1、KEGG简介KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起，称为 Ortholog Groups (KO entries)，每个 KO 包含多个基因信息，并在一
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2024-03-05 21:03:50
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kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047, 代表L-赖氨酸。除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息；对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08
原创
2022-06-21 05:21:53
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# Exploring Biological Pathways with Biopython and KEGG Database
Biological pathways are essential for understanding the complex interactions within living organisms. The Kyoto Encyclopedia of Genes
原创
2024-05-08 07:57:01
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复合糖作为糖类与蛋白质或者脂质结合的产物 ，在生物中分布广泛，具有重要的功能。GLYCAN 数据库收录了实验验证过的复合糖的信息，主要是结构信息。每条记录用G number 标识，比如 G00197。对于复合糖而言，搞清楚其结构只是最基础的研究，我们更加关注其在生命活动中的意义。kegg 将复合糖相关的基因，代谢途径, 疾病等信息关联在一起，通过pathway的形式进行展示。 在pathw
原创
2022-06-21 05:22:59
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已知KEGG数据库中ko_map.tab文件，K——>ko： 目标文件：map——>K 代码示例： #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($k
原创
2022-06-01 10:53:03
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学习目标RNA-seq
了解如何设计实验
R1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA在本教程中，将借助许多R包，带你进行一个完整的 RNA-seq workflow
2. 数据集本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014[1] 中的一部分数据进行演示。实验是在 HEK293F细胞中进行的，这些细胞，
我们经常会使用KEGG数据库来研究基因的功能，而在KEGG 数据库中，直接存储分子功能的就是KEGG Orthology 数据库。KEGG Orthology 简称KO,该数据库中的每一条记录用K number 唯一标识。基于同源基因具有相似功能的假设，把基因的功能进行了扩充。对于某个物种中功能研究的很清楚的基因，在不同的物种间搜寻该基因的同源基因，将这些同源基因定义为一个orthology, 用
原创
2022-06-21 05:22:14
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手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基
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2024-02-06 20:13:20
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KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。ko：
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2024-05-27 19:01:57
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Python 1. Theano是一个Python类库，用数组向量来定义和计算数学表达式。它使得在Python环境下编写深度学习算法变得简单。在它基础之上还搭建了许多类库。 1.Keras是一个简洁、高度模块化的神经网络库，它的设计参考了Torch，用Python语言编写，支持调用GPU和CPU优化后的Theano运算。 2.Pylearn2是一个集成大量深度学习常见
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2024-08-01 20:17:23
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