说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--质谱仪的使用与维护
--纳升液相系统的使用与维护
--液质联用系统的检查和保养
--质谱运行状态的评估质谱仪的使用与维护之前我们讲到了质谱仪主要分为以下五个部分，那么我们就分别针对这些部分来讨论一下使用中可能遇到的问题。image质量分析器
主要知识点：
--质谱仪性能参数：检测限、线性范围、分辨率和质量准确度
--串联质谱类型及工作原理
--质谱辅助系统质谱仪性能参数我们作为质谱仪的使用者，怎么来评估一台质谱仪的性能呢？或者说，我们如何选择质谱仪呢？质谱仪主要的性能参数如下图，就让小编来依次为大伙儿解释一下这些高大上的参数名称到底是啥意思吧。image检测限“官方”的定义是，与三倍噪音相当的物质的量，我们可以理解为这是质谱仪能够检测
摘要反相蛋白阵列（RPPA）代表了一种功能强大的功能性蛋白质组学方法，可以以经济有效，灵敏和高通量的方式在许多样本中评估相当数量的选定蛋白质标记。这种基于定量抗体的检测方法已被广泛用于研究驱动肿瘤起始/进展的分子事件，并评估生物标志物和机制。并且当前的RPPA平台包含大约300个蛋白质标记物，涵盖所有主要的癌症信号传导途径。癌症蛋白质组图谱（TCPA，http://tcpaportal.org）是
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2021-03-27 07:21:38
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主要知识点：
--液相色谱仪及组成
--液质联用技术液相色谱仪1906年，一位叫Tsweet的俄国科学家，发现了这么一个现象：在一个玻璃管里放了一些碳酸钙的粉末，也就是石灰粉，然后把胡萝卜捣碎后的石油醚提取液加到柱子里，随着石油醚的流动，他发现在柱子上形成不同的色带，其实就是胡萝卜里包含的各种色素在碳酸钙柱子里被分离开了。由于观察到不同的色带，所以他管这种现象叫色谱。image我们通过下面的示意图
一、蛋白质的批量下载步骤1：进入PDB蛋白质结构数据库官网，点击PDB蛋白质结构数据库官网
图例：步骤2：点击左侧Download选项，进入下载页面，或直接点击下载页面
图例：步骤3：批量下载pdb文件批量下载文件需按照指定格式在下载页面的输入框输入PDB的ID.例如：4hhb,108d
注意：ID之间以英文逗号隔开
小技巧：在进行批量文件下载时，拿到的PDB文件ID可能并不是需要的以英文逗号隔开
氢氘交换质谱（hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, HDX MS）是一项研究蛋白质空间构象的质谱技术。这项技术的主要原理是将蛋白质置于重水溶液中，蛋白质表面的氢原子与重水里的氘原子发生互换，发生互换后的蛋白质经过酶切产生多肽片段，质谱鉴定肽段的质量：位于蛋白表面的多肽相比位于蛋白内部
数据上传需要知道的小知识为什么上传数据？1. 供审稿人检查数据与数据处理流程。2. 与学术界共享，其他人得以再次利用数据进行深度挖掘或不同角度进行研究（你也可以下载并再利用别人的数据）。3. 增加自己的引用率。4. 给自己节省数据储存空间。5. 督促研究者提供好数据！杜绝学术不端！蛋白组上传什么数据？1. 质谱原始数据，“只要是论文发表中用到的都上传”。2. 搜库结果文件。3. 其它表格。4. 注
蛋白序列相似度比对可以得到蛋白相似度信息，以及分析同源蛋白在进化过程中的序列保守型，预测可能存在蛋白结构域。获得蛋白序列氨基酸序列的获取可以直接通过 cDNA翻译，也可以直接从Uniport上直接获取氨基酸序列。 以拟南芥中FLS家族中的FLS1,FLS3,FLS4,FLS5,FLS6五个基因（FLS2明显不一样）为例： 直接搜索FLS1，即可得到下面页面： 很明显，第一个就是想要的蛋白。直接点击
蛋白质组学研究概述作者简介：中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇，外号 “大神”，口号 “Now you see me”。这是其刚入学时做的一个报告。本篇介绍下蛋白质组学，如果覆盖度深的话，应该是新时代的宠儿了。古希腊，一个神一样的存在，不只有雅典娜，更孕育了“ome”等一批高大上的词汇。组学表示一组物质整体的表现。蛋白质组学表示特定系统内蛋白质集合的研究。蛋白质组学有基于二维凝胶分离
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2018-10-19 18:25:00
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有个秘书，长得很漂亮，皮肤白净，身材窈窕，面貌姣好，而且，终日一脸甜甜的笑容。
但是，跟她接触了几次以后，才发现她是典型的“蛋白质女孩”—混蛋白痴神经质女孩！
一件事，你交待再清楚，有50%几率她会搞错；你批评她，她笑眯眯认错，但是下次下下次她还会在同样的地方犯同样的错！
我的天~！
问她的理想，是象她姑姑一样，偷渡到欧美国家，然后找一个华人嫁了，就拥有
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2009-03-19 07:46:30
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我们为什么需要蛋白质组学？ 1. 蛋白质组学从其他组学中带来的信息是独一无二的。 2. 为什么要这么具体？
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2022-09-01 11:35:31
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本文通过对Xponge+VMD的工具对蛋白质进行建模，然后总结了20种氨基酸的具体信息，也就是蛋白质的基本组成单元。通过对这些氨基酸的组合
原创
2022-05-14 19:32:32
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说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。主要知识点：
--同位素对质谱分析的影响
--原始谱图的处理
--什么是b-y离子回顾image在接着讲今天的关键问题之前，我们先来列一下质谱中相应的一些单位（见下图），可以帮助大家进行更好的理解与记忆。image这其中应用最多的是原子质量单位-道尔顿（Dalton or amu），其中的平均质量数是
第七章 蛋白质性质和结构分析传统的生物学认为，蛋白质的序列决定了它的三维结构，也就决定了它的功能。由于用X光晶体衍射和NMR核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一定的成果。 7.1分析蛋白质的一级结构蛋白质
作者简介：中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇，外号 “大神”，口号 “Now you see
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2023-05-07 23:00:00
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DOI：10.1021/acssynbio.8b00241杂志：ACS Synthetic BiologyOnline: Sep 2018通讯作者：Douglas S. Clark，美国加州大学文章链接：https://doi.org/10.1021/acssynbio.8b00241蛋白质模板的构建依赖于对单个蛋白质亚基之间的接口进行工程化，以驱动自组装成特定的功能结构。有一种方法取得了显著的成
使用如下链接https://files.rcsb.org/download/+文件名比如你需要下载5P21的pdb文件，则在浏览器输入以下链接https://files.rcsb.org/download/5P21.pdb读懂蛋白质PDB文件
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2022-07-14 18:26:43
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一、 概述：自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段。该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白，然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展。在大规模流程化的假阳性控制手段中，假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件，包括谱图的质量，检索的数据库的大小，检索引擎，检索参数等。本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法。该方法的可靠性在一个人工确认的包含546
