写在前面，听完生信技能树的生信课之后受益匪浅，因此做一些整理和自己的理解，再次感谢生信技能树一、概述 转录组是RNA转录本的集合，包括了在单个细胞或者大量细胞内的编码和非编码RNA。RNA在中心法则中是基因表达的起始，在一定程度上可以指示基因的表达或者某些LncRNA microRNA调控RNA的表达。因此我们通过了解单个细胞或者整体的RNA水平
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2024-01-25 16:52:32
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“三代转录组”是什么？对于混迹在科研领域的一员，如果现在还不了解全长转录组测序，恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢！今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题，给大家来一个详细全面的解释，希望可以帮到爱学习的您哦！1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现
很容易在文章里面找到数据地址GSE81916 这样就可以下载sra文件数据下载部分第一步：在PubMeb上查找文献
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第二步： 根据文献的method部分找到RNA-Seq是如何存放的 第三步： 在GEO上查找GSE81916 GEO站点： https://www.ncbi.nl
空间转录组测序 概述 在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性
原创
2023-10-31 14:45:33
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转录组分析流程(有参和无参de novo)获得测序数据，Fastq格式，称之为Raw data。质量检测比对MappingQuantification|Quantitation差异表达分析补充：开始项目之前，先确立合理的文件目录结构。【1】Raw Data 处理理论知识高通量测序之所以能够能够达到如此高的通量的原因就是他把原来几十M，几百M，甚至几个G的基因组通过物理或化学的方式打算成几百bp的短
结果评估1. 质控：单细胞测序产生数亿的结果序列，不可避免的会出现低质量的测序结果，存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征，即碱基测序结果的错误率在1% / 0.1%以下的比例。理想的测序结的碱基质量均高于30。2. 细胞数量判断：主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。1) 过滤标准：由于细胞破碎后游离RNA会释放
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2023-10-17 08:50:19
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1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现了无需拼接的转录本分析，克服了传统二代转录组Unigene拼接较短、转录本结构不完整的缺陷，也由于其可直接获得单个RNA分子从5’端到3’端的高质量全部转录组信息而得名。2.为什么要做全长转录组测序？转录本非常多样和复杂，
实验记录：实验目的：下载参考基因组:hg19.UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质 hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta首先，我创建了rna-seq-analysis/目录来存放本次实验数据 目录如下：/public/biology2017/gaojiarui/customProDB/rna-seq-analysis 一、数据准备 参考基因组:hg19.UCSC
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2024-01-27 23:11:25
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# R语言进行转录组测序
## 摘要
在转录组测序中，R语言是一个非常强大的工具，可以帮助我们进行数据处理、分析和可视化。本文将介绍如何使用R语言进行转录组测序，包括整个流程和每一步所需的代码。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
Start((开始))
Step1[数据预处理]
Step2[数据质控]
Step3[差异表达分析]
原创
2024-03-10 06:42:01
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# 转录组测序分析入门指南
随着基因组学的进步，转录组测序分析在生物信息学的研究中变得越来越重要。对于刚入行的小白来说，掌握这一过程是至关重要的。本文将详细阐述转录组测序分析的流程，并通过 R 语言实现每一个步骤。
## 转录组测序分析流程
| 步骤 | 说明 |
|----------
sra文件转换为fastq格式fastq-dump -h--split-3也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件，那么它就会把成对的文件按*_1.fastq，*_2.fastq这样分开。如果还出现了第三个文件，就意味着这个文件本身是未成配对的部分。可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下，所以有一部分数据被删除了。 --gzip输出文件压缩成
RNA-seq最新利器——全长转录组测序1.三代测序技术PacBio SMRT Sequencing2005年以来，转录组测序和研究的主流是基于NGS，即所谓的二代测序技术，虽然二代测序技术极大地提高了测序通量，且能够发现novel的转录本，但是由于其先天的缺陷，测序读长只能达到几百个碱基（MiSeq可以达到PE300），在转录组结构分析方面，往往效果不尽理想，譬如检测新转录本、寻找可变
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2024-10-18 15:27:27
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做转录组测序前需要知道的那些事1.转录组的研究对象转录组包括特定细胞或组织在某一时期内表达的所有RNA的集合，包括各种small RNA，lncRNA（long non-coding RNA）及mRNA等，因此做转录组测序理论上可以研究各种长度范围的RNA序列。针对转录组的测序，通常称为transcriptome sequencing，或简称为RNA-seq。RNA-seq的研究对象，特定细胞的所
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2024-07-09 16:20:43
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大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析，获得对生物性状影响较大的通路信息；通过预测基因的反义转录本，丰富基因组注释内容；研究sRNA对mRNA的相互作用，从分子调控角度解释生物性状之间的差异。易基因针对检测原核菌个性化设
单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面，分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增方法：MALBAC方法及MDA方法，而单细胞转录组目前主要有三种方法：SMART扩增技术、10×genomics技术及Andeplete技术。要实现单细胞转录组测序，需要解决2个难题： 1.PCR偏差：单个细胞含有
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2023-10-31 14:41:29
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近年来，随着高通量测序技术的发展，转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。我们知道，很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“一基因一转录本”的模式，这些基因往往存在多种剪切形式。通过二代测序，可以很准确地进行基因的表达及定量的研究，但是由于读长的限制，不能得到全长转录本的信息。因此，基于三代测序平台的全长转录组成为新的研究热潮。全长转录组（Full-length tran
欢迎关注”生信修炼手册”!在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于
原创
2022-06-21 05:56:59
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可变剪切的概念可变剪切是指从一个mRNA前体中通过不同剪接方式，选择不同的剪接位点组合，所产生不同的mRNA剪接异构体的过程。可变剪切的分类：外显子缺失 (Exon skipping)；可变的5’端剪切 (Alternative 5’ splicing)；可变的3’端剪切 (Alternative 3’ splicing)；互斥外显子 (Mutually exclusive exons)；内含子包
基于二代测序的RNA癌症研究方法 基于DNA层面的癌症研究：一本字典 基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写
原创
2022-06-01 09:40:51
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1. 注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Log in，然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，点击图中Submit按钮进入提交数据页面。2. 生成Biosample编号1）进入S
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2024-04-25 06:24:43
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