前期主要是以医学统计和临床预测模型为主，关于生信挖掘和机器学习的内容偏少，所以后面会逐渐增加这方面的内容，除了常见的生信分析外，还会涉及一些SCI图表学习等内容。富集分析作为了解基因功能的常用方法，也是各种生信相关SCI中的常客，基本上是必会的内容。今天为大家带来常见的富集分析类型，其实主要就是两类：
ORA(Over-Representation Analysis)，通过超几何分布检验实现
GS
# 使用Python进行富集分析教程
## 一、整体流程
下面是完成“Python可以做富集分析吗”的整体流程：
```mermaid
gantt
title 富集分析流程
section 数据准备
数据下载 :done, a1, 2022-01-01, 3d
数据预处理 :done, a2, after a1, 2d
原创
2024-04-14 06:28:43
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（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根
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2023-08-30 20:34:28
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如何用Python做情感分析？
王树义
商品评论挖掘、电影推荐、股市预测……情感分析大有用武之地。本文帮助你一步步用Python做出自己的情感分析结果，难道你不想试试看？
需求
如果你关注数据科学研究或是商业实践，“情感分析”(sentiment analysis)这个词你应该不陌生吧？
维基百科上，情感分析的定义是：
文本情感分析（也称为意见挖掘）是指用自然语言处
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2021-07-22 10:33:13
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# 如何用Python做分类分析
分类分析是一种常见的机器学习任务，旨在将数据分为不同的类别。Python作为一种流行的编程语言，具有丰富的库和工具，适合处理分类问题。本文将介绍如何使用Python进行分类分析，包括数据预处理、模型选择、训练和评估等步骤，同时附带代码示例和序列图。
## 1. 环境准备
在开始之前，我们需要安装一些必要的Python库。可以使用`pip`来安装这些库：
`
参考：生信技能树 - 代码有所更新 获取单细胞测试数据 # devtools::install_github("satijalab/seurat-data") library(SeuratData) # AvailableData() # InstallData("pbmc3k.SeuratData
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2021-05-11 12:32:00
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节选自《Python预测之美：数据分析与算法实战》。相关关系是一种非确定的关系，就好像身高与体重的关系一样，它们之间不能用一个固定的函数关系来表示。而相关分析就是研究这种随机变量间相关关系的统计方法。此处，主要探讨不同特征对研究对象的相关性影响。常见进行相关分析的方法，主要有散点图和相关图。1.散点图散点图就是数据点在直角坐标系上的分布图，通常分为散点图矩阵和三维散点图。其中散点矩阵是由变量两两组
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2023-07-30 15:28:58
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概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。基因的功能富集的目的是说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。原理：基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P
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2023-08-18 16:00:29
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何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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1. 相关性分析相关性分析是指对多个可能具备相关关系的变量进行分析，从而衡量变量之间的相关程度或密切程度。下面通过计算皮尔逊相关系数，判断两只股票的股价数据的相关程度。1.1 数据读取import tushare as ts# 读取两个股票的历史数据，并保存为文件data_000061 = ts.get_hist_data('000061', start='2018-01-01', end='20
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2023-08-10 06:24:17
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# Python富集分析: 深入了解数据分析的关键工具
数据分析是当今大数据时代中至关重要的技能之一。Python是一种功能强大且易于上手的编程语言，因此广泛应用于数据分析领域。在Python中，有许多用于数据分析的库和工具，其中之一是富集分析。本文将介绍Python富集分析的概念、用法和示例代码，帮助读者更深入地理解和运用这一关键工具。
## 富集分析的概念
富集分析是一种数据处理技术，旨
原创
2023-12-10 11:20:07
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GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，访问网站是http://omicslab.genetics.
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2024-02-25 05:02:16
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———前面的话———吴道长在算法的道路上越走越远……有算法癖的同学，可以找吴道长好好聊唠嗑。道长公众号的二维码：———我是分割线———大学时，总结老板所教的栅格分析方式，...
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2022-07-25 09:11:45
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KNN算法原理k最近邻（k-Nearest Neighbor）算法是比较简单的机器学习算法。它采用测量不同特征值之间的距离方法进行分类。它的思想很简单：如果一个样本在特征空间中的k个最近邻（最相似）的样本中的大多数都属于某一个类别，则该样本也属于这个类别。第一个字母k可以小写，表示外部定义的近邻数量。这句话不难理解，但有点拗口，下面通过一个实例来讲解一下。首先我们准备一个数据集，这个数据集很简单，
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2023-10-01 22:19:08
165阅读
如何用SPSS做联合分析如果产品的描述是由几个属性特征决定的，比如说mp3的音质、外形、容量、价格等等，商家为了确定哪个属性对消费者的影响最大，以及预测什么样的属性组合最受消费者的欢迎，选择的办法应该就是联合分析了。事实上从抽样调查的角度来看，高质量和低价格的组合是消费者的最爱，但是这对商家而...
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2017-03-09 10:44:00
315阅读
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如何用SPSS做联合分析如果产品的描述是由几个属性特征决定的，比如说mp3的音质、外形、容量、价格等等，商家为了确定哪个属性对消费者的影响最大，以及预测什么样的属性组合最受消费者的欢迎，选择的办法应该就是联合分析了。事实上从抽样调查的角度来看，高质量和低价格的组合是消费者的最爱，但是这对商家而...
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2017-03-09 10:44:00
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如何用SPSS做联合分析
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精选
2013-06-02 09:37:16
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# Python 富集分析图：科普与实践
富集分析（Enrichment Analysis）是一种常用于生物信息学的方法，它可以帮助研究人员确定某些基因集或代谢通路在某一特定条件下是否显著富集。通过Python编程语言，我们可以使用各种库来执行富集分析，并且可视化分析结果，以便更直观地理解数据。本文将通过示例带您了解如何进行富集分析并绘制相关的图形。
## 什么是富集分析？
在生物学研究中，
原创
2024-09-03 03:46:17
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本文，我将利用一个例子教大家使用python中的机器学习库构建一个可以进行情感分析的模型。首先，我们构建模型需要数据集，我们这里使用一个互联网电影数据库中的大量电影评论数据。这里给出下载链接https://ai.stanford.edu/~amaas/data/sentiment/ai.stanford.edu我们观察我们下载的数据集test和train目录下都有25000个数据集，分别在neg
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2023-06-29 17:42:38
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Go和KEGG富集教程前提操作步骤注释中心库 前提假设现在你已经在R官网上下载并安装好了R，并且已经有了自己的基因数据，例如一个excel表格中存放的数据。如下面这种形式。 现在需要做GO富集和KEGG的富集并生成想要的气泡或者通路图。操作步骤安装clusterProfilerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
in
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2024-01-12 11:52:54
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