分箱 物种鉴定
功能注释eggnog 注释ln -s ../03.cdhit/unigene_pep.fasta## 切分序列singularity exec ../../software/MetaGenome.sif seqkit split --by-size 100000 --out-dir split unigene_pep.fasta## 登录 http://eggnog-mapper.embl.
宏基因组数据组装及注释测序文件-组装（megahit，fq1 fq2 - A1.contigs.fa）- 基因预测（prokka，A1.contigs.fa - faa ffn）- 去冗余（cd-hit； faa ffn - all.cds.cdhit/unigene序列文件 ）组装## 单组数据组装singularity exec ../../softwa
多样性分析&差异分析## 准备输入biom文件ln -s ../01.taxon/out_S/S.biom## 进行alpha多样性指数计算及绘制稀释曲线singularity exec ../../software/MetaGenome Rscript ../script/diversity_alpha.R S.biom S.alpha**output：S.alpha.alpha-div
物种组成及多样性分析_数据库构建***下载数据库### kraken2 databasewget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gztar -zxvf k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gz### bracken databasesingularity exec ../
质控 过滤 比对 去除宿主# 云硬盘挂在100Gvirtio-disk-bxgzkldx/dev/disk/by-id/virtio-disk-bxgzkldx /data ext4 defaults 0 0# uniport数据库下载wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/
export PATH=/home/ubuntu/software:$PATH #PATH=PWD:$PATHconda creat -c bioconda -n name_envs fastqc #conda子环境安装fastqcconda activate name_envs #切换到子环境 which -a fastqc #a*****Singularity 安装和使用 *****1.安
Copyright © 2005-2024 51CTO.COM 版权所有 京ICP证060544号
