获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 文章目录安装使用添加边际图形拼图拼热图 aplot也是一个拼图包，但是使用场景和普通的拼图R包略有不同，它可以让你的坐标轴完全对齐！这让你在拼不同类型但是又使用同一个数据的图形时，更加具有
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2023-11-01 16:48:26
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上一期”【R语言】——聚类热图绘制（pheatmap)“介绍了R语言pheatmap包绘制聚类热图的基础代码，本期介绍当需要同时在热图上显示分组情况时，可利用pheatmap包构建分组信息，从而以不同的颜色等方式来展现分组情况。1 数据准备数据输入格式（csv格式）：2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("pheatmap")
install.packages("
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2023-08-31 17:16:39
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热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，
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2023-06-21 14:44:18
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1.什么是热图？在组学研究的相关文章中，我们常常可以看到热图（Heatmap）的展示。这些红绿相间且色彩变化丰富的热图总是能吸引读者的眼球，从而为文章增添不少亮色。当然，作为严谨的科学研究论文，图表的展示当然不可能仅仅是为了好看。热图作为一种对实验数据及其分析结果的直观的表达方式，在很多文章中都有着不可或缺的地位。它是一种将规则化矩阵数据转换成颜色色调的常用的可视化方法，其中每个单元格对应数据的某
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2023-07-27 09:54:27
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想必大家对聚类热图 Heatmap 并不陌生，聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式，可以直观地反映样品间的相似程度。根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图，用颜色深浅来代表基因表达量高低。目前绘制热图的工具很多，像MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap 等等。今天介绍两种简单的工具
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2024-09-03 17:41:46
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前言我们继续介绍 ComplexHeatmap，今天要介绍的内容是热图列表。ComplexHeatmap 包的一个重要的功能是，能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释，以图形化的方式展示各信息之间的关联通常水平方向的连接比较常用，我们介绍的重点也是水平连接，竖直的连接原理基本是一致的。在进行水平连接时，热图和注释的行数要相同例如，我们要绘制三个热图列表，数据如下set.seed(123)
mat1
每次想要绘制热图都需要重新翻找网络的资源，也怪我自己比较菜了。于是，从重视经验的储存的角度来看，是时候要好好的整理一下了。1。首先准备数据。这个数据也很简单，就是一个方方正正的data.frame。如下图所示。其实，热图说白了，就是把数值的大小给通过颜色的深浅，更加直观的“表达”出来。因此，这也是图像的价值。2。加载pheatmap包。使用pheatmap画热图是我这么多年来，一直用的。之前也用过
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2023-07-07 14:51:33
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一、前言1 热图介绍 通常，热图是对所获得的数据或其他因素进行归一化处理后，用颜色的变化来直观表示不同样本间的变化情况。本质上其是由一个个用预设颜色表示数值大小的小方格组成的数据矩阵，并通过对因子或样本的聚类，观察不同样品数据间的相似性。2 热图绘制方式常用的绘图软件：origin，excel，Tbtools，GraphPadPrismR语言绘制
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2023-07-07 14:35:44
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上一期“【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图3”介绍了R语言pheatmap包绘制按聚类结果分组的热图，本期主要介绍使用ComplexHeatmap和circlize包绘制环形热图，环形热图可以将过长的热图变为环状，从而节省空间和使基因标签变得更为的清晰及美观。1 数据准备数据输入格式（csv格式）： 2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("circli
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2023-07-31 10:45:29
