1. 目的：比较motif和一条长的氨基酸序列的相似性，其中motif长度比较短(4-30左右)，另一条序列长度较长(150-1500左右)。2. 思路：将整个motif看作一个移动单元，从长氨基酸序列的N端开始，向C端移动。在此之前规定motif和长序列对应位置上的氨基酸相似性评分规则，具体如下：假设aa1是motif上每个位置的氨基酸，aa2是长序列上每个位置的氨基酸。1. 当 aa1 ==
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2024-01-08 12:07:52
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整体步骤分为如下几步选择一个氨基酸将该氨基酸的分子条状结构显示出来根据该氨基酸分子条状结构与其他氨基酸之间形成的氢键确定其他氨基酸将其他氨基酸变成特殊颜色0.1 首先要安装pymol0.2 然后打开pymol，load进来你所要处理的结构文件前提是你本地已经下载好了你要处理的结构文件1.选择一个氨基酸在pymol最上面的工具栏勾中Display-> Sequence 然后就会看到你load进
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2023-10-09 15:14:21
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# Python统计氨基酸序列
氨基酸是构成蛋白质的基础单位，而蛋白质在生物体内执行着众多重要的生理功能。为了深入认识生物体内的蛋白质，分析氨基酸序列的组成和分布是一个核心环节。在本文中，我们将介绍如何使用Python编程语言统计氨基酸序列，并且提供代码示例和简要的解释。
## 氨基酸序列的基本概念
氨基酸序列是通过苯丙氨酸、丙氨酸、赖氨酸等20种标准氨基酸链接而成的线性链。这些氨基酸通过肽
一、计算胰岛素序列中的氨基酸频率任务：计算在这条蛋白质序列上20种氨基酸出现的频率是多少？思考：1、有多少半胱氨酸可以组成二硫键？2、是否有特殊的非极性残基数目表明存在可跨膜的结构域？3、是否有大量阳性电荷残基可以参与核酸结合？insulin = 'GlVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT'
amino_acid = 'ACDEFGHI
1、导读分子进化的重要原理如基因进化的重复进化(gene duplication)、分子钟等(moleculer clock)都是通过研究氨基酸序列发现的。这里之所以先介绍氨基酸进化的原因：1）比DNA序列更加保守2）蛋白质编码基因的DNA序列的对位排列分析上，需要氨基酸序列矫正3）氨基酸的进化演变模型比DNA序列简单的多本章的重要目的：介绍两个氨基酸序列间进化距离(evolutionary di
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2023-11-06 19:47:26
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第二章：序列比对(1)生物序列有自己的书写格式，而且格式很多。不同的处理软件会用到不同的格式，但是最常用的，大多数软件都识别的格式是 FASTA 格式。我们用一致度(identity)和相似度(similarity)这两个指标来定量描述序列有多相似。一.替换记分矩阵替换记分矩阵是反映残基之间相互替换率的矩阵。也就是说，它描述了残基两两相似的量化关系。比如图2.1 就是一个替换记分矩阵。矩阵中行和列
PhyML利用氨基酸序列建树步骤(核酸建树也可以作为参考)前言：本文阅读对象适合建树新手，生物信息学高手请勿嘲笑，其中有什么错误还恳请指点。为什么要建树及其你要解决什么问题这里不做讨论，只是一个纯粹的建树过程，前期的序列收集过程自己费心，根据自己的需要来做。这里主要是最大似然法来建树，NJ法像mega这些软件中都有集成，最新的mega7也集成ML法，不过模型及各种参数不一定适合你，所以学习多种多种
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2023-11-26 10:47:30
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PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。这里再额外提一句，Aspera的使用需要足够的学习，学会如何解决报错，如何解决网络协议问题。 这次我再介绍一个简单使用的软件——PyMOL的使用，昨天晚上，我的好朋友反馈给我说这个软件教程密密麻麻一堆，不知道如何下
这篇代码写的可能有点问题，大家如果有需要，去看另一篇吧。如果有啥不足，请批评指正。在python平台上利用pymol来查找PDB文件中蛋白质的相互作用位点关于蛋白质结合位点，查阅了很多篇文献，大多数都是关于如何定义结合位点的，却没有说明该如何去找结合位点。大多数都是说从PDB库中下载蛋白质结构数据，但是却没有说下载过数据之后该怎么做。偶然间从论坛上看到利用pymol软件可以解析PDB文件中的原子坐
