准备从事IT的程序猿，对于一个程序猿而言，不会使用linux系统的程序猿不是一好的程序猿哦！因为windows有时候真的让人很抓狂，而本人也相信没有什么习惯是不
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2022-03-16 15:02:36
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