基因组注释基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合: (1) 分析mRNA 和EST数据以直接得到结果; (2) 通过相似
作业要求：在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。
作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。 参考基因组--下载地址：UCSC https://genome.ucsc.e
GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。Cufflinks/Tophat 软件需要 GTF文件作为基因注释文件。 GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。目前两种文
转载
2024-06-24 05:28:03
138阅读
转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read， 相
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没
转载
2023-08-24 11:20:26
310阅读
AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences，一款真核生物基因组基因结构预测软件，因为公司用到了这个软件，第一次做这个工作，先重复人家工作，首先就是安装了。发现这个软件依赖还算不少，网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如
前两次我们讲了数据挖掘中比较常见的两类方法。这次我来介绍一下ensemble（集成技术），总的来说，ensemble技术是归类在分类中的。它的主要原理是通过集成多个分类器的效果来达到提高分类效果的目的。简单我们可以通过两张图片来看看集成的效果：图一为多个基分类器单独工作时的分类效果图。图二为集成分类器的分类效果。我们可以看到集成分类器的分类曲线明显会平滑的多。来个比喻，在一件事情的表决上面，一个人
1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA，它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能，并不需要翻译成蛋白质。 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan
原创
2022-09-01 09:35:37
5058阅读
点赞
annotation_2019_exercises1_v2 (cornell.edu)[https://biohpc.cornell.edu/d...
原创
2022-03-17 14:04:12
876阅读
叶绿体基因组分析须要注意的地方（注释篇） 上期我们讲了组装问题，在组装完成后，就需要对序列进行注释了，叶绿体基因组的注释通常是经过同源比对注释的，同源注释的软件比较多，针对叶绿体基因组注释的软件也有很多，但是目前还没有一款可以得到完美注释结果的软件，所以学会自己检查注释的正确与否很重要。由于基于的是同源比对，那么参考的选择十分的重要，这里要注意一点，不是已经发表的叶绿体基因组
转载
2024-04-20 10:47:26
520阅读
Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有
原创
2024-09-18 13:54:07
641阅读
Yang, H., Bell, T., Churchill, G. et al. On the subspecific origin of the laboratory mouse. Nat Genet 39, 1100–1107 (2007). https://doi.org/10.1038/ng2087Supplementary Text and Figures这篇2007年发表在NG上的文章
参考基因组及注释下载现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参考基因组存储网站三个： ENSEMBL UCSC NCBIUCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。 现阶段
转载
2024-05-11 13:45:39
1140阅读
1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息； 利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解； 已测序的基因组是宏基因组Reads来源确定最可靠的基础，探索与先前基因组密切相关的生物体基因组结构； 从独立测序转变成从环境中直接测序感兴趣的生物体的开始； 已分
转载
2024-06-18 06:12:59
93阅读
叶绿体基因组注释基因组注释和基因组组装是叶绿体分析中十分重要的两个工作，是所有后续分析的基础。所以一定要拿到正确的注释文件之后再开始做分析。 目前常用的软件有Geseq、PGA、CPGAVAS2，没使用过CPGAVAS2，因此本篇文章先主要讨论一下Geseq，后续在讨论下PGA注释。Geseq
需要准备的文件有上一步组装得到的fasta文件，和下载的参考文件。 然后点击Submit 等待两分钟即可
转载
2024-07-09 21:48:42
373阅读
相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
转载
2024-06-28 06:18:35
768阅读
从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 1.NCBI 人类基因组 GRCh38下载（默认）： ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ GRCh37下载： ftp://ftp.ncbi.nlm.
原创
2022-06-01 10:43:12
2813阅读
点赞
NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome选择Genome数据库，输入hg19，点击Search，进入Genome Resources这里有常用的资源下载，如果是参考基因组下载第一行Ensemble网址：http://asia.ensembl.org有两种进入人参考基因组的方法下拉菜单中，选择Human点击右边的Human点Do...
原创
2022-03-08 14:37:37
537阅读
标题1. 用conda安装RNA-seq所需软件#启动conda自设环境conda activate RNA-seq或者用source activate RNA-seq#安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误)conda install hisat2 samtools sratoolkit fastqc
conda install trimmom
理由：①.Biomart里面Ensemble Regulation数据着实太少！人类转录因子结合位点数据相对而言多一点，而小鼠的转录因子数据，真的少得可怜。可能是因为经过验证过的数据才能放上来吧（纯属个人猜测）。不过组蛋白修饰结合位点数据很多，对于有需要的人而言，我觉得该方法这是不错的选择。 ②.想下载全部转录因子结合
转载
2024-04-19 15:56:35
1488阅读
