传统显微镜观察到的组织样本中的形态异常并未向我们提供任何生化信息。另一方面，传统的生化技术通常会丢失组织的位置信息。如果可以将这两个方面的信息结合起来，我们就可以确定异常结构的性质，从而阐明发病机制或确定治疗目标。成像质谱（IMS）可以成功地结合这两个特征-检测质量以显示物体并同时确定未知分子的生物化学和位置信息质谱（MS）是一种分析技术，通过使用电荷与各自质量比（质量/电荷; m / z）的差异
同一分子量会有很多不同的化学分子式，单不同的化学分子式的丰度比均是不一样的。质心MS数据(棒状图)是以显着信息损失为代价获得的，包括噪声特性，离子信号的线性，质量光谱干扰离子和同位素精细特征（例如，比较图1C至1A）。由于质心数据的离散性质，相关的信息损失和非线性以及质量定位误差，MS质心数据不容易适用于分子光谱学中常用的一系列化学计量学方法，如分化，衍生分析或多变量回归，用于定性鉴定或定量分析。
「第1个概念 质谱分析法」先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度( 强度)，从而实现分析目的的一种分析方法。「第2个概念 质谱」不同质荷比的离子经质量分析器分离，而后被检测并记录下来的谱图叫作质谱图。简称质谱。质谱图的横坐标是质荷比(m/z) ，纵坐标是离子强度；质谱法(Mass Spectrometry) 即
当然，对于复杂的有机化合物的定性，还要借助于红外光谱、紫外光谱、核磁共振等分析方法。质谱解析是一种非常困难的事情。自从有了计算机联机检索之后，特别是数据库越来越大的今天，尽管靠人工解析El质谱已经越来越少，但是，为了加深对化合物分子断裂规律的了解，作为计算机检索结果的检验和补充手段，质谱图的人工解析还有它的作用，特别是对于谱库中不存在的化合物质谱的解析。另外，在MS/MS分析中，对子离子谱的解析，
写在前面今天，我们继续为小伙伴们推送干货知识。今天有朋友问到这个问题，那的我们整理了质谱分析中可能用到的名词术语，一起来看看吧！「 第1个概念质谱分析法」 先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度先将中性分子离子化，再顺次分离和记录各种离子的质荷比和丰度( 强度)，从而实现分析目的的一种分析方法。「 第2个概念质谱」 不同质荷比的离子经质量分析器分离，而后被检测并
说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--什么是质谱仪
--质谱仪的分类介绍：磁质谱仪、飞行时间质谱仪、四级杆质谱仪、离子阱质谱仪、FTICR和Orbitrap什么是质谱仪为了直观一些，我们先上几张质谱仪的照片，大伙儿感受一下~image质谱仪到底是个啥呢？我们还是先来掉个书袋吧，
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2023-10-04 21:13:22
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一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器，它将分析样品转化成带电离子并根
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2022-09-01 11:37:55
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1.MS/MS 简称LC-MS，是有机物分析市场中的高端仪器。液相色谱（LC）能够有效的将有机物待测样品中的有机物成分分离，而质谱（MS）能够对分开的有机物逐个的分析，得到有机物分子量，结构（在某些情况下）和浓度（定量分析）的信息。它的基本原理是蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，液相色谱进行肽分离，在质谱仪中肽段混合物电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（即质荷
适用于质谱专家的全面软件解决方案简介ACD/MS Structure ID Suite是一个一站式质谱数据分析、处理和管理平台，可帮助科学家筛选目标化合物和非目标化合物，并确定其结构。提供专业算法处理和解释LC/MS、GC/MS和MSn数据，通过数据存储管理实现数据采集和共享。支持与现有化学信息学平台的嵌合体或与商业数据库的集成，以构建专用MS数据库平台。功能特点1、支持绝大多数仪器厂商数据格式用
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2023-08-04 16:46:05
