wx64656a0d96a9e的博客_分子模拟

利用lammps模拟不同预制裂纹对单晶铝的力学性能的影响

相比之下，图(f)中的裂纹在相同应变下的扩展宽度d2较小，这表明裂纹的扩展相对较慢，或者裂纹的扩展受到了某种程度的

lammps

裂纹扩展

拉伸

ovito

单晶铝

原创 2天前 14 阅读

基于Gaussian计算分子的比旋光度

利用同样的方法我们可以查看每个构型在不同入射频率下的的比旋光度，下表列出了所有计算和实验得到的

gaussian

比旋光度

手性

构型

结构优化

原创 7天前 24 阅读

基于PERL语言的MS中CASTEP模块批量提交计算脚本

该脚本具备高度的可定制性，您可以根据具体的研究需求和计算条件，灵活设置脚本参数，实现个性化的计算任务配置。然而，我们的计算往往

material studio

ms

perl

脚本

castep

原创 7天前 5 阅读

基于gaussian计算NICS值评估分子体系的芳香性和反芳香性

由于NICS值为各向同性化学屏蔽值的负值，因此苯的NICS(0)和NICS(1)分别为-7.5538和-10.5301，这也表明苯分子具有芳香性，当比较

gaussian

芳香性

公众号

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原创精选 2月前 128 阅读

基于Material studio拉伸-断裂过程的Perl脚本

总之，我们的模拟拉伸-断裂过程的Perl脚本为材料科学研究提供了强有力的工具。它不仅能够提高研究效率，节省实验成本，还能够揭

material studio

perl

脚本

断裂

Perl

原创 2月前 89 阅读

基于Gromacs的蛋白质与小分子配体相互作用模拟教程

随后，我们将详细阐述模拟的具体步骤，包括结构准备（如蛋白质结构预测、小分子结构优化等）、相互作用模拟（如

gromacs

蛋白

小分子

分子动力学

径向分布

原创 2月前 114 阅读

基于MS的水分子径向分布函数(RDF)计算

点击选择Forcite，Calculation，弹出Forcite Calculation ，选择Energy 中Forcitefield中的COMPASSII，点击旁边的More。

ms

rdf

径向分布函数

分子动力学

氢键

原创 5月前 124 阅读

基于MS对溶剂萃取体系：TBP-NaBPh4-CH2ClBr萃取锂离子的机理研究

盐湖中高浓度的镁，钠，钾等离子是萃取锂资源的主要影响因素。文献通过Materials Studio软件模拟计算，采用分子动力学中的

MS

径向分布函数

rdf

萃取

溶剂

原创 5月前 17 阅读

GROMACS计算结合自由能之自由能微扰

而在具体的计算中，不需要将配体分子和受体分子之间的相互作用按照热力学循环每一个步骤进行单独计算，只需要慢慢的打开和关闭两者之间的相互作用，通过转换，就可以得到最后的自由能。Lamda为0时是该体系的第一个模拟，在该状态下，相互作用是全部打开的，而随后慢慢打开Coul作用，之后继续打开vdw作用，这相当于上述循环右侧的耦合

gromacs

自由能

缩放

数据

公众号

原创 5月前 78 阅读

通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能

例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算能够帮助研究人员更深层次的理解相

gromacs

结合能

公众号

文件包含

数据文件

原创 9月前 277 阅读

基于MS的forcite模块进行抑制剂浮选煤泥分子动力学模拟

最后计算糊精抑制剂在煤样、石英、高岭石表面相互作用的分子动力学计算，采用Materials Studio 2019软件中Forcite模

material studio

抑制剂

forcite

ci

sed

原创 10月前 88 阅读

基于Forcite模块的分子动力学研究药剂与矿物相互作用实例（一）

由上图可以得出ChCl-2MA低共熔溶剂与氧化锌相互作用共分为三部分， ChCl-2MA中的Cl和C=O中的O与氧化锌中的Zn之间的距

ms

forcite

药剂

分子动力学

径向分布

原创 11月前 97 阅读

Gromacs分子动力学培训通知

由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现

gromacs

分子动力学

培训

细胞膜

蛋白

原创 2023-07-22 11:29:01 106 阅读

利用lammps模拟LJ流体在微通道中为二维流动

本次模拟采用LJ约化单位，初始晶体模型为六方最密堆积结构，晶格参数为0.7，沿x（100）方向

lammps

微流体

微通道

公众号

区域设置

原创 2023-06-03 07:17:51 95 阅读

基于MS进行CO2驱沥青质沉积分子动力学模拟

CO2能显著降低原油的黏度和界面张力，并可通过溶胀作用进一步提高原油采收率，因此，被认为是

MS

沥青

驱替

分子动力学

公众号

原创 2023-05-29 09:19:55 63 阅读

Materials Studio 计算溶解度参数

获得化学物质溶解度参数的通常做法是查阅化学手册或者直接实验，然而，相当多的化学物质是化学手册中所没有的，而做实验既费时又费力，还消耗大量的实验经费。（4）MS的Forcite板块中的“动力学”程序对步骤（3）中所建立的待计算化学物质依次在NPT和NVT情况下进行合理时长的动力学优化，得到分

