育种数据分析之放飞自我的博客

radian | 一款21世纪的R语言编辑器

题目不是我说的，而是官网翻译的。（它潜在的意思是Rstudio不是21世纪的编辑器啦？不想引起对立，但是我要说，radian在终端下使用真香！） 1. radian编辑器应用场景总所周知 1 我的电脑挂了，然后就不能使用服务器上的RStudio了 2，终端的R太丑了 3，而且不方便，就试一下radian这款编辑器 4，顺便写一下使用方法 5。radian官网：https://git

服务器

r语言

快捷键

原创 2022-01-29 14:54:04 975 阅读

更新R语言版本后，什么是最好的方法更新R包？

R语言现在的版本是R4.0，R的包一般是3.5一个目录，3.6一个目录，4.0一个目录。小版本的更新，会公用一个目录，比如4.0.5和4.0.6是不需要变化目录的，library中的包应该是兼容的。看我的R包的目录：里面有3.6和4.0两个文件夹，里面是R包。

下载安装

重新安装

r语言

原创 2022-01-24 16:10:33 2137 阅读

Linux中root安装microsoft R open（MRO），普通用户如何使用？

microsoft

linux

在线帮助

原创 2022-01-24 16:10:04 290 阅读

GWAS分析中0-1-2的编码问题

昨天一个小伙伴给我写了封信，问我了几个GWAS的问题，我就回信说，答案可以写一下公众号了。这不，就来了。邓老师，您好，看了好多博文，学到好多，最近看一些GWAS原理相关的内容

数据分析

公众号

编码格式

原创 2022-01-24 16:09:27 249 阅读

见贤思齐 | R语言可视化相关性分析

1. 离体看群中有人聊天，浏览了一下，不同专业的内容比较分散，很多读都读不通顺，隔行如隔山，真是如此！忽然，一个朋友在里面推荐的几个R语言的公众号，学生物的推荐关注：R语言使我们的共同语言：我点进去一看

数据

r语言

数据分析

原创 2022-01-24 16:02:11 170 阅读

利用R语言测试电脑的性能如何

利用R语言测试电脑的性能如何同事新配了一个电脑，想用R语言编写一个程序，看一下电脑性能如何，让我写个代码测试一下。我们怎么样，我也不懂如何测试电脑啊，那就计算一下矩阵的运算吧。因为我理解的电脑运行性能就是矩阵计算

矩阵相乘

r语言

个人电脑

原创 2022-01-24 16:01:16 125 阅读

pdf格式的图片如何插入到word中

太长不看篇1，在R中将图片保存为pdf格式2，通过在线网站，将pdf转为png3，将png粘贴到word中即可背景0今天做了一个相关性分析，以及可视化。可视化的图我在Rstudio中保存为png格式，放大后很模糊，我就将其保存为pdf格式，放大后也不失真，很满意。然后我要将其放到word中，问题来了，怎么将高清的pdf图片格式放到word中呢？然后就开始了我一系列的折腾。废话1有一个百度经验，竟然是把pdf打开，然后用截图软件截图为png，然后直接复制粘贴到word中。截图的清晰度不好，效果

直接插入

复制粘贴

百度经验

其他

原创 2022-01-24 15:39:50 1191 阅读

LEA安装在高于R版本3.5的方法

安装在R3.5版本或低于3.5版本的方法# R < 3.5 version install.packages(c("fields","RColorBrewer","mapplots")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("LEA")安装在R4.0版本或高于3.5版本的方法# R > 3.5 versioninstall.packages(c("fields","RColorBrewer","mapplo

其他

原创 2022-01-24 15:39:50 111 阅读

不存在叫‘digest’这个名字的程辑包

1. 载入devtools时报错：> library(devtools)载入需要的程辑包：usethis错误: package or namespace load failed for ‘devtools’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘digest’这个名字的程辑包2. RStudio安装digest报错** libs"c:/rtools

g++

安装程序

管理员权限

其他

原创 2022-01-24 15:39:49 1360 阅读

ggplot2中 ggsave如何用？

问题：我将ggsave应用在pipe %>%符号中，报错！报错信息：Error in UseMethod(“grid.draw”) :"grid.draw"没有适用于"c(‘LayerInstance’, ‘Layer’, ‘ggproto’, ‘gg’)"目标对象的方法查阅了资料，ggplot2中调用ggsave有以下三种：1. 把ggplot2保存为对象，然后调用p1 = ggplot(diamonds, aes(x=cut,y = price,colour = cut)) +

