SNP的概念和特点单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变
一，前言 之前关于GNN基础知识，GCN的一些编程知识，以及contact map的生成都讲了很多了，这周主要针对这份代码 https://github.com/595693085/DGraphDTA 进行分析。由于代码本身比较长，本周主要分析利用contact map提取蛋白质药物特征的部分。二，原码分析指定一下选中的cuda，载入模型，选择损失函数
转载
2024-07-08 15:59:55
284阅读
蛋白序列相似度比对可以得到蛋白相似度信息，以及分析同源蛋白在进化过程中的序列保守型，预测可能存在蛋白结构域。获得蛋白序列氨基酸序列的获取可以直接通过 cDNA翻译，也可以直接从Uniport上直接获取氨基酸序列。 以拟南芥中FLS家族中的FLS1,FLS3,FLS4,FLS5,FLS6五个基因（FLS2明显不一样）为例： 直接搜索FLS1，即可得到下面页面： 很明显，第一个就是想要的蛋白。直接点击
转载
2024-05-16 01:32:01
341阅读
强烈安利这款分析功能强大的蛋白质结构预测软件，用它！确定一种蛋白质的结构和功能是现代生物学许多研究的基础。在过去的几十年里，人们开发了许多用于结构预测的计算工具，其中 Phyre2 因其强大的分析能力与简单的操作被生物科研人员广泛使用，据统计每天都有约 1000 个任务提交到 Phyre2 服务器上。 Phyre2 分析能力强大，结果界面丰富直观，可以预测和分析蛋白质的结构、功能和突变。相比之前的
1．有关蛋白质结构的计算规律(1)假设氨基酸的平均相对分子质量为a，由n个氨基酸分别形成1条链状多肽或m条链状多肽：肽键数=脱去水分子数=氨基酸数-肽链数蛋白质相对分子质量的计算按照反应前后质量守恒定律计算形成肽链数形成肽键数脱去水分子数蛋白质相对分子质量1n－1n－1na－18(n－1)mn－mn－mna－18(n－m)[特别提醒]①计算多肽的相对分子质量时，除了考虑水的减少外，还要考虑其他化学
转载
2024-10-04 11:22:12
81阅读
主要内容1 背景2 在线blast3 本地blast3.1 老版本blast3.2 新版本blast背景序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许多看似高大上的基因分析，都
转载
2023-11-20 13:49:47
455阅读
Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为sub
转载
2023-11-19 08:59:19
217阅读
本文翻译自 Understanding Partial Order Alignment for Multiple Sequence Alignment，原文链接在http://simpsonlab.github.io/2015/05/01/understanding-poa/Jared 开发的 Nanopolish 工具使用 poaV2 工具来对测序序列进行错误修正，poaV2 则使用了偏序比对的
《引》 机会是需要你去铺垫创造，你去抢机会（你自己铺垫的机会也有可能被别人抢走），你去有能力抓住机会，机会并不是别人送给你的，机会是转瞬即逝的，你懂吗？ 我想给大家分享一下关于文案人员，我一下子想起了王文华写过的一篇小说《蛋白质女孩》，因为我们要找的文案就是这个样子。 “她日月座是狮子和双鱼，同时会讲日文和法语。她早起，起床后先跑半小时，吃了麦片才去公司。她贤慧，每天做
原创
2020-12-30 16:07:55
257阅读
说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--质谱仪的使用与维护
--纳升液相系统的使用与维护
--液质联用系统的检查和保养
--质谱运行状态的评估质谱仪的使用与维护之前我们讲到了质谱仪主要分为以下五个部分，那么我们就分别针对这些部分来讨论一下使用中可能遇到的问题。image质量分析器
转载
2024-01-23 09:05:09
326阅读
主要知识点：
--质谱仪性能参数：检测限、线性范围、分辨率和质量准确度
--串联质谱类型及工作原理
--质谱辅助系统质谱仪性能参数我们作为质谱仪的使用者，怎么来评估一台质谱仪的性能呢？或者说，我们如何选择质谱仪呢？质谱仪主要的性能参数如下图，就让小编来依次为大伙儿解释一下这些高大上的参数名称到底是啥意思吧。image检测限“官方”的定义是，与三倍噪音相当的物质的量，我们可以理解为这是质谱仪能够检测
转载
2024-01-18 22:14:57
175阅读