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2023-12-20 06:17:28
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氨基酸及其种类1、氨基酸时组成蛋白质的基本单位(或单体)通式： 2、物理性质：(1) 色泽和颜色：各种常见的氨基酸易成为无色结晶，结晶形状因氨基酸的结构不同而有所差异(2) 熔点：氨基酸结晶的熔点较高，一般在200～300℃，许多氨基酸在达到或接近熔点时会分解成胺和CO2。(3) 溶解度：绝大部分氨基酸都能溶于水。不同氨基酸在水中的溶解度有差别。(4) 味感 氨基酸及其衍生物
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2024-01-03 16:47:35
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# Python中的氨基酸序列特征提取
氨基酸序列的特征提取是生物信息学中的一个重要任务，用于分析蛋白质的结构和功能。通过提取氨基酸序列中的特征，研究人员能够更好地理解生物分子的特性，实现如蛋白质分类、结构预测等目标。在本篇文章中，我们将通过Python代码示例，演示如何从氨基酸序列中提取特征。
## 氨基酸序列特征提取流程
我们将采用一个简单的流程来进行氨基酸序列特征提取。这个流程包括以下
原创
2024-09-04 04:35:56
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# 如何使用Python对蛋白质序列进行氨基酸转换
## 简介
作为一个经验丰富的开发者，我将会指导你如何使用Python对蛋白质序列进行氨基酸转换。这是一个非常常见的任务，尤其在生物信息学领域中。我们将使用Python的BioPython库来完成这个任务。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
A(获取蛋白质序列) --> B(使用BioPython进行转换)
原创
2024-05-22 03:23:01
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生物信息学资料1，常用软件，酶切位点分析
2010-04-02 8:27
一、生物信息学软件简介（一）分类 •单机分析软件，如：winplas•在线分析软件， 如：webcutter•生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI（二）意义 1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的
原创
2023-11-07 12:21:00
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在线序列转换的工具： Nucleotide Sequence Translation Protein Sequence Back-translation http://bio.lundberg.gu.se/edu/translat.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/st
原创
2023-11-06 14:58:45
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做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。Pymol的笔记3软件安装与初始设置3Pml格式的右键菜单3软件使用难题与Bug3单字
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2024-04-21 06:59:16
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# Python 统计氨基酸数量并按降序列出
在生物信息学和计算生物学的领域，氨基酸是构成蛋白质的基本单位。了解氨基酸在特定序列中的分布情况对于研究蛋白质结构和功能至关重要。本文将介绍如何使用Python来统计氨基酸的数量，并按降序列出。
## 基本概念
氨基酸是由碱基序列组成的，每个氨基酸都有一个对应的单字母代码。例如，甘氨酸是“G”，丙氨酸是“A”，等。我们可以通过读取蛋白质序列，统计每
三联密码表 测试 结果 MFGDAT_R
原创
2022-05-31 21:38:07
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在生物信息学中，使用R语言的ape包绘制氨基酸序列进化树是进行系统发育分析的重要步骤。通过这篇博文，我将详细记录使用R语言结合ape包绘制进化树的全过程，包括环境配置、编译过程、参数调优、定制开发、安全加固和部署方案等多个方面。
### 环境配置
在开始之前，我们需要为R语言环境配置必要的包和版本。具体环境配置如下：
1. **R及相关包安装**
- R: 4.1.0
- ape
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。 同源建模基于两个原理。第一，一