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# 质谱特征深度学习：基础与应用
## 引言
质谱（Mass Spectrometry, MS）是一种重要的分析技术，用于识别和量化化合物的分子结构。这项技术广泛应用于化学、生物学、医学等领域。然而，由于质谱数据通常非常复杂，如何从中提取有效特征并进行分析成为了研究者面临的挑战。近年来，深度学习的兴起为质谱数据的分析提供了新的思路和方法。本文将探讨质谱特征深度学习的基本概念、流程和应用，并提供
# 实现深度学习质谱图的流程及代码详解
深度学习在质谱分析的应用越来越广泛，是一种非常有效的分析技术。本文将指导你从零开始实现深度学习质谱图的构建，分步骤讲解并附上相应的代码。以下是我们整个流程的概览：
| 步骤 | 描述 |
| ------- | -------------------------------- |
| 步骤1
质谱仪：质谱分析法是先将大分子电离为带电粒子，按质核比分离，由质谱仪识别电信号得到质谱图。 Top-down直接得到结果是蛋白。 Bottom down使用shutgun方法得到结果是肽段。 由蛋白质混合物打断为肽段混合物，按特定时间分离为LC， 初次
一、软件安装软件直接从官网下载（http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html），下载后，解压，找到MSDIAL.EXE双击打开即可。 二、原始文件转格式不同仪器厂商质谱下机数据有差异，先转成特定的格式再进行分析。1、安捷伦、AB SEIX下机文件，（即.d、wiff格式），建议转成ABF格式格式转换软件，可以直接从官网（https:
核磁共振波谱法在医学成像检查，分析化学和有机分子的结构研究及材料表征中运用最多。但因其体积庞大、结构复杂，往往需要专门的技术人员进行操作，今天小析姐就和小伙伴们聊一聊这个复杂的“大家伙”。核磁共振波谱法(Nuclear Magnetic Resonance，简写为NMR)与紫外吸收光谱、红外吸收光谱、质谱被人们称为“四谱”，是对各种有机和无机物的成分、结构进行定性分析的最强有力的工具之一，亦可进行
一、K-means聚类中心初始化问题。 1）随机初始化各个簇类的中心，进行迭代，直到收敛，并计算代价函数J。 如果k=2~10，可以进行上述步骤100次，并分别计算代价函数J，选取J值最小的一种聚类情况，能够得到一个相对不错的局部最优解。（因为k值较小情况下，不同的随机中心，聚类结果不同） 2）如果k值很大，则多次随机意义不大，随机一次进行聚类即可。 二、如何选择聚类数目K?
关于质谱中常见的质量概念一、 质谱中几种常见的质量定义• 质量Mass (mass spectrometry)• 统一原子质量单位Unified atomic mass unit• m/z• 摩尔质量Molar mass/M• 平均质量Average mass• 名义质量Nominal mass• 整数质量Integer mass• 单同位素质量Monoisotopic mass• Exact
众所周知， "Proteowizard MSconvert" 用于质谱原始数据的格式转换，但主要平台是windows，要想在Linux上运行需要打Docker或Wine
原创
2022-09-01 11:57:11
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今天给大家介绍来自哈佛医学院、麻省理工学院以及东北大学（美国）团队发表在Nature Communications上的文章，文章提出一个变分自编码器的概率模型（msiPL）用于学习质谱图像的低维嵌入表示。该模型可分析不同类型质谱仪和不同组织类型的质谱图像；并在3个公开的质谱成像（MSI）数据集以及2个由该论文作者收集整理的MSI数据集上进行了实验，实验结果表明msiPL可以有效的分析这些MSI数据
colour-science是专门用来进行颜色空间计算的python模块，绘制CIE色度图用法十分简便。近来尝试了CIE 1976色度图的绘制，记录如下：安装python colour-science模块，用于绘制色域图git clone git://github.com/colour-science/colour.git
cd colour
conda activate back-mattin
在前手性化合物当中如： 两个乙基是化学等价的，而2与3两个亚甲基中CH2的两个氢是不等价的，由此化学位移不同，两个氢同碳偶合,又受邻位CH3的偶合若无谱线重叠，此CH2可以观察到十六条谱线。请看下面的谱图： 用NOESY方法对异构体的鉴别 在有机合成反应中会经常出现异构体 ,在异构体构型的鉴别中，NOE是一种非常有效的手段。NOE谱对有机化合物结构、构型、构象的鉴定能够提供重要信息. NOE谱可以
