1.MS/MS
简称LC-MS，是有机物分析市场中的高端仪器。液相色谱（LC）能够有效的将有机物待测样品中的有机物成分分离，而质谱（MS）能够对分开的有机物逐个的分析，得到有机物分子量，结构（在某些情况下）和浓度（定量分析）的信息。
它的基本原理是蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，液相色谱进行肽分离，在质谱仪中肽段混合物电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（即质荷比，M/Z）的肽段离子分离开来，经过检测器收集分离的离子，确定每个离子的M/Z值。经过质量分析器可分析出每个肽段的M/Z，得到蛋白质所有肽段的M/Z图谱，即蛋白质的一级质谱峰图。
离子选择装置自动选取强度较大肽段离子再次破碎和分析进行二级质谱分析，输出选取肽段的二级质谱峰图，通过和理论上蛋白质经过胰蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行比对而鉴定蛋白质。
肽质量指纹谱分析（Peptide Mass Fingerprinting，PMF），不同的蛋白质经专一酶解后产生特定的肽段序列，采用生物质谱对肽混合物进行质量分析，结合数据库检索对库中的已知蛋白质进行鉴定。通过理论序列和谱图匹配出碎裂的BY离子，通过碎裂的方式进行拼接，得到鉴定的肽段，然后unique肽段（看这个肽段匹配到几个蛋白过）匹配到蛋白水平。
蛋白质谱可以 鉴定/检测互作/定量
2.iTRAQ标记原理
iTRAQ和TMT是近年来应用最广泛的差异蛋白质组学技术，它们均采用体外标记的方法，利用同位素试剂标记蛋白质酶解后产生的多肽，对两个或多个样本，在全蛋白质组层面上展开相对定量分析。
TMT™标签由三部分组成：分子量报告子、分子量标准化部分和反应基团
肽反应基团将iTRAQ试剂等压标记与肽的每个赖氨酸侧链和N末端基团共价连接，从而标记给定样品消化物中的所有肽。
MS ->MS/MS 提高信噪比，鉴定更可信。
在一级质谱图中，分子量标准化部分使任何一种TMT™试剂标记的不同样本中的同一肽段表现为相同的质荷比。
在串联质谱中，报告基团、平衡基团和多反应基团之间的键断裂，平衡基团丢失，带不同同位素标签的同一多肽产生不同的报告离子，根据报告离子的信号强度可获得样品间相同肽段的定量信息，通过软件处理得到蛋白质的相对和绝对定量信息。