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绘制热图除了使用ggplot2，还可以有其它的包或函数，比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、gplots::heatmap.2等。 相比于ggplot2作heatmap, pheatmap会更为简单一些，一个函数设置不同的参数，可以完成行列聚类、行列注释、Z-score计算、颜色自定义等。data_ori <- "Grp_1;G
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2023-08-22 21:49:35
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目录前言pheatmap包pheatmap简介常用参数介绍使用安装绘制样本间相关系数图（简单使用）差异表达基因热图（进阶使用）如何查看pheatmap的聚类结果pheatmap总结corrplot包参考资料 前言在生信分析中，我们常常需要计算一个样本的几次实验结果或者不同样本实验结果的相关系数（样本间相关系数）以判断几个数据集之间相关的程度。 在本篇中及之后的内容中，为了用R得到相关系数热图（本
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2023-08-15 22:19:33
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如何使用R语言绘制皮尔森热图
## 引言
皮尔森热图（Pearson correlation heatmap）是一种常用的数据可视化工具，用于展示变量之间的相关性。在本篇文章中，我将向你展示如何使用R语言绘制皮尔森热图。
## 整体流程
绘制皮尔森热图的过程可以分为以下几个步骤：
|步骤|描述|
|---|---|
|1|准备数据|
|2|计算相关系数矩阵|
|3|绘制热图|
接下来，让我
原创
2024-01-22 07:22:07
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# 风险热图的科学探索与实践
## 引言
在当今数据驱动的世界中，风险管理显得尤为重要。风险热图（Risk Heat Map）是一种强大的可视化工具，它可以帮助我们识别、评估和管理各种潜在风险。在这篇文章中，我们将探讨如何使用 R 语言来创建风险热图，并提供具体的代码示例，旨在为数据科学爱好者和风险管理专业人士提供实用的参考。
## 风险热图的基本概念
风险热图是一种视觉化工具，通常以色彩
原创
2024-08-20 12:01:52
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# 热图美化 R语言
## 引言
热图是一种常用的统计图形，它通过颜色的变化展示数据的分布情况，非常直观。在数据分析和可视化中，热图经常被用来呈现矩阵型数据，例如基因表达谱、温度分布等。然而，热图的默认样式往往不够美观，无法直接满足我们的需求。本文将介绍如何使用`R语言`中的`heatmap`函数绘制热图，并通过美化技巧使其更加吸引人。
## 准备工作
在开始之前，我们需要安装和加载 `hea
原创
2023-12-19 12:51:04
230阅读
# 使用 R 与 ggplot2 创建热图
## 1. 热图的创建流程
在 R 中创建热图，最常用的工具是 `ggplot2` 包。下面我们将通过几个步骤来指导你如何使用这个包来创建热图。在开始之前，你可以参考以下流程表。
| 步骤 | 描述 | 代码 |
|------|---
原创
2024-08-25 06:55:33
118阅读
# 使用R语言绘制热图
热图（Heatmap）是一种非常直观的数据可视化方法，常用于展示数据的强度或频率等模式。它通过颜色的鲜艳程度来表现数据点的大小，通常用于生物信息学、市场分析、社会科学等领域。在这篇文章中，我们将介绍如何使用R语言绘制热图，并提供完整的代码示例。
## 热图的基本原理
热图的基本原理是将二维矩阵中的数据值用不同的颜色来表示，通常情况下，较高的数值用色彩较深的颜色表示，较
本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用 R 语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同 R 包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。
什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数
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2023-12-08 23:22:35
391阅读
# 如何实现R语言方块热图
## 一、整体流程
```mermaid
flowchart TD
A(导入数据) --> B(数据预处理)
B --> C(绘制热图)
```
## 二、步骤及代码
### 1. 导入数据
首先，我们需要导入数据，通常数据是存储在csv文件中的。我们可以使用`read.csv`函数来读取数据。
```markdown
```R
# 导入数据
原创
2024-04-19 04:24:10
68阅读
## R语言热图配色的实现步骤
### 流程图
```mermaid
flowchart TD
A(导入数据) --> B(数据预处理)
B --> C(计算矩阵)
C --> D(生成热图)
D --> E(调整配色方案)
E --> F(保存热图)
```
### 步骤一：导入数据
在R语言中，我们可以使用`read.table()`或`read
原创
2023-08-27 12:24:26
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# 如何使用R语言实现环状热图
环状热图是一种可视化数据的独特方法，允许我们以环形的方式展示不同变量间的关系。本文将详细指导你如何使用R语言创建一个环状热图，包括所需步骤、代码示例及注释。
## 一、实现流程
在开始之前，我们可以通过以下表格展示实现环状热图的步骤：
| 步骤 | 说明 |
|------|------------------
原创
2024-10-09 06:00:00
597阅读
