火山图在SCI文章中经常出现，其实火山图就是个散点图，通过不同颜色的散点来表示基因的差异。通常横坐标用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著，所以往往关注左上角和右上角的值。 今天我们通过R来绘制火山图，先导入我们的数据和R包library(ggplot2)
libra
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2023-07-04 20:03:19
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001\log1p()函数 = log(1 + number); 甚至当number值接近于0时也能准确的计算出结果。 log(10)
log1p(9) ## 相当于log(1 + 9)
log(1)
log1p(0) ## 相当于log(1 + 0)
log1p(1.718281828459) ## 相当于log(1 + 1.718281828459)
l
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2023-05-24 16:31:00
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自己整理编写的逻辑回归模板，作为学习笔记记录分享。数据集用的是14个自变量Xi，一个因变量Y的australian数据集。1. 测试集和训练集3、7分组australian <- read.csv("australian.csv",as.is = T,sep=",",header=TRUE)
#读取行数
N = length(australian$Y)
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2023-09-15 17:33:51
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# 科普文章：如何使用R语言对数据进行去log操作
## 引言
在数据分析领域，常常会遇到处理对数变换后的数据。对数变换可以将偏态分布的数据转化为近似正态分布，以便更好地进行统计分析和建模。而在R语言中，对数据进行去log操作也是十分简单的。本篇文章将介绍如何使用R语言对数据进行去log操作，并通过代码示例演示具体步骤。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD;
原创
2024-04-07 03:44:00
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# R语言中的Log变换
## 一、什么是Log变换？
Log变换是一种常用的数据预处理方法，通常用于处理数据的正态化，尤其是当数据存在显著的正偏态时。通过对数据进行对数变换，我们可以减少其变异性，并且有助于线性回归等统计分析的合理性。
## 二、实现Log变换的流程
下面是实现Log变换的一般步骤：
| 步骤 | 内容
原创
2024-08-05 08:06:14
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## R语言中log的实现流程
### 步骤一：了解log函数的功能和用法
在开始实现log函数之前，我们首先需要明确log函数的功能和用法。在R语言中，log函数用于计算一个数的自然对数。其语法如下：
```R
log(x, base)
```
其中，参数x是需要计算自然对数的数值，参数base是可选的，用于指定对数的底数。如果不指定base参数，则默认为自然对数。
### 步骤二：使
原创
2023-08-31 10:59:42
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# R语言log封装的实现步骤
在数据分析和机器学习中，记录日志是一项非常重要的工作。R语言提供了许多工具来帮助我们实现日志封装。接下来，我将详细介绍如何在R中实现日志封装，并附上各个步骤的详细说明和代码示例。
## 实现流程
我们可以将整个流程分成几个主要步骤，如下表所示：
| 步骤 | 描述 |
|------|----------------
原创
2024-09-07 05:24:48
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本文我们对逻辑回归和样条曲线进行介绍。logistic回归基于以下假设：给定协变量x，Y具有伯努利分布， 目的是估计参数β。回想一下，针对该概率使用该函数是 （对数）似然函数对数似然 其中。数值方法基于（数值）下降梯度来计算似然函数的 最大值。对数似然（负）是以下函数negLogLik = function(beta){
-sum(-y*log(1 + e
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2023-08-21 11:12:41
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1. 引子前两天还说 R 语言不是不好，(只是不适合咱用)[]，今天就想收回这话了。这货用着也太别扭了，一个最简单的可视化差点憋死我。就像马保国，名气大，实则很完蛋。2. 问题比如一个最简单的csv，想打印成 Bar Plot。数据长的像下面这样skillsnumbermachine learning7255communication skill2970fast pace1672software
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2024-08-09 12:44:01
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（2017-06-25 银河统计）前言 程序中日志文件（log文件）一般有两个目的：查询历史操作发现问题和显示程序运行状态。好的日志记录方式可以提供我们足够多定位问题的依据。日志记录大家都会认为简单，但如何通过日志可以高效定位问题并不是简单的事情。这里以R语言的logging包为例，先介绍相关知识点，然后辅以代码示例，介绍logging包的相关应用，总结如何用R语言写好日志，希望对自己和大家有所
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2023-07-25 22:32:54