MS

溶解度

石油

聚合物

ci

原创 2023-05-18 09:54:28 308 阅读

Gaussian 计算静电云图确定吸附位点

如何确定活性材料的吸附位点难以从常规测试中得到，EDS测试难以识别具有相同元素的不同吸附位点，因此相应变化。

gaussian

量子化学

吸附

静电势

公众号

原创 2023-05-18 09:54:09 234 阅读

基于Gromacs的蜘蛛毒素肽显性溶剂动力学分析

GROMACS 是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的高端的高效的工

gromacs

显性溶剂动力学

盒子

毒素肽

溶剂

原创 2023-05-18 09:53:52 172 阅读

GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制

自由能形貌图一般通过两个用如下命令实现。

gromacs

蛋白质

均方根偏差

回旋半径

自由能形貌图

原创 2023-05-18 09:53:22 742 阅读

基于VASP+phonopy+shengbte计算声子相干的热学性质

声子相干的热学性质在计算材料领域有着非常重要的地位，我们可以通过第一性

vasp

声子

热学

密度泛函

dft

原创 2023-05-18 09:53:14 1229 阅读

GROMACS模拟流程与力场构建

随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科

gromacs

力场

最小化

编程能力

微信公众号

原创 2023-05-18 09:52:17 868 阅读

基于MS的氢键分析脚本介绍

分子间氢键显著影响着聚合物链之间的相互作用。根据自由体积理论，分子间氢键的存在提高了聚合物分子链之动力学演化(

MS

material studio

氢键

正则

模拟过程

原创 2023-05-18 09:52:09 317 阅读

VASP计算AgGaS2能带及态密度及光学性质

第一步：构型优化1．准备四个输入文件POSCAR INCAR POTCAR KPOINTSPOSCAR: 从m

vasp

能带

态密度

数据

ci

原创 2023-05-18 09:52:04 2483 阅读

Lammps模拟时金属原子的L-J势参数提取方法

模拟计算程序LAMMPS 简介LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是“大规模原子分子并行模拟器”的简

lammps

势函数

势参数

金属

拟合

原创 2023-05-18 09:52:04 340 阅读

利用MS模拟天然气（甲烷）在多孔介质中的吸附

天然气蕴藏在地下多孔隙岩层中，包括油田气、气田气、煤层气、泥火山气和生物生成气等，也有少量出于煤层，主要用途是作燃料，可制造炭黑、化学药品和液化石油气，是优质燃料和化工原料。天然气由气态低分子烃和非烃气体混合组成，主要成分烷烃，其中甲烷占绝大多数，因此，本教程采用甲烷代表天然气模拟多孔介质中的吸附。模型建立：CH4：打开建立的Project，从菜单栏中选择 File|Import... 点击 Im

Material studio

吸附

ci

原创 2023-05-18 09:51:25 1253 阅读

Lammps 初学者——in 文件中文解析

1.初始化Units：Units 命令是用来设定模拟的原子类型。Units style（lammps 现在提供的有 style=LJ、real、metal、，3）Boundary：Boun

lammps

边界条件

最小化

ci

原创 2023-05-18 09:51:12 1376 阅读

基于Materials Studio的异质结构建模技巧

Materials Studio是美国Accelrys公司生产的新一代材料计算软件。Materials Visualizer模块提供了搭建分子、晶体及高分子材料结构模型所需要的所有工具，可以操作、观察及分析结构模型，处理

ms

material studio

异质结构

石墨烯

晶胞

原创 2023-05-18 09:50:56 3196 阅读

基于lammps计算球壳模型金属Cu的熔化温度

由下图分析可知，其中（a）-（d）通过可视化程序来观察整个体系在300 K-3000 K的温度下演化的过程，很明显的观察到在30

lammps

金属

熔化

相变

公众号

原创 2023-05-18 09:50:42 187 阅读

基于Materials Studio（MS）软件对金表面自组装膜的结构进行优化

MS Discover结构优化原理分子的势能一般为键合（键长、键角、二面角、扭转角等）和非键合相互作用（静电作用、范德华作用等）能量项的加和，总势能是各类势能之和，如下式：除

共轭梯度法

最小化

最小值

原创 2023-05-18 09:50:30 490 阅读

基于lammps的工件-轧辊组合模型轧制过程模拟

本文介绍如何从构建工件-轧辊组合模型，然后在不同的温度(中高温(300k以上)、常温(300k)和低温(77k)模拟工件被轧制的过程。建立组合的模型的具体in文件如下：1、首先,采用atomsk平台建立FCC结构的NiCrCo多晶结构。如下图：aotmsk –create fcc 3.56 Ni Ni.xsfpolycrystal.txt脚本内容如下:box 300 200 1

lammps

轧制

轧辊

fcc

多晶

原创 2023-05-18 09:50:29 216 阅读

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