笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基
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2022-01-07 15:25:41
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1. TASSEL的GLM和MLM分析结果质控后的plink数据和表型数据：GLM的GWAS分析结果：MLM的
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2021-10-11 09:35:48
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这是一个读者给我写信询问的问题：初学GWAS，应该知道，GWAS是干什么用的？我的理解，GWAS分为四部分：1. 数据清洗1.1 表型数据清洗删除异常值查看数据分布数据可视化1.2 基因型数据清洗MAFCall rateHWE2 关联分析2.1 一般线性模型GLM2.2 混合线性模型3 结果可视化3.1 PCA群体结构3.2 QQ图3.3 曼哈顿图3.4 LD衰减图4. 结果注释4.1 显著SNP注释ANNOVARsnpEFF4.2 基因聚类分析
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2021-06-04 22:01:05
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之前介绍过Excel的SNP数据（Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式），转为plink的：plink --file file --recode --out t
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2022-08-13 00:20:59
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这是一个读者给我写信询问的问题：初学GWAS，应该知道，GWAS是干什么用的？我的理解，GWAS分为四部分：1. 数据清洗1.1 表型数据清洗删除异常值查看数据分布数据可视化1.2 基因型数据清洗MAFCall rateHWE2 关联分析2.1 一般线性模型GLM2.2 混合线性模型3 结果可视化3.1 PCA群体结构3.2 QQ图3.3 曼哈顿图3.4 LD衰减图4. 结果注释4.1 显著SNP注释ANNOVARsnpEFF4.2 基因聚类分析
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2022-01-24 15:39:47
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今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？1. 导入基因型数据2. 导入表型数据和协变量表型数据：协变量文件：3. 构建kinship矩 致。3.3 Dominance_Cent
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2021-12-22 17:49:33
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今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？1. 导入基因型数据2. 导入表型数据和协变量表型数据：协变量文件：3. 构建kinship矩阵3.1 Centered_IBS这种方法，应该就是VanRaden的方法，中心化的IBS亲缘关系矩阵。构建的kinship矩阵：R语言比较：两者一致。3.2 Normalized_IBS这种方法应该就是Yang的方法：结果：R语言对比：两者结果完全一致。3.3 Dominance_Cent
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2022-01-12 10:13:39
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参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403环境：linux系统2. 安装软件首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法：https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/2.1 安装tasselgit clone https...
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2021-06-04 22:29:48
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参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403环境：linux系统2. 安装软tasselgit clone https...
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2022-02-16 15:55:01
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笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模
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2021-09-06 10:39:03
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笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分
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2022-01-07 15:27:48
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笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图已完成前两篇，本篇是第三篇。1. 将质控的plink数据读入到TASSEL软件上个教程中，质控后的数据：读取到TASSEL中：2. 构建k
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2021-07-30 16:11:50
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今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。笔记计划分为四篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图1. 下载安装TASSEL软件官网地址：https://www.maizegenetics.net/tas
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2022-01-12 10:13:41
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载安装TASSEL软件官网地址：https://www.maizegenetics.net/tas
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2021-07-23 15:23:58
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外面下着雨，笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第
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2021-08-26 17:51:05
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笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA第四篇
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2022-01-16 15:35:27
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外面下着雨，笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样
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2022-01-16 15:46:13
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昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据这里，我们查看一下基因型数
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2021-07-23 17:08:45
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昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。1. 导入后的基因型文件导入后的基因型数据：2. 对基因系数据进行质控这里TASSEL提供了SNP位点质控和样本质控。2.1 SNP位点质控这里，选择次等位基因频率为0.05，MAF小于这个的位点删除，质控后的基因型数据保存为*Filter为后缀。2.2 样本杂合度质控这里，我们没有对样本杂合
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2022-01-12 10:13:40
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TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/ 在TASSEL的下载文件夹中…\TASSEL5\TutorialData有示例数据 用此数据进行演示 依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据（这里面包含了分群、表型性状、群体结构）、群体结构、表型性状。 实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。一、加载数据点击Fil
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2024-08-05 11:07:02
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