我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析其实这一步特别的简单，就是筛选，然后用专门的R包分析就好了。但是富集分析貌似简单，但其实充满了变数。 PS: 下面的内容我直接从我之前的文章里摘录过来了。为
同一分子量会有很多不同的化学分子式，单不同的化学分子式的丰度比均是不一样的。质心MS数据(棒状图)是以显着信息损失为代价获得的，包括噪声特性，离子信号的线性，质量光谱干扰离子和同位素精细特征（例如，比较图1C至1A）。由于质心数据的离散性质，相关的信息损失和非线性以及质量定位误差，MS质心数据不容易适用于分子光谱学中常用的一系列化学计量学方法，如分化，衍生分析或多变量回归，用于定性鉴定或定量分析。
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2024-01-09 14:46:27
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今天给大家介绍来自哈佛医学院、麻省理工学院以及东北大学（美国）团队发表在Nature Communications上的文章，文章提出一个变分自编码器的概率模型（msiPL）用于学习质谱图像的低维嵌入表示。该模型可分析不同类型质谱仪和不同组织类型的质谱图像；并在3个公开的质谱成像（MSI）数据集以及2个由该论文作者收集整理的MSI数据集上进行了实验，实验结果表明msiPL可以有效的分析这些MSI数据
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2024-10-29 15:12:10
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1.MS/MS 简称LC-MS，是有机物分析市场中的高端仪器。液相色谱（LC）能够有效的将有机物待测样品中的有机物成分分离，而质谱（MS）能够对分开的有机物逐个的分析，得到有机物分子量，结构（在某些情况下）和浓度（定量分析）的信息。它的基本原理是蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，液相色谱进行肽分离，在质谱仪中肽段混合物电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（即质荷
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2023-11-01 18:43:40
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# 使用Python处理质谱数据的完整指南
质谱数据的处理是分析化学和生物信息学中的重要任务，尤其在代谢组学和蛋白质组学中，质谱数据被广泛使用。随着Python的流行，各种库使得质谱数据的处理变得易于实现。此篇文章将带你了解处理质谱数据的基本流程，并提供每个步骤的详细指导和示例代码。
## 整体流程
在开始之前，让我们先了解处理质谱数据的整体流程。下表总结了整个步骤：
| 步骤
1. 为什么要进行样品预处理？样品必须是液态的，更重要的是没有颗粒，如果样品不是液态的，比如为组织样品和全血样品等，则需要处理成转换为液态，其次质谱部分是通过将液态转换为气态离子，并且在高真空条件下检测，以目前最常用的电喷雾离子化（ESI）和大气压化学离子化(APCI)两种离子源为例，为了确保有良好的离子化效率，要求进入的液态样品不能含有非挥发性酸碱或者盐。一个是样品太“脏”，这里的“脏”
一、软件安装软件直接从官网下载（http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html），下载后，解压，找到MSDIAL.EXE双击打开即可。 二、原始文件转格式不同仪器厂商质谱下机数据有差异，先转成特定的格式再进行分析。1、安捷伦、AB SEIX下机文件，（即.d、wiff格式），建议转成ABF格式格式转换软件，可以直接从官网（https:
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2024-09-03 11:32:48
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写在前面今天，我们继续为小伙伴们推送干货知识。今天有朋友问到这个问题，那的我们整理了质谱分析中可能用到的名词术语，一起来看看吧！「 第1个概念质谱分析法」 先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度( 强度)，从而实现分析目的的一种分析方法。「 第2个概念质谱」 不同质荷比的离子经质量分析器分离，而后被检测并
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2024-08-01 13:25:56
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ChemDraw软件是一款比较常见的化学绘图软件，化学专业的领域的人常常会用到它。本教程主要是针对新手用户，让其了解一些ChemDraw的一些基本操作，以便其能尽快上手早日用到工作中。下面我们就来给大家介绍介绍移动ChemDraw结构有什么方法？一、一般移动操作1、利用选择工具移动ChemDraw结构选择工具选中要移动的ChemDraw结构后，点击鼠标选中此结构，接着通过拖动鼠标将结构移动到所需位
适用于质谱专家的全面软件解决方案简介ACD/MS Structure ID Suite是一个一站式质谱数据分析、处理和管理平台，可帮助科学家筛选目标化合物和非目标化合物，并确定其结构。提供专业算法处理和解释LC/MS、GC/MS和MSn数据，通过数据存储管理实现数据采集和共享。支持与现有化学信息学平台的嵌合体或与商业数据库的集成，以构建专用MS数据库平台。功能特点1、支持绝大多数仪器厂商数据格式用
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2023-08-04 16:46:05
