育种数据分析之放飞自我的博客_(7)

shiny学习笔记2-下载数据

上一篇, 介绍了shiny app的创建, 包括如何上传数据, 查看数据及汇总数ry(shiny)library(data.table)librar...

数据

上传数据

csdn博客

原创 2022-02-16 16:47:46 32 阅读

plink格式的ped和map文件及转化为012的方法

.map格式格式说明链接: ://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#mapmapSNP位置, 碱基对坐标染色体编号为数字, 未知为0SNP名称为字符或数字, 如果不重...

数据

命令行

ide

原创 2022-02-16 16:47:32 1011 阅读

shiny学习笔记1---上传数据

Shiny简介Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式

上传数据

数据

上传

原创 2022-02-16 16:47:15 185 阅读

有公众号的少年不可欺--安利微信公众号

从小我就知道我不是一般的人, 但无论是小学挨揍, 还是被女同学揍, 都没有改变我

公众号

守望者

提高效率

原创 2022-02-16 16:46:57 43 阅读

shiny学习笔记3--利用rmarkdown生成html报告

第一个博文讲了如何构建shiny app, 如何上传数据.第二个博文讲了,y)2, 生成一个rmarkdown文件, head, summary, plot, 以及内...

html

数据

上传数据

原创 2022-02-16 16:46:25 191 阅读

data.table学习笔记2

为什么继续学习data.table我发现很多东西, 你只有达到一定的深度, 然后才可以理解, 但是很遗憾, 现实生活中有许多东西我只是泛泛而谈, 人云亦云, 修炼好久才有一种渐入佳境的感触, 但也是稍纵即逝.然后我发现, 其实进入佳境

多列

数据

返回结果

原创 2022-02-16 16:46:07 62 阅读

全基因组选择介绍及实践-2：构建H矩阵

1, 编者自语H矩阵作为一步法的入门技术, 是需要掌握的, 本文

数据

逆矩阵

方差

原创 2022-02-16 16:45:55 510 阅读

全基因组选择介绍及实践-1

1, 序言这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASre

数据

运行时间

标准差

原创 2022-02-16 16:45:34 732 阅读

R语言,Perl语言, Shell, Python传递参数的方法

1, R语言思路:1, 加载optparse包2, 设置参数, 为list3, 解析参数4, 如果参

帮助文档

perl

bash

原创 2022-02-16 16:45:15 238 阅读

为什么搞数据分析的人要学学打麻将

上周打麻将，很有收获，写此抒发。为什么要打麻将, 那是跟随名人的步伐:梁启超说：只有读书可以忘记打牌，只有打牌可以忘记读书。为什么要打麻将, 因为打麻将爱国啊:“麻将不能不打，要救国一定要打麻将。打麻将可以观察人的品格，还可锻炼坚忍的精神，一坐下去不论胜负，一定要打完四圈。同时即使前三圈都失败了，还有翻本的希望，我们国家和别国竞赛，败了也不能气馁呀！这种精神可以在麻将桌上锻炼出来。”...

数据分析

随机化

数学知识

原创 2022-02-16 16:45:02 107 阅读

文献阅读: 基因组选择技术在农业动物育种中的应用

1, 序言看到一篇论文, 介绍的特别好, 包罗万象, 读文章时好像看到作者指点江山, 摘抄学习如下, 引用部分是我的吐槽.2, 摘要基因组选择(genomic selection, GS)是畜禽经济性状遗传改良的重要方法。随着高密度S.

方差

数据

统计模型

原创 2022-02-16 16:44:36 375 阅读

多个jpg转化为一张pdf

背景第一，将pdf打印，扫描，盖章，然后变为pdf第二，扫描时，是一张一张的，格式是jpg方法第一，将jpg转化为pdf第二，将多个pdf合并jpg 到pdf1，用windows图片打开2，点击打印选择Microsoft Print to PDF保存。3，分别将jpg转化为pdfpdf合并工具：https://combinepdf.com/zh/将多个p...

microsoft

原创 2022-02-16 16:44:17 260 阅读

如何根据系谱计算近交系数并保存

有朋友问, 如何根据系谱计算近交系数, 可以输出excel的那种操作, 结果:inbreeding.csv亲缘关系系数结果: coeff.csv为了证明程序的有效性, 以教科书的示例作为演示.《动物遗传原理与育种方法》陈国...

微信公众号

方差

根目录

原创 2022-02-16 16:44:06 483 阅读

yum install 报错 File

报错类型(base) [root@localhost rstudio]# yum install shiny-server-1.5.9.923-x86_.rpm File "/usr/bi

python

解决方法

linux

原创 2022-02-16 16:43:53 320 阅读

植物育种中全基因组选择是成熟的方法么?

编者自语这是一篇2012年的文章, 几年过去了, 里面的东西重新读起来, 感觉还是满满的干货, 特此记录.参考文献Will genomic selection be a practical method for plant breeding摘要背景基因组选择(GS)是代替分子标记辅的有效方法, GS可以考虑微小的效应, 相对于MAS只考虑较大的效应, GS有很强的优...