目标对象

保存文件

报错信息

其他

原创 2022-01-24 15:39:49 419 阅读

rar linux命令中压缩和解压文件

1. 压缩比如现在有两个文件a1.txt和a2.txta1.txt a2.txt现在将其压缩名为：re.rar的文件命令：rar a re.rar a*a，为压缩，如果是解压用xre.rar 为压缩的文件名a*,表示a1.txt 和 a2.txt结果：a1.txt a2.txt re.rar2. 解压下载有re.rar文件，re.rar将其解压命令：rar x re.rar结果：a1.txt a2.txt re.rar搞定！...

文件名

其他

原创 2022-01-24 15:39:49 295 阅读

Anaconda windows10 最新安装教程（2021-01-18）

1. 打开官网https://www.anaconda.com/2. 下载个人免费版点击Products，选择 Individual Edition。点击Download，进入下载界面下载界面，选择64位安装包，会自动下载下载中……下载好的安装包：3. 安装anaconda一路，默认安装即可。...

安装包

自动下载

官网

其他

原创 2022-01-24 15:39:49 145 阅读

R语言中提取文件名和文件名

0. 背景需要对文件夹进行操作，需要提取文件的路径，以及文件的名称，搜索了半天，找到了答案，总结如下，希望对后来者有所帮助。文件夹+文件名例子：nn[1] “f1_blue/y1/PH1.MLM.csv”1. 提取文件夹的路径名使用R函数dirname> dirname(nn)[1] "f1_blue/y1"2. 提取文件夹的名称使用R函数basename> basename(nn)[1] "PH1.MLM.csv"...

搜索

路径名

文件名

其他

原创 2022-01-24 15:39:49 1788 阅读

腾讯会议-录屏-转败终端-如何继续转码

答案：还是使用电脑版的腾讯会议，找到没有转码成功的会议，进入会议，找到1个录制文件，点击转码，就会显示转码的进度条。转码完成就可以打开视频了。转码后的效果：

进度条

其他

原创 2022-01-24 15:39:48 686 阅读

所有的文档中，还是说明文档香

1. 背景如果想对某一列的内容，进行操作，把它分割为两列，应该如何处理？最近要实现一个功能，网上面搜索了很久，还是没有找到合理的答案。于是看了说明文档，半分钟就解决了，真是所有的文档，还是说明文档香2. 模拟数据代码：df = data.frame(ID = 1:2,name = c("Smith, John, Ketty", "Walker, Mike"))df结果> df ID name1 1 Smith, John, Ketty2 2

sed

应用场景

百度

其他

原创 2022-01-24 15:39:48 57 阅读

R4.0 安装 data.table 报错

报错信息：libs"c:/rtools40/mingw64/bin/“gcc -I"C:/PROGRA1/R/R-401.3/include” -DNDEBUG -fopenmp -O2 -Wall -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -c assign.c -o assign.osh: c:/rtools40/mingw64/bin/gcc: No such file or directorymake: *** [C:/

报错信息

r语言

迅雷

其他

原创 2022-01-24 15:39:48 664 阅读

电脑移除第二屏幕显示

远程电脑，想把第二屏幕关掉win + P不能使用，因为会打开本地电脑的设置，需要用鼠标设置，不能使用快捷方式。解决方法回到桌面，空白处，右键打开鼠标：选择显示设置然后选择仅在1上显示...

右键

解决方法

快捷方式

其他

原创 2022-01-24 15:39:48 931 阅读

asreml软件报错：Likelihood evaluation failed with fault 333 ； trying with reduced updates

Likelihood evaluation failed with fault 333 ; trying with reduced updatesasreml软件报错：Likelihood evaluation failed with fault 333 ; trying with reduced updatesError in asreml(trait1 ~ Block/Rep, random = ~vm(ID, ainv), data = nested) :ASReml failed to b

lua

r语言

逆矩阵

其他

原创 2022-01-24 15:39:48 109 阅读

初入坑GWAS，学习plink还是TASSEL？

这是一个读者给我写信询问的问题：初学GWAS，应该知道，GWAS是干什么用的？我的理解，GWAS分为四部分：1. 数据清洗1.1 表型数据清洗删除异常值查看数据分布数据可视化1.2 基因型数据清洗MAFCall rateHWE2 关联分析2.1 一般线性模型GLM2.2 混合线性模型3 结果可视化3.1 PCA群体结构3.2 QQ图3.3 曼哈顿图3.4 LD衰减图4. 结果注释4.1 显著SNP注释ANNOVARsnpEFF4.2 基因聚类分析