在生物信息学领域，蛋白质序列特征提取是分析生物分子特性、功能以及其相互作用的重要步骤。高效的特征提取可以助力药物发现、疾病预测以及个性化医疗等领域。
> 用户的原始需求是：“我们需要通过Python提取给定蛋白质序列的特征，从而进行后续的分析和建模。”
对于我们业务范围的规模模型，我使用以下公式来描述：
\[
N = P \times S
\]
其中，\(N\)代表处理的蛋白质序列数，\(P
# Python 蛋白质处理入门指南
在生物信息学领域，蛋白质序列的处理是一个重要而复杂的任务。对于刚入门的开发者而言，下面的步骤可以帮助你理解并实现简单的蛋白质处理流程。本文将以表格的形式展示处理的步骤，并详细介绍每一步的代码实现。
## 蛋白质处理流程
| 步骤 | 描述 |
|------|------------------------
PDB文件的介绍PDB（Program Data Base），意即程序的基本数据，是VS编译链接时生成的文件。DPB文件主要存储了VS调试程序时所需要的基本信息，主要包括源文件名、变量名、函数名、FPO(帧指针)、对应的行号等等。因为存储的是调试信息，所以一般情况下PDB文件是在Debug模式下才会生成。PDB文件的调用过程模块(Module)，EXE和DLL都可以称之为模块，因为它们都有自已独立
摘要反相蛋白阵列（RPPA）代表了一种功能强大的功能性蛋白质组学方法，可以以经济有效，灵敏和高通量的方式在许多样本中评估相当数量的选定蛋白质标记。这种基于定量抗体的检测方法已被广泛用于研究驱动肿瘤起始/进展的分子事件，并评估生物标志物和机制。并且当前的RPPA平台包含大约300个蛋白质标记物，涵盖所有主要的癌症信号传导途径。癌症蛋白质组图谱（TCPA，http://tcpaportal.org）是
原创
2021-03-27 07:21:38
1749阅读
点赞
主要知识点：
--液相色谱仪及组成
--液质联用技术液相色谱仪1906年，一位叫Tsweet的俄国科学家，发现了这么一个现象：在一个玻璃管里放了一些碳酸钙的粉末，也就是石灰粉，然后把胡萝卜捣碎后的石油醚提取液加到柱子里，随着石油醚的流动，他发现在柱子上形成不同的色带，其实就是胡萝卜里包含的各种色素在碳酸钙柱子里被分离开了。由于观察到不同的色带，所以他管这种现象叫色谱。image我们通过下面的示意图
转载
2023-10-05 21:32:07
134阅读
一、蛋白质的批量下载步骤1：进入PDB蛋白质结构数据库官网，点击PDB蛋白质结构数据库官网
图例：步骤2：点击左侧Download选项，进入下载页面，或直接点击下载页面
图例：步骤3：批量下载pdb文件批量下载文件需按照指定格式在下载页面的输入框输入PDB的ID.例如：4hhb,108d
注意：ID之间以英文逗号隔开
小技巧：在进行批量文件下载时，拿到的PDB文件ID可能并不是需要的以英文逗号隔开
转载
2024-01-18 21:19:42
1447阅读
29 岁的李煜目前在香港中文大学担任助理教授，他致力于围绕 RNA 和蛋白质开发机器学习、深度学习等人工智能算法，并将序列分析、结构预测、功能预测等应用于解决生物和医疗健康领域的挑战。在中国科学技术大学生物专业获得一等荣誉学士学位后，来到沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科技大学计算机专业获得硕士和博士学位，从那时起，他的研究方向从生物学转向了计算机科学和生物医药交叉。此前，李煜曾在美国麻省理工学院、美国哈佛
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ 大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研工作有所帮助，效果图如下：1、在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列，本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对，并得到序列比对图；2、打开C
转载
2023-11-04 21:19:07
546阅读
获得目的蛋白是在研究蛋白功能或者做抗体发现的过程中必不可少的一步。现在获取蛋白的来源很多，可以直接跟一些公司买成品也可以去一些CRO做定制服务，还可以自己扩出目的基因构建到载体中进行表达。如果是少量的蛋白直接购买不仅可以省时间也确实能省不少的事，但是如果是大量的蛋白大部分人可能还是选择自己表达纯化。因为直接买可能比较贵，毕竟没有谁的钱是大风刮来的。前面一篇文章介绍了通过NCBI和uniprot来
转载
2024-02-20 20:30:16
116阅读