方差

线性模型

参考文献

原创 2022-02-16 16:43:45 83 阅读

rstudio-server dead服务器上一个用户的rstudio打不开删不掉杀不死进程

问题描述之前跑了一个程序，没有跑完，占用的内存很大，就杀不死

自动加载

死机

临时文件

原创 2022-02-16 16:43:31 435 阅读

农业统计分析系列2-试验设计

试验设计试验设计时农业中比较核心的技能, 关系着试验数据的好坏,

ico

数独

数据

原创 2022-02-16 16:43:23 200 阅读

namespace ‘rlang’ 0.2.0 is being loaded, but >= 0.3.0 is required

安装data.table报错install.packages("tidyverse",dependencies=T,source=T)Installing pac

linux

解决方法

原创 2022-02-16 16:42:40 351 阅读

JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件

小编寄语现在动植物遗传评估领域, 还是Fortran的天下, 相信未来Julia可以比如R和Python借鉴了友好. Julia是下一代的数据科学语言. 前途十分光明.JWAS是依据Julia编写, 可以在Jupyter n...

github

编译型语言

c++

原创 2022-02-16 16:42:31 330 阅读

rpy2 安装失败 Microsoft Visual C++ 14.0 is required

安装代码pip install rpy2安装报错显示C++ 14.0 requiredcopying .\rpy\ipython\tests\__init__.py -> build\lib.win-amd-3.6\rpy2\ipython\tests running build_clib building 'r_utils' library error...

python

c++

microsoft

原创 2022-02-16 16:42:17 207 阅读

Django 报错init() missing 1 required positional argument: 'on_delete'

报错类型 author = models.ForeignKey(User, related_name="blog_posts")TypeError: __

django

参考资料

原创 2022-02-16 16:42:06 140 阅读

data.table中选择列与data.frame的区别: This difference to data.frame is deliberate and explained in FAQ 1.1.

太长不看版data.table格式在调用列时, 加上逗号, 如果是字符串, 加上with=FALSEtr

解决方法

赋值

ide

原创 2022-02-16 16:41:55 580 阅读

逆矩阵子集的推导公式数据演示

公式A22−1=A222−A21(A11)−1A12 A_{22}^{-1} = A_{22}^2 - A^trix(rnorm(25,4,1),5,5)...

公式推导

逆矩阵

原创 2022-02-16 16:41:45 109 阅读

SSBLUP VS ABLUP 模拟数据比较结果

自语全基因组选择, 参考群需要建多大, 这篇文章用实际数据和模拟数据证er downloaddata download1 摘要We simulated two traits with heritabilities 0....

数据

sed

ios

原创 2022-02-16 16:41:34 117 阅读

不同试验设计遗传力的计算方法

前言农业和林业, 经常涉及到要计算遗传力的问题, 这是一个数量遗传学问题. 和动物计算遗传力不同, 植物和林木计算遗传力时, 一般是使用家系遗传力, 动物计算遗传力一般是计算个体遗传力.他们的主要区别在于, 计算家系遗传力遗传力....

方差

多点

数据

原创 2022-02-16 16:41:18 651 阅读

R语言与独孤九剑

三问Python哪里比R好?为什么要这么做呢, R语言不是很好么, 为什么要换语言呢?如果实现的功能可以用R语言实现, 为什么要替换为Python呢?R语言学好了么, 完全掌握了么? 为什么要换呢? 这不是给自己找麻烦么?为

r语言

python

数据

原创 2022-02-16 16:41:08 97 阅读

Centos 局域网访问服务器 jupyter notebook 的设置方法

1, 安装jupyter notebook这里推荐安装Anacondawget https://repo.anacer noteb...

配置文件

linux

python

原创 2022-02-16 16:40:53 1093 阅读

asreml 服务器安装 VSNiLicence Server安装说明

下载VSNiLicese Serverwget https://downloads.vsni.digital/27199a

linux

git

bash

原创 2022-02-16 16:40:39 125 阅读

安装samtools心酸之路

安装samtools心酸之路1，github中下载github samtolls 安装说明git clone https://github.com/samtools/samtools.gitcd samtoolsautoheader autoconf -Wno-syntax ./configure makemake install报错！！！...

github

git

解决方法

原创 2022-02-16 16:40:04 1883 阅读

上士闻道

道德经上士闻道，勤而行之；中士闻道，若存若亡；下士闻道，大笑之。不笑不足以为道。孔子云:朝闻道, 夕死可矣这个道, 即是真理, 一旦遇到, 就要勤而行之, 这才是上士应该有的态度.阳明有言:知行是一体的, 知而不行非真知.一个故事阳明的学生是一名, 见到阳明之后抱怨道: 一直忙于公务, 无心也没有时间去学习, 去思考, 去参悟, 每天都很焦躁. 阳明回答说, 难道...

道德

原创 2022-02-16 16:39:53 180 阅读

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plink格式的ped和map文件及转化为012的方法

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有公众号的少年不可欺--安利微信公众号

shiny学习笔记3--利用rmarkdown生成html报告

data.table学习笔记2

全基因组选择介绍及实践-2：构建H矩阵

全基因组选择介绍及实践-1

R语言,Perl语言, Shell, Python传递参数的方法

为什么搞数据分析的人要学学打麻将

文献阅读: 基因组选择技术在农业动物育种中的应用

多个jpg转化为一张pdf

如何根据系谱计算近交系数并保存

yum install 报错 File

植物育种中全基因组选择是成熟的方法么?

rstudio-server dead服务器上一个用户的rstudio打不开删不掉杀不死进程

农业统计分析系列2-试验设计

namespace ‘rlang’ 0.2.0 is being loaded, but >= 0.3.0 is required

JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件

rpy2 安装失败 Microsoft Visual C++ 14.0 is required

Django 报错init() missing 1 required positional argument: 'on_delete'

data.table中选择列与data.frame的区别: This difference to data.frame is deliberate and explained in FAQ 1.1.

逆矩阵子集的推导公式数据演示

SSBLUP VS ABLUP 模拟数据比较结果

不同试验设计遗传力的计算方法

R语言与独孤九剑

Centos 局域网访问服务器 jupyter notebook 的设置方法

asreml 服务器安装 VSNiLicence Server安装说明

安装samtools心酸之路

上士闻道