tophat -p 4 -G filter.gtf \-o /SRR222 \/index \SRR222.fastqtophat -p 4 -G filter.gtf \-o /SRR222 \/index \SRR717.fastq,SRR718.fastqtophat -p 4 -G filt...
原创
2023-11-06 15:15:57
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（1）安装cufflinks tophat http://5527lok.blog.163.com/blog/static/6475158201242823917220/ （2）使用Tophat分析RNA-seq结果 http://5527lok.blog.163.com/blog/static/6
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2023-11-08 09:06:11
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tophat输出结果junction.bedBED formatBED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotati
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2023-11-07 09:28:32
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samtools flagstat /SRA111111/SRR111222/accepted_hits.bam 78406056 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) (1)0 + 0 duplicates78406056 + 0 mapped (100.00%:-nan%) (2)78406056 + 0 pai
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2023-11-06 15:20:34
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Cole Trapnellsaid：there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cufflinks2) assemble each bam an
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2023-11-06 15:07:36
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欢迎关注”生信修炼手册”!tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具，官网
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2022-06-21 06:21:26
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引言RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-
原创
2021-03-28 06:58:41
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一、边缘提取常用算子1、sobel算子边缘检测//Sobel梯度算子
void imageSobel(){
const char* name = "lena.tif";
IplImage* image = cvLoadImage(name, CV_LOAD_IMAGE_GRAYSCALE);
if (image == NULL){
printf("image load failed.\n
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2024-06-29 20:23:56
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1. 概述本设计采用FPGA技术，实现CMOS视频图像的Tophat形态学滤波，并通过以太网传输(UDP方式)给PC实时显示。2. 硬件系统框图CMOS采用MT9V011(30万像素)，FPGA采用ALTERA公司的CYCLONE IV，以太网卡采用REALTK公司的100M网卡芯片，硬件框图如下：硬件平台采用ETree的FPGA开发板，如下图所示：3. 算法原理Tophat变换是原图像与开运算结
原创
2017-10-28 11:00:40
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RNA-seq差异表达分析工作流程 需要使用到的工具： TopHat Cufflinks Samtools首先安装的tophat需要事先安装好bowtie。至于安装方面的问题，这里不至赘述。整个pipeline非常明确：Sequences → TopHat → Manual Check → Cufflinks → Analysis第一个问题，是否需要做duplicate
一、顶帽TOPHAT又称礼帽，是原始图像与进行开运算之后得到的图像的差。 礼帽图像=原始图像-开运算图像 得到噪声图像 开运算：先腐蚀再膨胀 使用方法：morphologyEx cv2.MORPH_TOPHAT 结果=cv2.morphologyEx(原始图像,cv2.MORPH_TOPHAT,卷积核) 卷积核示例：k=np.ones((10,10),np.uint8) 代码如下：import c
本文要写的是TopHat算法，这个算法属于形态学变换，主要应用在解决当光照不均等条件引起的背景灰度不均问题（敲黑板，TopHat是应用在灰度图像的，不是二值图像！）。TopHat算法本质是形态学变换中开闭运算的组合。开运算能消除灰度图像中较亮的细节，闭运算则能消除较暗的细节，（如果对应到坐标系，亮对应波峰，暗对应波谷）。
WhiteTopHat：原图像
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2024-01-19 23:45:58
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HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtmlHISAT2安装下载HISAT2-2.0.1，并解压：unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x8
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2024-05-01 17:55:58
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又是一篇转载，最近在学相关知识 RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。基因组比对：Tophat2：可以说是最被公认的RNA测序比对软件（实际上是在DNA比对软件Bowti
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2023-08-25 18:30:35
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使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时，当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平。 This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM Col
原创
2023-11-06 15:01:59
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morphologyEx(src,dst,OPT,kernel) OPT对应操作，分为以下几类 CV_MOP_OPEN开操作 CV_MOP_CLOSE闭操作 CV_MOP_GRADIENT形态学梯度 CV_MOP_TOPHAT顶帽操作 CV_MOP_BLACKHAT黑帽操作 1.开操作 先腐蚀再膨胀
原创
2021-05-25 22:13:42
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我们通过腐蚀和膨胀两种基本的形态学操作实现开运算、闭运算、形态梯度、顶帽、黑帽五种形态学操作//MorphologyEx参数
//op;形态学运算的类型
//MORPH_OPEN： 开运算
//MORPH_CLOSE ：闭运算
//MORPH_GRADIENT： 形态学梯度
//MORPH_TOPHAT：顶帽运算
//MORPH_BLACKHAT
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。 Salmon(Patro et al. 2016), Sailfish (Patro, Mount, and Kingsford 2014) kallisto (Bray et al. 2016) RSEM(B. Li and Dewe
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2024-08-09 08:24:24
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文章目录10 膨胀与腐蚀(1)形态学操作(morphology operators)——膨胀、腐蚀(2)相关API(3)动态调整结构元素大小TrackBar11 形态学操作(1)开操作- open(2)闭操作- close(3)形态学梯度- Morphological Gradient(4)顶帽- Tophat(5)黑帽- Blackhat(6)API12 形态学操作应用——提取水平与垂直线(1
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2023-08-20 22:41:53
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