近日，MindSpore社区与北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京大学化学与分子工程学院、深圳湾实验室高毅勤教授课题组联合推出蛋白质多序列比对（Protein MSA）数据集，希望在标准化的数据集基础上，支撑研究人员开发先进的AI模型，加深对蛋白质结构、功能和进化的认知，并进行蛋白设计与改造。此数据集的相关代码及数据集说明已依托于华为全场景AI框架MindSpore进行开源开放、定期
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2024-07-30 16:24:45
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一、功能分类： 多序列比对二、软件官网：http://www.drive5.com/muscle/三、软件介绍： MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)。它是一款非常简单好用的软件，muscle也是肌肉的意思，也寓意此款软件功能强劲有力。 muscle是在2004年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件，在速度和精度上都优于Clustal
本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列
SNP的概念和特点单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变
目录目标物种和序列相关Seq列表多序列比对的原理和方法相关的工具建树的几种方法实际操作Muscle&ClustalW可视化结果newick文本MEGAX本地构建流程距离矩阵和自带建树手动建树结果关于NEWICK格式 目标物种和序列物种：冠状病毒中能够感染人的7种病毒
序列来源：NCBI上已经公布的Ref序列，我们只采用了其中的6种。相关Seq列表多序列比对的原理和方法相关的工具Clusta
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2024-01-09 15:20:11
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# 如何在Python中实现多序列比对
多序列比对是生物信息学中分析基因组、蛋白质或其他生物序列的关键技术之一。通过多序列比对，我们可以识别相似性、进化关系以及功能上的重要区分。在本篇文章中，我将指导你如何使用Python进行多序列比对。
## 流程概述
首先，我们先梳理完成多序列比对的流程。在这部分，我将以表格的形式展示各个步骤的概览。
| 步骤编号 | 步骤描述
# Python 多序列比对的入门指南
在生物信息学和数据科学中，多序列比对是一个非常重要的技术，它可以帮助我们了解同一生物种群中的不同个体之间的基因序列异同。今天，我们将带你一步一步走过多序列比对的流程，并且使用 Python 编写相应的代码。
## 多序列比对的流程
我们可以将多序列比对的过程分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
|
原创
2024-08-13 09:35:08
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【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对文章的文字/图片/代码部分/全部来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对1、多序列比对的定义和用途2、多序列比对的要求3、多序列比对工具——EMBL - Clustal Omega4、多序列比对工具——EMBL - TCOFFEE - Expresso5、多序列比对的保存格式6、多
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2024-01-05 22:31:04
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蛋白序列相似度比对可以得到蛋白相似度信息，以及分析同源蛋白在进化过程中的序列保守型，预测可能存在蛋白结构域。获得蛋白序列氨基酸序列的获取可以直接通过 cDNA翻译，也可以直接从Uniport上直接获取氨基酸序列。 以拟南芥中FLS家族中的FLS1,FLS3,FLS4,FLS5,FLS6五个基因（FLS2明显不一样）为例： 直接搜索FLS1，即可得到下面页面： 很明显，第一个就是想要的蛋白。直接点击
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2024-05-16 01:32:01
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以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ 大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研工作有所帮助，效果图如下：1、在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列，本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对，并得到序列比对图；2、打开C
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2023-11-04 21:19:07
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# 使用Python实现多序列比对的指南
作为一名新手开发者，了解如何在Python中实现多序列比对是一个重要的技能。多序列比对通常用于生物信息学中的基因和蛋白质序列分析。本篇文章将带你从头到尾完成这个任务，包括必要的步骤、代码实现以及注释，帮助你更好地理解整个过程。
## 流程概述
我们可以将实现多序列比对的过程分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述
# 多序列比对的Python实现
在生物信息学中，多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）是帮助研究蛋白质、RNA或DNA序列关系的重要工具。通过对多条序列进行比对，我们可以发现它们之间的相似性和差异性，从而推测其进化关系和功能。
在Python中，我们可以使用多种库来实现多序列比对。其中，最常用的库之一是`Biopython`。本文将介绍如何使用`Bio
原创
2024-08-23 08:04:15
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用一段序列的复杂度来测度这段序列可能是编码区呢？还是编码区？如果这短序列的复杂性越高，也就是说花样越多的话。这段序列越像是编码区。外显子是被内含子隔开的. 用数据库资源如何发现新基因通过数据库资源发现新基因的途径:1.这两个途径就是你用了什么样的数据库资源,利用数据库当中的基因组序列进行来发现新的基因.发现新的编码序列.通过实验得到的基因组序列发现先的编码序列。
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2024-04-18 14:25:02
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2、ClustalX进行多重序列比对2.1 首先，打开ClustalX，依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列（fas格式）。2.2 然后进行完全比对，依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”2.3 选择保存路径，点击“OK”。一般默认生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd文件，可以用“记事本”打开。由于*.aln
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2024-04-28 17:03:20
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#建库
#全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"
#Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
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2023-07-06 10:58:41
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本文翻译自 Understanding Partial Order Alignment for Multiple Sequence Alignment，原文链接在http://simpsonlab.github.io/2015/05/01/understanding-poa/Jared 开发的 Nanopolish 工具使用 poaV2 工具来对测序序列进行错误修正，poaV2 则使用了偏序比对的
主要内容1 背景2 在线blast3 本地blast3.1 老版本blast3.2 新版本blast背景序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许多看似高大上的基因分析，都
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2023-11-20 13:49:47
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今天要写的是《A Hybrid Multiobjective Memetic Metaheuristic for Multiple Sequence Alignment》。该文将多重序列比对问题建模为多目标优化问题，并提出了H4MSA算法（基于文化基因算法）来解决。何为多重序列比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）问题？多重序列比对是指对三个以上的生物学序列比对，如
Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为sub
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2023-11-19 08:59:19
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在Python中，具有相同数据类型的序列可以通过关系运算符进行比较。对序列进行比较大小，实际上就是对序列中的数据以“在字典中的顺序”（lexicographical ordering）进行比较，也就是出现在一本字典前面的数据要比后面的数据小。1 比较的方法1.1 当两个序列长度相同时对于比较两个长度相同的序列，先按照字典顺序，比较这两个序列的第一个数据值，如果能够比较出大小，则该结果即为这两个序列
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2023-05-28 18:02:44
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