在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）数据处理今日份绘图所用到的数据是之前的看完还不会来揍/找我 | 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代
转载
2024-08-28 22:13:23
763阅读
差异性热图（Differential Heatmap）是一种常用于可视化高维数据差异的图表方法。在数据分析和生物信息学等领域，差异性热图被广泛应用于比较样本间的差异表达、基因表达模式鉴别、生物标记物筛选等任务中。本文将介绍如何使用R语言绘制差异性热图，并给出一些实际的代码示例。
## 1. 安装和加载必要的R包
在开始之前，首先需要安装和加载一些必要的R包，这些包将帮助我们进行差异性热图的绘制
原创
2023-10-19 12:16:34
426阅读
1.什么是热图？在组学研究的相关文章中，我们常常可以看到热图（Heatmap）的展示。这些红绿相间且色彩变化丰富的热图总是能吸引读者的眼球，从而为文章增添不少亮色。当然，作为严谨的科学研究论文，图表的展示当然不可能仅仅是为了好看。热图作为一种对实验数据及其分析结果的直观的表达方式，在很多文章中都有着不可或缺的地位。它是一种将规则化矩阵数据转换成颜色色调的常用的可视化方法，其中每个单元格对应数据的某
转载
2023-07-27 09:54:27
1294阅读
r语言画火相关性热图The heat is on! 加热器开着！ Last year, Unity Analytics released our beta version of the Heatmap system. It arose from a hack week project, which itself came from a customer simply asking me
数据可视化——R语言forestplot包绘制组间差异对比图(森林图forest plot)概述：使用R语言中的forestplot包绘制组间差异对比图。forestplot包本来用于绘制森林图，此处笔者将此用于绘制组间差异对比图，异曲同工，为另一篇博文：数据可视化——R语言ggplot2包绘制组别间指标差异对比图(箱形图及误差条图)提供了另一种实现方案。森林图(forest plot)常用于Me
转载
2023-06-21 16:30:26
1048阅读
零基础照样做RNA-seq差异分析 基因表达谱的差异分析是RNA-seq中最常见的应用。你眼中的RNA-seq差异分析或许是酱紫的，对不会编程，不懂统计，纯正生物学出生的人， 内心简直SOS…… 但有些人眼中的RNA-seq差异分析却是这样的，借助云平台和图形化界面，生信零基础同样可以做RNA-seq差异分析。 小编也是第一次尝试，一起来看看云平台如何拯救你我
近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM， BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取
转载
2024-09-05 16:15:39
150阅读
# R语言基因热图分析教程
## 介绍
在生物信息学和基因组学研究中，基因热图分析是一种常见的数据可视化方式，用于展示基因表达模式的变化。本教程将向你介绍如何使用R语言进行基因热图分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
A(获取基因表达数据) --> B(数据预处理)
B --> C(绘制基因热图)
```
## 步骤
### 1. 获取基因表达
原创
2024-03-30 03:48:45
165阅读
1.背景介绍方差分析是一种分析调查或试验结果是否有差异的统计分析方法，也就是检验各组别间是否有差异。本文我们就一起来梳理下方差分析的分析流程。以及实现方法。R语言进行单因素方差分析或者非参数检验，也是非常方便的，简单快捷，仅仅几行代码，即可快速进行组间两两比较。2.基础知识1.数据类型方差分析用于分析定类数据与定量数据之间的关系情况，可以比较2组或多组数据的差异。分析前首先应根据数据类型判断使用的
转载
2023-08-01 14:27:39
387阅读
自己整理编写的R语言常用数据分析模型的模板，原文件为Rmd格式，直接复制粘贴过来，作为个人学习笔记保存和分享。部分参考薛毅的《统计建模与R软件》和《R语言实战》I. 单因素方差分析#用data frame的格式输入数据
medicine <- data.frame(
Response=c(7,5,3,1,6,5,3,3,7,9,9,9,4,3,4,3),
Treatment=fa
转载
2023-08-09 16:20:45
298阅读
前沿 R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。第一 R基础及数据准备一：R和Rstudio简介及入门和作图基础1）R及Rstudio：背景、软件及程序包安装、基本设置等2）R语言基本操作，包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等3）R语言数据文件读取、整理及存储等4）R语言基础绘图（含ggpl
转载
2024-08-23 14:03:48
48阅读
R语言生成热图1. R语言生成热图2. 补充：长数据格式转换方法3. 参考 1. R语言生成热图 今天解决了一个困扰了我很久的问题，就是如何绘制不添加相关性的热图。一般绘制热图是使用corrplot包画相关性图，但是这样有一个前提，就是输入的数据集必须进行相关性分析。那么如果我不需要进行相关性分析，而是直接绘制能够反应数值大小的热图呢？ 这里给出一个相关性热图的绘制方法：corrplot相关
转载
2024-08-15 11:25:55
155阅读
获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 文章目录安装使用添加边际图形拼图拼热图 aplot也是一个拼图包，但是使用场景和普通的拼图R包略有不同，它可以让你的坐标轴完全对齐！这让你在拼不同类型但是又使用同一个数据的图形时，更加具有
转载
2023-11-01 16:48:26
180阅读
上一期”【R语言】——聚类热图绘制（pheatmap)“介绍了R语言pheatmap包绘制聚类热图的基础代码，本期介绍当需要同时在热图上显示分组情况时，可利用pheatmap包构建分组信息，从而以不同的颜色等方式来展现分组情况。1 数据准备数据输入格式（csv格式）：2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("pheatmap")
install.packages("
转载
2023-08-31 17:16:39
792阅读
热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，
转载
2023-06-21 14:44:18
1328阅读
最新更新见 http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考 bioconductor 中RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression并对其根据需要进行了增减。更多细节还请参考 http://www.bioconductor.org/hel
上一篇文章推送的是怎样调整corrplot热图的可视化参数，以修改字符和图例位置，数据可视化形式和字符小大和颜色等这篇是一个补充部分，记录怎样修改参数以变量排序方式和突出部分数据。本流程还是使用R统计绘图-环境因子相关性热图中的不同土壤环境因子数据进行相关性分析、绘制热图并进行图细节更改。流程开始按下图整理环境因子数据，行为样品名称，列为环境因子名称和分组信息，共有11个环境变量，3个分组信息。图
转载
2023-08-14 16:54:06
1501阅读
文章目录介绍环境搭建软件下载结果展示基因数据下载流程基因数据处理利用GEO分析绘制拟火山图 注意，本 系列 有连贯性，每一步都很详细，每一步都很重要，请耐心读完！！ 介绍本系列文主要依据真实论文制图流程，详细说明制图过程，
其中包括：
1. 基因数据下载
2. 制图所需数据格式
3. 火山图制作流程
4. 聚类热图制作流程环境搭建软件下载结果展示基因数据处理 注意删除末行注释基因
转载
2023-08-31 16:29:08
266阅读
想必大家对聚类热图 Heatmap 并不陌生，聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式，可以直观地反映样品间的相似程度。根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图，用颜色深浅来代表基因表达量高低。目前绘制热图的工具很多，像MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap 等等。今天介绍两种简单的工具
转载
2024-09-03 17:41:46
95阅读
前言我们继续介绍 ComplexHeatmap，今天要介绍的内容是热图列表。ComplexHeatmap 包的一个重要的功能是，能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释，以图形化的方式展示各信息之间的关联通常水平方向的连接比较常用，我们介绍的重点也是水平连接，竖直的连接原理基本是一致的。在进行水平连接时，热图和注释的行数要相同例如，我们要绘制三个热图列表，数据如下set.seed(123)
mat1