数据清洗

数据

线性模型

其他

原创 2022-01-24 15:39:47 298 阅读

没有经验如何获得一个数据分析的工作？

1. 找工作悖论为何工作经验或者项目经验很重要？加入说你是计算机科学、数学专业，统计学专业毕业的学生，你想从事数据或者数据挖掘方向的工作，你会在简历里面罗列出你的学习成绩，你会的技能，你取得的成就，极力向用人单位证明你有相关的知识能力，

github

项目经验

商业

原创 2022-01-24 15:39:10 805 阅读

笔记03 | 机器学习A-Z 数据预处理（R）

数据预处理工具 1. 载入库这里，使用R中的默认函数read.csv读取数据，使用caTools包切分数据。# install.packages("caTools")library(caTools) 2. 载入数据这里的数据为Data.csv，格式是csv格式，使用的是read.csv的函数读取。dataset = read.csv('Data.cs

数据

sed

缺失值

原创 2022-01-24 15:25:12 176 阅读

plink软件初体验3--计算样本杂合度和SNP位点杂合度

这里，模拟一个plink文件的数据，8个样本，8个SNP位点，通过手动Excel计算样本杂合度和位点杂合度，比较plink计算杂合度的方法。 1. 模拟数据ped数据：$ cat a.pedFAMILY1 ID1 0 0 0 -9 CC CC AA GG AG GG GG GC

数据

d3

原创 2022-01-24 15:24:49 430 阅读

data.table不讲武德，欺负老实人

报错类型：Warning messages:1: In set(x, j = name, value = value) : Coercing 'character' RHS to 'integer' to match the type of the target column (column 1 named 'Number').2: In set(x, j = name, value = val

赋值

ide

数据

原创 2022-01-24 15:24:19 350 阅读

find 命令多条件匹配

寻找py的脚本find ./ -name "*py"寻找R脚本find ./ -name "*R"即寻找py脚本又寻找R脚本注意，这里用-o表示或 find . -name "*py" -o -name "*.R"

find

原创 2022-01-16 15:46:39 786 阅读

关于Linux的grep -f命令，我以为我发现了bug

事情是这个样子的：今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。以前我都是使用R语言，

数据

linux

3c

原创 2022-01-16 15:46:36 280 阅读

使用TASSEL学习GWAS笔记（4/6）：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）

外面下着雨，笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样

数据

线性模型

回归分析

原创 2022-01-16 15:46:13 273 阅读

Windows10系统用VScode配置Microsoft R Open

1 下载VScode2 下载MRO3 配置VScode3.1 安装radian在终端下，键入下面代码，安装radianpip install -U radian如下图：3.2 在安装R配件3.3 安装插

绝对路径

microsoft

安装插件

原创 2022-01-16 15:45:37 323 阅读

炫酷 | rmarkdown不同的风格

最近，写教程或者代码，更喜欢在RStudio中的rmarkdown中书写，偶然间发现了这个插件，无比nice，无比炫酷，各种风格，直呼666！1. 风格1：

快捷键

后缀

原创 2022-01-16 15:45:26 168 阅读

VScode设置R语言的快捷键Ctrl + Shift + M

详细的设置和配置，参考：https://www.jianshu.com/p/a2e34dfcf5e1这里，做一下补充：1，如何查找快捷方式2，如何调出keybindings.json文件3

快捷键

json

python脚本

原创 2022-01-16 15:44:56 2284 阅读

win10系统删掉自带的输入法

一般我使用搜狗输入法。但是很多时候，点击输入法时，出现微软自带的输入法，而且优先级还很高。那就把微软自带的输入法给删掉吧，只留一个输入法，这样切换输入法时，就只有搜狗的英文输入法和搜狗的中文输入法，不会再出现win10自带的微软输入法了。1. 找到设置点击左下角

输入法

搜狗拼音

中文输入法

原创 2022-01-16 15:44:40 574 阅读

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