2001年2月，Nature和Science两本期刊分别刊登了国际人类基因组测序联盟（International Human Genome Sequencing Consortium）和美国Celera Genomics公司的人类基因组序列草图及初步分析结果，这项被誉为生命科学“登月计划”研究项目的初步完成为人类揭开自身奥秘奠定了坚实的基础，并引导生命科学研
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2023-05-08 01:39:41
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【生信】生物序列比对文章的文字与图片全部/部分来源网络或学术论文，文章会持续修缮更新，仅供大家学习使用。目录【生信】生物序列比对1、生物序列比对介绍2、序列比对算法基于全局匹配的算法（1）打分矩阵（2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法基于局部匹配的算法Needleman-Wunsch算法Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法与Needle
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2023-12-20 06:17:40
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目录实现原理与代码全部代码结束语 实现原理与代码像全局序列匹配一样，局部序列比对的目的也是找到两个序列之间的相似度。 Smith-Waterman这一局部比对算法的原理和Needleman-Wunsch全局比对算法一样，也是运用了动态规划(DP)的思想。具体关于Needleman-Wunsch全局比对算法可参考我的这篇博客。Smith-Waterman算法经常两序列长度相差较大时使用，或需要匹配
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2024-04-10 21:14:14
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历史先行：`RISC-V`架构主要由美国加州大学伯克利分校的Krste Asanovic教授、Andrew Waterman和Yunsup Lee等开发人员于20
原创
2023-07-14 15:50:02
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Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法py实现（多条回溯路径）话不多说，直接上结果图，多条回溯路径。原理代码详解（以NW为例）导入包以及参数设置import numpy as np
sequence_1 = "AACGTACTCAAGTCT"
sequence_2 = "TCGTACTCTAACGAT"
match = 9
mismatch = -6
gap = -2
世界十大钢笔排名是万宝龙 Mont Blanc、派克 Parker、毕加索 Picasso 、凌美LAMY、公爵 Duke、百利金PELIKAN、奥罗拉 Aurora、威迪文 Waterman 、犀飞利 、百乐(Pilot)。万宝龙 Mont Blanc (1906年德国,钢笔世界的最高代表)。1906年这家公司推出第一款优质安全钢笔 " 红与黑 "。1910 年...
原创
2022-06-13 05:47:22
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生物信息学序列比对算法——动态规划前言一、LCS问题1. 子序列2. 公共子序列二、Needleman Wunsch三、Smith Waterman算法四、算法实现（函数式）五 算法实现（面向对象）aligner.haligner.cppmain.cpp总结 前言序列比对是生物信息学中非常重要的一个概念，对分析生物数据具有不可或缺的作用。目前绝大多数的序列比对工具均包含了基于动态规划的序列比对的
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2023-07-01 15:29:25
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目录全局比对算法（Needleman-Wunsch）原理R代码实现局部比对算法（Smith-Waterman）原理R代码实现总结全局比对算法（Needleman-Wunsch）原理其实这个跟数据结构学过的最短路径问题很像，核心思想就是依次寻求重复子问题的最优子结构。Needleman-Wunsch算法是一种全局联配算法，从整体上分析两个序列的关系，即考虑序列总长的整体比较，用类似于使整体相似最大化
生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介生物信息学（4）——多序列比对之CLUSTAL算法详解及C++实现生物信息学（5）——基于CUDA的多序列比对并行算法的设计与代码实现项目gitee地址，内附源
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2024-05-20 10:31:58
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Riscv是现在比较火的一套开源指令集（ISA），这就有很多搞头了，可定制化，不用收费，不像arm虽然很成熟，但是需要几百到几千万不等的授权费，对于小公司来说成本过于高昂。Sifive是Riscv指令设计者的下场搞的公司（Andrew Waterman 是SiFive 的总工程师和联合创始人），算做的比较好的，卖IP core设计方案，可以再官网www.sifive.com找到不少产品方
代码相似度计算将基于AST和Smith-Waterman算法AST (抽象语法树)AST即Abstract Syntax Trees，是源代码的抽象语法结构的树状表示，树上的每个节点都表示源代码中的一种结构。一般的，在源代码的翻译和编译过程中，语法分析器创建出分析树，然后从分析树生成AST。生成AST使用Python中的ast库来生成源代码的AST最简单的例子:import ast
root_no
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2023-07-29 23:14:51
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RISC-V是一个基于精简指令集（RISC）原则的开源指令集架构（ISA）。 RISC-V架构主要由美国加州大学伯克利分校的Krste Asanovic教授、Andrew Waterman和Yunsup Lee等开发人员于2010年发明，并且得到了计算机体系结构领域的泰斗David Patterson的大力支持。伯克利的开发人员之所以发明一套新的指令集架构，而不是使用成熟的×86或者AR
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2023-07-26 22:37:11
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2021年是人类基因组草图公布的20周年，QB期刊非常荣幸地邀请到了一批曾在人类基因组计划（HGP）中发挥重要作用并做出突出贡献、或见证HGP重大进展和影响的杰出科学家，为大家分享HGP背后的故事。我们相信这些故事不仅可以带给大家很多见解，也可以为定量生物学未来的发展提供启示。在QB2021年第1期中，QB编辑部分别邀请了Michael S. Waterman教授讲述了
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2023-05-08 00:18:27
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