昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据
这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。
1. 导入后的基因型文件
导入后的基因型数据：
2. 对基因系数据进行质控
这里TASSEL提供了SNP位点质控和样本质控。
2.1 SNP位点质控
这里，选择次等位基因频率为0.05，MAF小于这个的位点删除，质控后的基因型数据保存为*Filter为后缀。
2.2 样本杂合度质控
这里，我们没有对样本杂合度质控，如果需要的话，可以设置杂合度的区间。
3. 基因型数据导出
很多时候，纠结plink数据如何转化为hapmap格式，或者hapmap格式如何转化为plink格式，现在有方法了，在TASSEL过一遍，选择导出格式就行了。
编写啥代码，鼠标点点点不香嘛！！！
选择基因型数据，点击File --> Save As
可以看到支持很多格式：
3.1 导出plink格式
选择导出的格式为plink格式：
查看一下文件，re1-plink.plk.map, re1-plink.plk.ped
用git看一下导出的数据情况：
3.2 导出vcf格式
查看vcf结果：
3.3 导出Hapmap格式
查看导出的文件：
预览一下hapmap格式：
3.4 导出Hapmap Diploid格式
设置：
文件预览：
结果是二进制文件，不能预览。
3.5 导出HDF5格式
文件预览：
结果是二进制文件，不能预览。
4. 基因型导入plink中质控
这里，我们直接用导出的re1的plink文件，进行质控，质控后再返回TASSEL中。
plink --file re1-plink.plk --maf 0.01 --geno 0.1 --mind 0.1 --hwe 1e-4 --recode --out qc_plink
质控情况：
- 22个样本，由于缺失，删掉了
- 99个SNP，由于缺失，删掉了
- 0个SNP，由于哈温平衡，删除了
- 0个SNP，由于maf，删除了
质控后的结果保存为qc_plink.ped, qc_plink.map.
5. 质控后的plink文件，导入到TASSEL中
点击下面菜单：
下拉菜单中，选择plink格式：
选择对应的map和ped数据：
读取成功：
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