上次我们分享了：全基因组DNA甲基化实验怎么做：手把手教你做全基因组DNA甲基化测序分析，深受同学们的欢迎。本期，易基因小编给您讲讲简化基因组DNA甲基化实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等三方面详细介绍。 一、简化基因组DNA甲基化测序（RRBS）技术原理简化基因组甲基化测序 (Reduced Representation Bisulfite S
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2023-08-02 22:09:44
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单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(high sparsity)，具体表现为0非常多(zero inflation)。对于数据的分布给出合理的假设是非常关键的工作，是downstream analysis的基础。显然对于scRNA-seq的reads count数据，最常用的正态分布是不合理的。首先正态分布描述的是
BWA–MEM 算法执行局部比对和剪接性。可能会出现 query 序列的多个不同的部位出现各自的最优匹配，导致 reads 有多个最佳匹配位点。
原创
2021-06-09 23:24:16
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写在前面，听完生信技能树的生信课之后受益匪浅，因此做一些整理和自己的理解，再次感谢生信技能树一、概述 转录组是RNA转录本的集合，包括了在单个细胞或者大量细胞内的编码和非编码RNA。RNA在中心法则中是基因表达的起始，在一定程度上可以指示基因的表达或者某些LncRNA microRNA调控RNA的表达。因此我们通过了解单个细胞或者整体的RNA水平
目录0. 基础环境1. 质控trimmomaticfastqc2. 比对 & 比对后处理比对：bwa1）编译安装2）使用方法比对后：samtools/picard/gatk3. 变异识别（SNP/InDel）GATK4最佳实践_1：碱基质量分数校正（BQSR）GATK4最佳实践_2：Mutect2检测体细胞突变1）GATK最佳实践3_VQSR或hard-filtering4. 变异注释A
Frederick Sanger 是一位1918年出生于美国的生物化学家，曾经两度获得诺贝尔化学奖 。上世纪70年代末，他提出快速测定脱氧核糖核酸（DNA）序列的技术“双脱氧终止法”，也被称作“Sanger法”。早在2001年完成的人类基因组框图，采用的就是该方法。而且因准确率高，直到今天还在广泛使用，也被称为基因检测的金标准。下面我们来看看Sanger法是怎样测得基因序列的。Sanger ...
原创
2022-03-08 14:42:44
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一.读入10x数据并创建seurat对象#pbmc为外周血单个核细胞
library(Seurat)
pbmc.data <- Read10X(data.dir="E:/GSE152982_RAW/hg19")
pbmc <- CreateSeuratObject(counts=pbmc.data,project = "pbmc5k",min.cells = 3,min.feature
DNA 测序技术用以分析特定DNA 片段的碱基序列（腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤（G））的排列方式.图2 DNA 测序及拼接过程示意图 Fig. 2 Diagram of DNA sequencing and assembly测序完成后的第一步也是最重要的一步就是根据读序拼接回贴成完整的序列，其测序与拼接过程如图2 所示.拼接算法用于将测出的读序拼接成完整的染色体序列（chr
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2023-10-16 17:42:05
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写在前面2012年7月，走出学校，人生第一份工作，有幸在，首批首家进驻广州国际生物岛的企业进行工作。当年以实习生起，就负责年华南第一台Ion Torrent PGM测序仪器平台搭建，维护运行。到现在已经继续搭建Miseq、novaseq平台中。这6年一路见证着测序平台的发展。 2012年PGM，2013年proton，布局NIPT产前诊断、肿瘤panl精准医疗。后来life品牌被Thermo收购
高通量测序获取的原始数据是一条条reads，再经过检测和拼接形成完整的基因组序列。这千千万万条序列就相当于我们数据分析实验的材料，如果测序质量比较差，那么得出的结果……，嗯，你懂的。今天小编分享给大家一个常用的测序数据质控工具FastQC，它可以评估这些序列的质量并给我们出具一份报告，便于我们对测序结果有一个整体的把控，为后续的数据处理提供依据。接下来我们就一起探索一下如何使用这个软件查看自己测序
基因测序技术总结 作者：碱基矿工 前言什么是全基因组测序？全基因组测序，英文为Whole Genome Sequencing，简称WGS，指的是把物种细胞里面完整的基因序列，从第一个DNA开始，一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来，并排列好。全基因测序的意义？全基因测序，理论上可以得出基因组上任何类型的突变。包含了所有基因与其的生命特征的关联信息。测序技术第一代测序技术
高通量测序数据分析：高通量测序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系?1. 什么是read?高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是读序；就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。PE reads 就是 paired-
**简介**单细胞测序：单细胞测序从宏观来讲是指在单个细胞水平上进行测序。 单细胞转录组测序是指对于单个细胞水平上将mRNA反转录扩增后进行高通量测序的技术。单细胞测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。`` 单细胞测序基本步骤：对所选择的单细胞进行分离→扩增→进行高通量测
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2023-10-23 09:40:09
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抽象动机：高-产量未来-新一代测序技术使基因组和转录组的日益快捷，实惠测序，具有广阔的应用范围。测序数据的质量对于所有应用都至关重要。产生的数据中很大一部分包含错误，因此需要更有效的错误纠正程序。结果：我们提出了RACER（读取错误的快速，准确校正），这是一种用于校正测序数据错误的新软件程序。RACER比现有程序具有更好的纠错性能，速度更快，所需的内存更少。为了支持我们的主张，我们在各种真实数据集
宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例，也
什么是插入片段？在NGS基础 - 高通量测序原理中提到过文库的构建，具体如下图图中黑色片测序插入片段为 20...
原创
2023-04-26 09:39:16
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前言过去20年，得益于新一代高通量测序技术的发展，生命医学领域经历了翻天覆地的变化。这一技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学、表观基因组学和转录组学研究数据集。但是如何解读数据，使其在临床诊疗中发挥更大的价值？这是我们面临的难题和挑战。从第一代DNA测序发明到如今已经过去了四十年了，并且测序数据的发展也是日新月异，从一代到四代，测序读长的从长到短再到长
原创
2021-03-27 07:24:29
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# Python 测序引物设计
## 简介
在生物学研究中，测序引物设计是非常重要的一项工作。引物是指在DNA或RNA序列中特异性地结合并启动复制或扩增的短链。Python作为一种强大的编程语言，可以帮助我们快速、高效地进行测序引物设计。
## 流程概述
下面是测序引物设计的基本流程：
| 步骤 | 描述 |
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| 1 | 获取待测序的DNA或RNA序列 |
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一、测序质量值的意义测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种，例如红黄蓝绿分别对于ATCG，因此，对于每个结果的判断都是一个概率的问题 Phred Quality Score：分段质量分数Probability of incorrent base call：错误率Base call accuracy：准确率 1、最初Sanger中心用Phred
RNA测序（RNA Sequencing，简称RNA-Seq，也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，简称WTSS），是基于二代测序技术研究转录组学的方法，可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本、转录后修饰、基因融合、突变/SNP和基因表达随时间的变化，或在不同组中基因表达
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2023-07-31 17:27:29
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