tidyr包
类似于上图成行成列的表数据是干净数据(tidy data)，一般每一行表示一条观测记录，每一列表示一个字段(变量) tidyr包是用来操作tidy data的包，主要的功能有数据变形(Reshape Data)分割数据(Split Cells)处理缺失值数据(Handle Missing Values)数据变形(Reshape Data)数据变形(Reshape Data)可以重构数
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2023-08-22 11:37:51
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# R语言中的灵敏度分析
在数据分析领域，灵敏度分析是一种用于评估模型的输出如何受输入变化影响的技术。在R语言中，我们可以使用不同的包和函数来进行灵敏度分析，以了解模型对输入变量的响应程度。本文将介绍如何使用R语言进行灵敏度分析，并提供相应的代码示例。
## 什么是灵敏度分析？
在数据建模中，我们通常使用数学模型来描述输入变量与输出变量之间的关系。灵敏度分析可以帮助我们了解模型在输入变量发生
原创
2024-03-25 05:08:31
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前言 最近想试一下捣腾一个 R 包出来，故参考了一些教程。现在看到的最好的就是谢益辉大大之前写过的开发R程序包之忍者篇，以及 Hadley 大神（ggplot2 devtools 等一系列包的作者）的 教程。但是前者有一些过时，后者是全英文的，所以我这里记录一下比较简单的过程，给读者们一个参考思路。如果你有一些 R 程序，想塞到去一个自创的 R 包中，那么这篇文章就可能是你想要的。为了方
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2023-09-02 15:12:54
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导读本文整理了R语言绘图中使用频率较高的程序包，每个程序包都附载相应的参考来源链接（链接里有实现绘图的脚本）和下载链接。另：茗创科技为大家提供免会员极速下载服务，需要相应程序包的小伙伴可以私信茗创科技周翊工程师，微信号MCKJ-zhouyi或17373158786。gganimate：在R中绘制动态图gganimate在CRAN上可通过install.packages('gganimate')来安
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2023-11-05 19:59:46
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R语言利用ALL数据集作柱状图和热图#下载数据包
#BiocManager::install(“ALL”)
#BiocManager::install(“Biobase”)#加载数据包
library(“ALL”)
library(“Biobase”)#载入数据集
data(“ALL”)#查看相关消息
ALL‘筛选数据子集，并且将数据存入case1内，条件一：BT列数据在前五行的集合内
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2023-08-09 20:55:45
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另外再推荐一个在线绘制venn图的网站（除了广告较多都挺好的）：https://www.meta-chart.com/venn具体包括下面三个包： limma、venneuler、VennDiagram。总的来说，三个包都有着各自的不足。下面会一一进行说明，这里先放上结论：综合方便程度以及函数的多样性而言，VennDiagram > venneuler > limma。limma首先针
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2024-01-25 16:49:11
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转录组edgeR分析差异基因edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。该方法甚至能够用最小重复水平使用，只要至少一个表型或实验条件是重复的。该软件可能具有测序数据之外的其他应用，例如蛋白质组多肽计数数据。可用性：程序包在遵循LGPL许可证下可
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2023-11-03 09:45:11
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1. vim 删除一列先使用ctrl + v，移动方向键，选择矩形区域，然后按 d 进行删除如果要在每一列前面加一个“{ ”------>修改列为特殊字符（ctrl + v选好后使用r替换成特殊字符），然后使用:%s替换命令如果要在每一列后面加一个“},” ------> 1. 修改最后一个字符为特殊；2. 使用命令“:%s /,\r/
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2024-08-20 20:02:48
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qgg包：一款大规模数量遗传和基因组分析的R包一、概述该包基于：假设基因组特征可能会富集影响性状的因果变体。根据以往的研究和不同的信息来源，可以分成几种基因组特征,如基因、染色体或生物途径。1、核心功能拟合线性混合模型 构建基因组关系矩阵 估计遗传参数(遗传性和相关性) 基因预测 单标记关联分析 基因集合富集分析2、qgg利用以下处理大规模数据使用openMP的多核处理 在BLAS库(如OpenB
2.3.6 导入 SPSS 数据
IBM SPSS数据集可以通过foreign包中的函数read.spss()导入到R中，也可以使用Hmisc
包中的spss.get()函数。函数spss.get()是对read.spss()的一个封装，它可以为你自动设
置后者的许多参数，让整个转换过程更加简单一致，最后得到数据分析人员所期望的结果。
首先，下载并安装Hmisc包（foreign包已被默认安装
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2024-02-28 10:47:41
