2022-09-27 生信平台搭建&软件安装

原创

MESSIA_ 2022-09-27 22:37:15 博主文章分类：Bioinformativs ©著作权

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### 系统软件
sudo apt install 
sudo apt install r-base
sudo apt install r-cran-tidyverse

###conda安装
conda install 
conda install biopython fastp samtools fastqc gffread bwa blast sra-tools bowtie sektk
conda install fastp √

###singularity安装

#查看系统版本
lsb_release -a
#查看linux内核版本
uname -a
###更改镜像用来提高下载安装速度
sudo ls -l /etc/apt/source.list
sudo vi /etc/apt/source.list
ubuntu mirror 清华源 copy wq
##更新源
sudo apt update
##更新软件包
sudo apt upgrade
##卸载软件
sudo apt remove xxx
sudo apt purge xxx
##删除无用软件包
sudo apt auto remove

###安装R
https://blog.csdn.net/Monster263/article/details/123750168
##安装R包
sudo R
install.packages('ggplot2')  #CRAN的软件包

bioconductor安装R包
install.packages("BiocManager")    √
Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.18), R 4.2.1 (2022-06-23)
BiocManager::install("DESeq2") x x x
BiocManager::install("tidyverse") √ 
BiocManager::install("limma") x
BiocManager::install("edgeR") x
BiocManager::install("pheatmap") ?
BiocManager::install("ggplot2") x
#提高下载速度---------
CRAN  ：https://cran.r-project.org/
BiocManager ：https://www.bioconductor.org/about/mirrors/
可以在 /etc/R/Rprofile.site 中添加
sudo vi  /etc/R/Rprofile.site
 
options(repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
#提高下载速度---------

###安装Rstudio server
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/
ip a
浏览器输入ip地址 192.168.40.128：8787 登录Rstudio

  确认安全组和防火墙打开 8787 端口
  sudo uwf allow 8787

新建一个环境，安装R包
conda create -n R4.0    #创建名为R4.0的虚拟环境
source(conda) activate R4.0  #激活R4.0环境
conda install r-base=4.0     #在该环境中安装最新版本的R  4.0.5
conda deactivate

conda init bash  #初始化
source .bashrc

install.packages("BiocManager")
Bioconductor version 3.12 (BiocManager 1.30.18), R 4.0.5 (2021-03-31)
BiocManager::install("limma")   √
BiocManager::install("edgeR")   √
BiocManager::install("DESeq2")  x
BiocManager::install("tidyverse")  √
BiocManager::install("pheatmap")   √
BiocManager::install("ggplot2",force =TRUE)  √
BiocManager::install("Rsubread")  √
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2  √
conda install -c bioconda bioconductor-edger   


base环境安装的：
conda install fastp  √
conda install -c hcc aspera-cli -y    √
conda install hisat2   √
conda install samtools=1.9  √