一、软件安装

软件直接从官网下载(http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html),下载后,解压,找到MSDIAL.EXE双击打开即可。

python 质谱数据分析_python 质谱数据分析

python 质谱数据分析_其他_02

二、原始文件转格式

不同仪器厂商质谱下机数据有差异,先转成特定的格式再进行分析。

1、安捷伦、AB SEIX下机文件,(即.d、wiff格式),建议转成ABF格式

格式转换软件,可以直接从官网(https://www.reifycs.com/AbfConverter/)下载。使用方法,如下:

python 质谱数据分析_python 质谱数据分析_03

python 质谱数据分析_java_04

转换后为ABF文件,用于后面的分析。

2、沃特世(Waters)下机文件,(即.RAW文件夹格式),建议转成mzML格式,再进行分析。

  格式转换软件,可以直接从官网(https://proteowizard.sourceforge.io/download.html)下载。使用方法,如下:

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python 质谱数据分析_python 质谱数据分析_06

所有格式只要能转换就行,不限用哪种格式,只要能方便转换就行 。

三、小分子数据库准备

1、可以直接从MSDIAL官网下载数据库。(链接:http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html#MSP)

python 质谱数据分析_java_07

2、可以直接从mona数据库下载MSP格式数据库。(官网链接https://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/downloads)。

python 质谱数据分析_mysql_08

3、可以整理自己的代谢数据库。公共数据库,存在不同仪器采集的数据,不同仪器所用碰撞能不一样,产生的质谱二级谱图本身也有差异。另外数据库中还存在着一些理论谱图及低分辨质谱做的二级谱图,直接进行匹配,会造成假阳性的情况。我司经过多年的积累及整理,已经有相对成熟的数据库

数据库MSP文件,用文本编辑器打开查看,也可以进行编辑处理,按特定格式整理成想要的格式:

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四、数据依赖性数据分析(DDA采集模式)

不同厂家DDA采集名称有差异,本质就是先采一级谱图,再从中挑前面丰度高的数据再进行二级采集的,就是数据依赖性数据。安捷伦的叫法就是auto msms采集模式、AB SEIX的叫IDA采集模式。

1、通过File-New project新建工程文件

python 质谱数据分析_python 质谱数据分析_10

2、导入文件

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3、按下面步骤设计好具体参数

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为了更方便各位老师设置参数,我们把常用正离子、负离参数保存为med2格式。通过文件可以直接把参数导入,不用再设置。导入方法如下:

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python 质谱数据分析_mysql_17

4、导入数据库

设置完参数后,把准备好的数据库,放入软件中,即可搜索。

python 质谱数据分析_python 质谱数据分析_18

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5、点击完成,进行搜索。

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五、数据非依赖性数据分析(DIA采集模式)

不同厂家DIA采集名称有差异,本质就是把一级全扫的离子,全部进行碎片化,从而避免了因为离子强度太低面采集不到的情况发生。安捷伦的叫法就是all ions采集模式、AB SEIX的叫SWATH采集模式,Waters的叫MSE。

设置方法大分部与DDA分析一样。在数据模式在选择,DIA模式,然后把对应的碰撞能,扫描范围信息导入。其他的与上面DDA数据分析一样。

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六、鉴定结果查看