问题描述：想要对一批文献做分析，筛选出对自己有帮助的文献。作用：EndNote可以方便地进行文献检索，提高文献阅读效率，省去了逐篇下载阅读文献的步骤。使用方法：打开EndNote，新建库，库的作用是集中所需查阅的整类文献，比如“治疗”主题的、“恢复”主题的等。新建好库之后本地会生成一个.enl文件和一个.Data文件，只要把这两个文件做好备份，以后重装EndNote时就可以一键还原文献。新建分组，
Ensemble IDEnsemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。ID 格式Ensemble ID 个格式
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2024-05-06 17:53:01
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在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列。通常情况下，可以考虑以下3个数据库NCBIEnsemblUCSC这三个数据库都是公共的大型数据库，里面存储了很多物种的基因组序列。这3个数据库作为第一选择，如果这三个数据库中都没有你要寻找的物种，可以尝试寻找该物种特有的数据库。同一个基因组在以上三大数据库中的记录还是稍有不同的，以human为例，在NCBI中的链接如下https://www.ncbi
摘要：HiEngine与华为GaussDB (for MySQL)集成，将内存数据库引擎的优势带到云端，并与基于磁盘的引擎共存。HiEngine的性能比传统的以存储为中心的解决方案高出7.5倍。作者：云数据库创新Lab 。导读华为云数据库创新Lab在一作论文《HiEngine: How to Architect a Cloud-Native Memory-Optimized Database En
本地BLAST的使用 数据库的获取 最简单的方法是直接到NCBI或别的网站去下载 也可以将自己的序列，或与自己工作相关的序列进行整理构建成一个小型的数据库 注意：以上文件格式一般可存为fasta格式 构建BLAST用的数据库 将已构建好的数据拷贝到你所设定的数据库所在文件夹 运行cmd命令 在cmd环境中输入如下所示命令 formatdb –i inseqs.fa –p F –o T –n db_
# 如何使用MySQL访问Ensembl数据库
在生物信息学领域，Ensembl是一个重要的基因组和注释数据库，许多科研人员依赖它来获取基因组数据。本篇文章将指导你如何通过MySQL连接和查询Ensembl数据库。以下是实现的总体流程。
## 1. 流程概述
以下是连接和使用Ensembl MySQL数据库的步骤概述：
```mermaid
flowchart TD
A[下载和安装
在2018年8月举行的亚运会女子50米仰泳比赛中，中国队的刘湘以26秒98的成绩打破世界女子50米仰泳尘封9年的世界纪录，在赛场上刮起了中国旋风。一年之后的2019年10月2日，在另一个特殊的赛场上，中国人又破了一项尘封9年的世界纪录——全球数据库领域最权威的国际事务处理性能委员会（TPC）在其官网上宣布，阿里巴巴/蚂蚁金服的分布式关系数据库OceanBase打破数据库基准性能测试（TPC-C）的
第1章 Amazon Neptune 技术概述1.1 什么是图数据库Amazon Neptune 是一项快速、可靠且完全托管的图数据库服务，可帮助您轻松 构建和运行使用高度互连数据集的应用程序。Amazon Neptune 的核心是专门构建的高 性能图数据库引擎，它进行了优化以存储数十亿个关系并将图形查询延迟降低到毫秒 级。 Amazon Neptune 支持常见的图形模型 Property Gr
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
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2024-07-10 19:06:48
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基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据，肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量
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2024-07-08 20:16:16
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简介TASSEL是一个软件包，用于评估性状关联、进化模式和连锁不平衡。本软件的优点包括:1. 有机会使用一些新的强大的统计方法来进行关联映射，例如通用线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)。MLM是我们实验室发表在《自然遗传学》杂志上的论文——关联映射的统一混合模型方法——的一种技术的实现，它减少了与复杂谱系、家庭、创始效应和种群结构关联映射中的I型错误。2. 能够处理广泛的索引(插入和删除)
Ensemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAVANA的人工注释信息。Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基
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2023-10-21 15:56:26
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美国国家健康与营养调查（ NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey）是一项基于人群的横断面调查，旨在收集有关美国家庭人口健康和营养的信息。 地址为：https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/Default.aspx 数据库有5个信息栏：DEMO：人口统计学DIET: 饮食EXAM: 检查 LAB: 实验
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2024-10-01 11:08:35
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Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存
原创
2022-03-08 16:04:56
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真核生物基因组中的重复序列及其特点按照真核生物的DNA序列在基因组中的重复程度，大致上可以分为单一序列和重复序列两大类。1.单一序列单一序列（unique sequence ）是复性最慢的部分，一般由单一拷贝基因或仅重复数次的基因组成，也可称为单拷贝序列（single copy sequence ）。原核生物的大多数基因在单倍体中都是单拷贝的。单一序列最重要的功能是编码蛋白质，除极少数蛋
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2024-02-23 22:41:40
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大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
02.关系数据库大家好，我是小C，上期给大家分享——SQL数据处理本期分享内容：关系数据库本期小C邀请的是董旭阳老师（资深数据库架构师）为我们分享《SQL从入门到精通》专栏。S Q L关系数据库关系数据库（Relational database）是指基于关系模型的数据库。关系模型由关系数据结构、关系操作集合、关系完整性约束三部分组成。数据结构在关系模型中，用于存储数据的逻辑
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2024-05-12 17:40:04
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从上面几篇的决策树開始,就能够開始进入到集成学习(ensemble learning)了,与其说集成学习是一种算法,倒不如说集成学习是一种思想. 集成学习的思想也是非常自然非常符合人类直观理解的. 用通俗的不能更通俗的话来说,要是一个机器学习器解决不了问题,那就多训练几个.再把这些学习器结合起来完毕机器学习任务. 能够类比开会,一群人讨论得到的解决的方法一般比一个人拍板的要好. 用过集成学习之
相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
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2024-06-28 06:18:35
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图数据库ONgDB Release v-1.0.2
原创
2022-11-28 15:48:50
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