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2020年3月5号由中国医学科学院药物研究所、北京协和医学院药物研究所天然药物活性物质与功能国家重点实验室、中国民族大学等多家科研院校合作在Analytical Chemistry发表的题为：“Strategy for Global Profiling and Identification of 2- and 3-Hydroxy Fatty Acids in Plasma by UPLC-MS/M
传统显微镜观察到的组织样本中的形态异常并未向我们提供任何生化信息。另一方面，传统的生化技术通常会丢失组织的位置信息。如果可以将这两个方面的信息结合起来，我们就可以确定异常结构的性质，从而阐明发病机制或确定治疗目标。成像质谱（IMS）可以成功地结合这两个特征-检测质量以显示物体并同时确定未知分子的生物化学和位置信息质谱（MS）是一种分析技术，通过使用电荷与各自质量比（质量/电荷; m / z）的差异
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2024-01-29 05:08:49
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当然，对于复杂的有机化合物的定性，还要借助于红外光谱、紫外光谱、核磁共振等分析方法。质谱解析是一种非常困难的事情。自从有了计算机联机检索之后，特别是数据库越来越大的今天，尽管靠人工解析El质谱已经越来越少，但是，为了加深对化合物分子断裂规律的了解，作为计算机检索结果的检验和补充手段，质谱图的人工解析还有它的作用，特别是对于谱库中不存在的化合物质谱的解析。另外，在MS/MS分析中，对子离子谱的解析，
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2023-11-20 11:50:24
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「第1个概念 质谱分析法」先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度( 强度)，从而实现分析目的的一种分析方法。「第2个概念 质谱」不同质荷比的离子经质量分析器分离，而后被检测并记录下来的谱图叫作质谱图。简称质谱。质谱图的横坐标是质荷比(m/z) ，纵坐标是离子强度；质谱法(Mass Spectrometry) 即
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2024-02-20 20:54:37
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一、K-means聚类中心初始化问题。 1）随机初始化各个簇类的中心，进行迭代，直到收敛，并计算代价函数J。 如果k=2~10，可以进行上述步骤100次，并分别计算代价函数J，选取J值最小的一种聚类情况，能够得到一个相对不错的局部最优解。（因为k值较小情况下，不同的随机中心，聚类结果不同） 2）如果k值很大，则多次随机意义不大，随机一次进行聚类即可。 二、如何选择聚类数目K?
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2024-03-19 22:47:33
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说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--什么是质谱仪
--质谱仪的分类介绍：磁质谱仪、飞行时间质谱仪、四级杆质谱仪、离子阱质谱仪、FTICR和Orbitrap什么是质谱仪为了直观一些，我们先上几张质谱仪的照片，大伙儿感受一下~image质谱仪到底是个啥呢？我们还是先来掉个书袋吧，
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2023-10-04 21:13:22
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李荟芳 (本钢板材检化验中心)摘 要 本文通过对X-射线荧光光谱仪分析铁水中的元素找取实验条件、建立及拟合曲线以及试样处理等方面进行了研究，找到最佳分析条件，实现了Si、Mn、P、S等4种元素同时在线分析，与光谱法和红外法进行对比，精密度和准确度满足国标GB/T16597的检测要求。关键词 X-射线荧光光谱仪 铁水元素 曲线调整 试样分析1
一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器，它将分析样品转化成带电离子并根
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2022-09-01 11:37:55
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[NeurIPS 2022] 如何度量知识蒸馏中不同数据增强方法的好坏？一种统计学视角作者单位：美国东北大学，三菱电机研究实验室（美国）●Arxiv：https://arxiv.org/abs/2012.02909●Code：https://github.com/MingSun-Tse/Good-DA-in-KD●Webpage：http://huanwang.tech/Good-DA-in-KD
由于红外数据集在军事、国防等特殊用途，所以红外数据集数据较少，下面主要是对现有的红外数据集做个汇总和介绍，有的网址可能需要咳咳才能访问。目前，都已经补充了百度云盘链接，方便大家更好的使用。1.OTCBVS Benchmark Dataset里面包括好多子数据集，常用的是dataset01和dataset03.Dataset 01: OSU Thermal Pedestrian Database主题
