MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有一定功能的结构域。所以，MEME的输入必须至少有一个Pearson/FASTA格式的序列文件。命令：meme <dataset
MEME 安装我的一些基本环境CentOS 7.8Bash 4.2.46gcc 9.1.0并行依赖 / MPICH安装若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要先安装下面两个软件之一：OpenMPI from http://www.open-mpi.org
MPICH from http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich
因为MPICH 有详细
作者：林骥很多分析思维模型，本质上都是在研究人的行为。下面介绍的 RFM 分析思维模型，本质上也是在研究人的行为。1. 模型介绍美国有一个叫 Arthur Hughes 的研究所，从客户数据库中发现了 3 个神奇的要素：（1）Recency 最近购买时间，离得越近，价值越大。（2）Frequency 累计购买次数，次数越多，价值越大。（3）Monetary 累计购买金额，金额越高，价值越大。将这
1.1 Memetic算法的基本思想 在讲Memetic算法之前，我们先来了解一下meme。 基于图中内容，Mosato（1989）提出了Memetic算法。那么，Memetic算法出现的原因是啥呢？Memetic算法是啥呢？那在讲Memetic算法之前，我们先来稍微回忆一下遗传算法、蚁群优化算法、粒子群优化算法等这些进化算法以及群体智能优化算法，这些算法有啥共性呢？好吧，共性其实很多。这里我想讲
MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有一定功能的结构域。所以，MEME的输入必须
导语前前后后找了不少方法途径，最后还是“通过充值解决问题”。使用奶牛快传来分发 TBtools 软件以及相关数据库，可以确保每个人都快速获得文件，经过国内国外多地多点测试，一般速度可以有 3Mb/s 以上。后续所有 TBtools 相关文件，都会通过这一通道提供。软件快速下载通道通过奶牛快传下载，打开链接可以看到（注意，数字越大，版本就越新）。双击该文件夹，并在其中下载电脑操作系统对应平台的安装器
欢迎关注”生信修炼手册”!MEME是一个motif分析的工具箱，提供了多种相关工具，网址如下http://m
原创
2022-06-21 06:09:10
1609阅读
今天给大家介绍一下常用检测性能的10个基本命令。1. uptime$ uptime
23:51:26 up 21:31, 1 user, load average: 30.02, 26.43, 19.02该命令可以大致的看出计算机的整体负载情况，load average后的数字分别表示计算机在1min、5min、15min内的平均负载。2. dmesg | tail$ dmesg | tail
[
类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP1，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 有特定的序列motif 不同 ...
转载
2021-08-08 23:12:00
1017阅读
2评论
欢迎关注”生信修炼手册”!对于de novo motif分析而言，我们只需要提供序列就可以了。由于peak的
原创
2022-06-21 06:09:29
361阅读
俗话说得好，每天一苹果，医生远离我~多亏了农民伯伯们的辛勤劳作，让我们四季都能吃上苹果。那么苹果树怎么种才能结更多的果子呢？已知各苹果树的结果数量，以及它们种植期间平均每天的日照时间与浇水次数，怎样才能知道这两个因素有没有对苹果树的结果数量产生影响呢？这时就可以用到回归分析。相关分析描述分析项之间是否有关系,回归分析研究影响关系情况。回归分析实质上就是研究 X对 Y的影响关系情况。打开在线SP
消息鉴别码可以确认自己收到的消息是否就是发送者的本意，也就是说，使用消息鉴别码可以判断消息是否被篡改，以及是否有人伪装成发送者发送该消息。消息鉴别码实现鉴别的原理是,用公开函数和密钥产生一个固定长度的值作为认证标识,用这个标识鉴别消息的完整性。使用一个密钥生成一个固定大小的小数据块,即MAC，并将其加入到消息中,然后传输。接收方利用与发送方共享的密钥进行鉴别认证等。一、消息鉴别码的定义：消息鉴别码
欢迎关注”生信修炼手册”!MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件，集成了以下几款软件MEMEDR
原创
2022-06-21 06:09:35
294阅读
【数据挖掘】时间序列分析理论和使用SPSS进行ARIMA模型分析1 前言1.1 基本概念1.2 时间序列分析的一般步骤1.3 时间序列的图形化观察及检验2 时间序列的图形化观察工具2.1 序列图2.2 直方图2.3 自相关函数图和偏自相关函数图2.4 谱密度图（Spectral）2.5 互相关图（Cross correlation）3 时间序列的检验方法3.1 参数检验法3.2 游程检验法4 时
服务简介:生物信息学分析生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。WGS分析方案流程全基因组重测序是对已知基因组的物种进行不同个体的基因组测序，重测序的目标是得到
背景当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令$ centrimo -oc test test.500l.fa $meme_motif会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_counts.txt），用浏览器打开centrimo.html后，点击motif id前面的复选框后，会在左边位置的文本框显现出motif匹配
转载
2021-03-16 19:42:04
270阅读
2评论
1 Jmeter结果分析之聚合报告上一篇文章中我们讲了Jmeter结果分析最常用的一个Listener查看结果树，今天接着讲另一个最常用的listener--聚合报告Aggregate Report。我们先来看看聚合报告中的主要名称的含意：Label：每个请求的名称#Samples：各请求发出的数量Average：平均响应时间（单位：毫秒）。默认是单个Request的平均响应
文章目录1. T检验F检验卡方检验2. 方差分析3. 多重共线性4. 参数估计5. 假设检验6. 大数定律和中心极限定理 总结一下统计学的基础概念和考点给即将秋招的统计学er以及baozi 1. T检验基本概念 t检验，亦称student t检验（Student’s t test），主要用于样本含量较小（例如n < 30），总体标准差σ未知的正态分布。 t检验是用t分布理论来推论差异发生
一、线性回归1.概念 对于一组特征，使用线性方程来进行拟合，对结果进行预测，公式如下：2.代价函数 线性回归选取的损失函数是均方误差，均方误差表示所有样本到该预测函数的欧式距离最小，代价函数如下：对每一个θ进行求
本文介绍了如何用行业流行的行为驱动BDD框架Cucumber作为测试框架，使用Node.js 编程语言结合Appium开发iOS原生应用的自动化测试。本文使用了BDD的可视化开发工具CukeTest (cuketest.com)主要内容准备被测应用app编写用例的场景描述安装自动化库生成、完善测试代码运行生成测试报告前提条件准备一台Mac电脑配置appium 具体可参考 appium.io/d