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R项目你应该阅读Using Projects - RStudio Support . R项目非常有用，但它们不用于保存R环境中的数据 . 它们由RStudio代码编辑器专用 . 他们做的最好的事情之一是在打开工作目录时自动将工作目录设置为项目目录 . 他们还记得您在RStudio中打开了哪些文件，以及其他与编辑相关的偏好等 . 绝对使用RProjects！R数据.RData 是R对象的文件 . 您
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2023-06-25 13:31:15
242阅读
COX回归是临床常用的一种分析方法，多用于肿瘤、血液等疾病患者，其考虑到了临床随访删失情况，多用与生存分析。前面我们已经多次讲过使用SPSS、和R语言进行COX回归，今天继续来讲讲stata，它相对其他两个软件的优势是比R语言简单，可以界面操作，比SPSS在某方便功能强大一些。 首先我们打开stata导入数据，还是原来乳腺癌的数据，我们先来看看数据： age表示年龄，pathsize表示病理肿瘤大
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2023-08-13 14:16:51
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# R语言log函数互换实现
## 1. 流程表格
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 步骤1 | 导入需要的包 |
| 步骤2 | 定义需要转换的数据 |
| 步骤3 | 使用log函数对数据进行转换 |
| 步骤4 | 将数据转换回原始形式 |
| 步骤5 | 检查转换结果 |
## 2. 详细步骤及代码解释
### 步骤1: 导入需要的包
在R语言中，我们可以使用
原创
2023-09-18 05:57:03
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# 使用R语言实现“去log函数”的实用指南
在数据分析和处理过程中，我们常常需要对数据进行变换。尤其是在处理偏态分布的数据时，“去log函数”可以用来稳定方差并使数据更加正态分布。对于刚入行的新手，可能会感到困惑。本文将为您详细介绍如何在R语言中实现“去log函数”，流程清晰明了，帮助您快速上手。
## 整体流程
以下是用于实现“去log函数”的基本流程：
| 步骤 | 说明
原创
2024-09-29 05:16:36
137阅读
# 如何在R语言中取对数
在统计分析中，经常需要对数据取对数来降低数据的偏度或者使数据更符合正态分布。在R语言中，取对数的方法非常简单，可以使用log()函数来实现。本文将介绍如何在R语言中取对数，并通过一个具体问题的案例来演示。
## 1. log()函数介绍
在R语言中，log()函数用来计算一个数的对数。该函数有两个参数，第一个参数是要计算对数的数值，第二个参数是对数的底数。如果不指定
原创
2024-05-06 05:27:42
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R语言如何绘制火山图（三）
1.什么是火山图？ 火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度FC相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）。常应用于转录组，基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。常见问题：1，什么是fold change?翻译成中文是差异倍数，简单来说就是基因在一组样品中的表达值的均值除以其在另一组样品中
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2023-10-18 08:54:08
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5.数据类型5.1 基本数据类型R语言基本数据类型大致有六种：整数Integer、浮点数Numeric、文本(字符串)Character、逻辑(布尔)Logical、复合类型Complex、原型Raw其中整数和浮点数也可以归类为数字类型numeric。数字默认是浮点数double(小数),整数后面加上字母L才是整数。字符串：单引号或双引号包裹起来，比如：“hello,world”、‘My name
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2023-08-20 09:08:32
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条件概率乘法公式全概率公式贝叶斯公式条件概率表示的基本事实是，在给定条件下B下，某件事情A发生的概率。记作:如果已知事件B为家中至少有个男孩儿，则再发生A事件的概率则为：对上面的条件概率分子分母同时除以4， 也就是样本空间的大小，则推导出如下式：所以可以得到一般性结论，条件概率是两个没有条件的概率商。这里可以通过一张图来理解贝叶斯公式在做什么： 乘法公式简单理解就是将条件概率移项：
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2023-08-24 12:52:35
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# R语言log是那个包的实现方法
## 简介
在R语言中，log是一个常用的数学函数，用于计算自然对数。R语言提供了多个包含log函数的包，其中比较常用的是base包和math包。本文将介绍如何在R语言中使用这两个包实现log函数的功能。
## 实现流程
以下是实现"R语言log是那个包"的流程：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 1 | 导入所需的包
原创
2023-09-16 07:00:44
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# R语言去log2的详细解析与示例
在当今数据分析的过程中，Logarithmic Transformation（对数变换）是一种常见的技术，尤其是在处理生物学数据时，例如基因表达数据或其它类型的测量数据。Log2变换特别常见，因为它将数据的范围压缩，使得可视化和后续分析更加直观。在这篇文章中，我们将探讨如何在R语言中实现去Log2变换（Inverse Log2 Transformation）
