基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂
原创
2022-06-01 11:56:24
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代谢组学是继基因组学、蛋白质组学、转录组学后出现的新兴“组学”,自1999年以来，每年发表的代谢组学研究的文章数量都在不断增加，尤其是在疾病诊断领域，应用前景不可估量，今天咱们就聊一聊代谢组学在疾病诊断中的应用。代谢组学（metabolomics）的出现是生命科学研究的必然。在20世纪90年代中期发展起来的代谢组学，是对某一生物或细胞中相对分子量小于1,000的小分子代谢产物进行定性和定量分析的一
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2024-01-17 12:00:42
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生物学是一种复杂的学科，往往单一组学无法探究想要了解的生物学问题，这时就要运用到多组学联合分析。近年来，多组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学和代谢组学联合起来。16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决what h
代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头
原创
2022-06-01 11:56:02
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# R语言分析差异代谢物的流程指引
## 一、流程概述
在代谢组学中，分析差异代谢物的流程一般分为几个步骤。以下是一个清晰的步骤表：
| 步骤 | 描述 | 代码示例 |
|------|------------------------|--------------------------------
百趣代谢组学资讯：代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的新兴的组学技术，是系统生物学的重要组成部分，研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。代谢组学是对某一生物体组份或细胞在一特定生理时期或条件下所有代谢产物同时进行定性和定量分析，以寻找出目标差异代谢物。可用于疾病早期诊断、药物靶点发现、疾病机理研究及疾病诊断等。国内外研究
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2023-12-12 19:27:11
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转录组-蛋白组-代谢组关联分析简介蛋白质是生物体内执行功能的最终载体，蛋白质组学的研究主要以质谱蛋白质组学为基础。 代谢组学是系统生物学领域中的一个新兴学科， 它通过检测外源刺激或遗传修饰后生物体内代谢物的变化来探索整个生物体的代谢机制。对生物体内生命过程中产生的一系列代谢产物做全面的分析有助于揭示基因型和表型之间的联系，整合多组学分析是目前综合分析代谢产物的最有效的方法。转录组与蛋白质组数据依据
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2024-01-28 00:13:40
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1、KEGG简介KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起，称为 Ortholog Groups (KO entries)，每个 KO 包含多个基因信息，并在一
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2024-03-05 21:03:50
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关于筛选标记物筛选差异代谢产物通常基于OPLS-DA模型，因为它更易于进行模型解释，所有跟分组相关的信息都集中于第一维。筛选的标准通常是基于以下两个指标：Corr.Coeffs./p(corr) （Correlation Coefficient），是样本得分值t和变量X间的相关系数-Corr(t, X)，代表了变量的可靠度。该值没有固定阈值，通常设定对应的P值 < 0.05。VI
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2024-01-27 19:58:10
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手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基
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2024-02-06 20:13:20
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# 代谢转录数据挖掘：解锁生物信息学的奥秘
随着基因组学和代谢组学的不断发展，生物研究逐渐从单一基因或代谢物的研究转向系统生物学的综合分析。在这个背景下，代谢转录数据挖掘应运而生，成为分析基因表达与代谢物之间关系的一种重要工具。本文将带您深入探索代谢转录数据挖掘的基本概念、流程以及相关代码示例。
## 1. 代谢转录数据挖掘的基本概念
代谢转录数据挖掘是指通过数据挖掘技术，识别和探索基因表达
原创
2024-09-11 06:21:55
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KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。ko：
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2024-05-27 19:01:57
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继扩增子、转录组、蛋白组、基因组数据上传教程发布后，组学数据上传教程最后一弹--代谢组数据上传教程来罗，有需要的一定要点赞加收藏！后续上传数据遇到问题可以私聊小编！接下来我们来了解下代谢组学常用数据库MetaboLights以及如何上传实验的组学数据至该数据库。 MetaboLights 是E
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2023-12-01 15:10:44
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主成分分析（PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。本分析主要用于代谢组学中差异代谢物的筛选。数据集液相色谱高分辨质谱法（LTQ Orbitrap）分析了来自183位成人的尿液样品。sacurine li
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2024-01-31 00:47:41
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新一代的代谢组学 (Next-Generation Metabolomics)，在全世界范围内都是刚刚兴起。随着仪器分析工具的迅猛发展，代谢组学的研究也逐年增多，成为后基因组学时代，系统生物学的主要研究手段之一。代谢组分析产生了大量的生物信息数据 (Big Data) 。 代谢数据库的开发对于归纳总结这些大数据、方便后续的代谢组学数据分析、揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。本文归
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2023-11-24 09:12:33
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导读MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析、注释，并整合其他组学数据的工具套件。本文介绍了这一实用工具的更新版本——MetaboAnalyst 4.0。这次更新增加了四个新的关键特性，并重新设计了用户界面，其基础知识库的更新也基于人类代谢组数据库（HMDB）的最新数据。论文ID原名：MetaboAnalyst 4.0: towards more transparent an
今日主题： “易瘦体质”和“易胖体质”常被挂在嘴边，但其背后的生理机制远比想象复杂。今天，我们将超越简单的“管住嘴、迈开腿”，从基因、激素、乃至肠道微生物的角度，深入探讨人与人之间巨大的代谢差异。我们还将触及一种与代谢和营养相关的极端行为——异食癖。一、核心概念：能量平衡与基础代谢率能量平衡方程： 体重变化 = 能量摄入 - 能量消耗。能量消耗的三大组成部分：基础代谢率（BMR，占60-75%）：
简介代谢组学是在20世纪90年代中期发展起来，是研究生物体被扰动后(基因或环境的改变后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类及数量变化的一门科学。是继基因组学、蛋白质组学之后的新兴的组学技术, 是系统生物学研究不可缺少的重要基础学科之一。代谢组学通过揭示内在、外在因素的影响下，代谢整体的变化轨迹反映病理生理过程的一系列生物事件。通过对代谢组学数据进行分析，可以对生物体内的小分子代谢物进行定性定量分析，
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2023-11-24 20:47:19
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微生物组测序 （主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无法
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2024-04-11 13:07:26
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主要内容：1. 原始数据预处理概述；2. 主要分析软件汇总；3. 数据预处理的方法。1. 原始数据预处理概述1.1 数据预处理及其目的为什么要做数据预处理：代谢组学研究使用各种分析平台（主流是GC/LC-MS或NMR）从生物样品中提取代谢物数据。这些分析平台产生了大量复杂的数据。从这些数据中提取有用的信息需要一系列的数值处理，以将从仪器中获得的原始数据转换为可用于进一步统计分析的可用形式。