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R 2.14.0版本以后，parallel包被作为核心包引入R，这个包主要建立在 multicore 和 snow 包的工作基础之上，包含了这两个包大部分功能函数，以及集成了随机数发生器。实际上对于R来说，并行化可以在不同的层级上实现：比如，在最底层，现在的多核CPU可以实现一些基础的数值运算（比如整数和浮点算数）； 高级一点的，一些扩展BLAS包使用多线程并行处理向量和矩阵的操作，甚至有些R扩展
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2023-12-09 12:17:34
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数据挖掘主要分为4类，即预测、分类、聚类和关联，根据不同的挖掘目的选择相应的算法。R语言博大精深，吸纳了来自各方的挖掘算法包，这些包都是由统计学家或是算法研究人员提供，我们可以站在这些伟人的肩膀上实现算法的应用。下面对常用的数据挖掘包做一个汇总：连续因变量的预测：stats包stats包stats包rpart包RWeka包adabag包adabag包randomForest包e1071包kernl
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2023-06-21 18:36:04
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（课程视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?p=1）1.R语言 R语言是S语言的一种实现。R是一个全面的统计研究平台，提供了各式各样的数据分析技术，拥有顶尖的绘图功能。 R
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2023-10-30 21:30:41
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决策树模型
是一种简单易用的非参数分类器。它不需要对数据有任何的先验假设，计算速度较快，结果容易解释，而且稳健性强，不怕噪声数据和缺失数据。决策树模型的基本计算步骤如下：先从n个自变量中挑选一个，寻找最佳分割点，将数据划分为两组。针对分组后数据，将上述步骤重复下去，直到满足某种条件。
在决策树建模中需要解决的重要问题有三个：
如何选择自变量 如何选择分割点 确定停止划分的条件在 R语言 中
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2023-08-07 10:10:14
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shiny包学习笔记（一）认识shiny第一个例子（01_hello）认识shiny APP的构成用户界面 （ui）服务器功能 （server）shinyApp函数 认识shinyshiny是一个R的软件包，它使得直接从R构建交互式web app更加简单。 shiny包中有11个例子，可以非常形象直观地解释shiny的工作方式。第一个例子（01_hello）认识shiny APP的构成shiny
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2023-08-06 20:02:21
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本文集锦了R语言学习中需要用到的知识。可以作为入门了解之用，细节部分本文不做详解R语言介绍2、Rstools及package管理目前常用安装包的方式用三种：分为CRAN中的包/生物信息学相关包/GitHub里面的包#CRAN中的包
#install.packages() 安装包
#生物信息学相关Bioconductor
#install.packages('BiocManger')
#BiocMa
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2023-08-12 15:04:31
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1. stringr介绍stringr包被定义为一致的、简单易用的字符串工具集。所有的函数和参数定义都具有一致性，比如，用相同的方法进行NA处理和0长度的向量处理。字符串处理虽然不是R语言中最主要的功能，却也是必不可少的，数据清洗、可视化等的操作都会用到。对于R语言本身的base包提供的字符串基础函数，随着时间的积累，已经变得很多地方不一致，不规范的命名，不标准的参数定义，很难看一眼就上手使用。字
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2023-10-17 08:48:18
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R包glmnet是通过惩罚最大似然法拟合广义线性和类似模型的软件包。1. 加载包和数据#install.packages("glmnet", repos = "https://cran.us.r-project.org")
library(glmnet)
ls("package:glmnet")
# x = matrix(rnorm(100 * 20), 100, 20)*10
# y = r
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2023-10-30 21:31:38
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DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度的不同方法所导致的。 ### DESeq2
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2023-12-11 12:46:12
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目录引言1、数据构造2、筛选2.1 dplyr::filter基本语法：案例2.2 sqldf:sqldf关键字select、from、where、where3、排序3.1 dplyr::arrange3.2 sqldf:sqldf关键字：order by4、选择列4.1dplyr::select4.2 sqldf::select5、创建新的变量5.1 dplyr::mutate5.2 sqld
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2023-08-18 14:48:10
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