实验记录：实验目的：下载参考基因组:hg19.UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质 hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta首先，我创建了rna-seq-analysis/目录来存放本次实验数据 目录如下：/public/biology2017/gaojiarui/customProDB/rna-seq-analysis 一、数据准备 参考基因组:hg19.UCSC
转载
2024-01-27 23:11:25
145阅读
根据oracle数据库的特点和提供的工具，主要方法有以下几种方法：利用逻辑备份使用import工具丢失数据的表利用物理备份来通过还原数据文件并进行不完全恢复利用dbms_logmnr包从redo log文件中恢复利用flashback特性恢复数据前提为了方便使用方法的介绍，上述恢复方法都将基于以下场景进行：系统管理员在前一天晚上11点用export对数据库做了全库逻辑备份，然后对所有数据文件进行了
写在前面，听完生信技能树的生信课之后受益匪浅，因此做一些整理和自己的理解，再次感谢生信技能树一、概述 转录组是RNA转录本的集合，包括了在单个细胞或者大量细胞内的编码和非编码RNA。RNA在中心法则中是基因表达的起始，在一定程度上可以指示基因的表达或者某些LncRNA microRNA调控RNA的表达。因此我们通过了解单个细胞或者整体的RNA水平
转载
2024-01-25 16:52:32
85阅读
# GEO转录组原始数据R语言处理
## 引言
GEO（Gene Expression Omnibus）是一个数据库，收录了众多的基因表达数据，广泛应用于生物信息学研究。处理GEO数据中的转录组原始数据，并提取有价值的信息，是许多生物学研究中的重要步骤。R语言以其强大的数据处理和可视化能力，成为了分析GEO数据的常用工具。本文将介绍如何使用R语言处理GEO转录组数据，并提供相关代码示例，以便读
生物科研人员发文章必不可少的就是对测序数据梳理整合，目前比较火爆的分析内容有关键基因筛选，基因家族分析，排名前十的GO注释分类图，特定功能相关基因的互作网络图，多个分组共有差异基因通路展示，转录因子预测及功能分析等等。这些分析怎么做？需要提供什么数据？收费贵不贵？多久能拿到结果？我能不能自己做？转录组数据分析目前比较模式化，要想赢得审稿人青睐，必须要结合具体的科学问题做针对性展示。
转载
2023-10-16 09:16:23
209阅读
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方
原创
2023-07-19 11:49:11
197阅读
“三代转录组”是什么？对于混迹在科研领域的一员，如果现在还不了解全长转录组测序，恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢！今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题，给大家来一个详细全面的解释，希望可以帮到爱学习的您哦！1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现
1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现了无需拼接的转录本分析，克服了传统二代转录组Unigene拼接较短、转录本结构不完整的缺陷，也由于其可直接获得单个RNA分子从5’端到3’端的高质量全部转录组信息而得名。2.为什么要做全长转录组测序？转录本非常多样和复杂，
很容易在文章里面找到数据地址GSE81916 这样就可以下载sra文件数据下载部分第一步：在PubMeb上查找文献
image.png
第二步： 根据文献的method部分找到RNA-Seq是如何存放的 第三步： 在GEO上查找GSE81916 GEO站点： https://www.ncbi.nl
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上a from this...
原创
2023-07-21 16:07:57
465阅读
空间转录组测序 概述 在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性
原创
2023-10-31 14:45:33
761阅读
转录组分析流程(有参和无参de novo)获得测序数据，Fastq格式，称之为Raw data。质量检测比对MappingQuantification|Quantitation差异表达分析补充：开始项目之前，先确立合理的文件目录结构。【1】Raw Data 处理理论知识高通量测序之所以能够能够达到如此高的通量的原因就是他把原来几十M，几百M，甚至几个G的基因组通过物理或化学的方式打算成几百bp的短
结果评估1. 质控：单细胞测序产生数亿的结果序列，不可避免的会出现低质量的测序结果，存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征，即碱基测序结果的错误率在1% / 0.1%以下的比例。理想的测序结的碱基质量均高于30。2. 细胞数量判断：主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。1) 过滤标准：由于细胞破碎后游离RNA会释放
转载
2023-10-17 08:50:19
288阅读
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析，获得对生物性状影响较大的通路信息；通过预测基因的反义转录本，丰富基因组注释内容；研究sRNA对mRNA的相互作用，从分子调控角度解释生物性状之间的差异。易基因针对检测原核菌个性化设
单细胞测序基础知识一、单细胞测序学习scRNA-seq先了解一下Bulk RNA-seqBulk RNA-seq：测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平，对比较转录组学（例如比较 不同物种的相同组织） 是有帮助的，但对于研究异质性系统（例如，复杂的组织如脑）还是不够的，对于基因表达的本质研究不够深入。scRNA-seq：2009年由Tang首创，随着测序技术的发展及测序成本的的下降，201
1.基本数据类型的值传递基本数据类型（如 int、float、boolean 等）是存储在栈内存中的，当将它们作为参数传递给方法时，实际传递的是它们的值。例如：public static void swap(int a, int b) {
int temp = a;
a = b;
b = temp;
}
public static void main(String[] ar
转载
2023-12-09 11:34:50
40阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单
原创
2022-06-21 09:18:38
522阅读
RNA-seq最新利器——全长转录组测序1.三代测序技术PacBio SMRT Sequencing2005年以来，转录组测序和研究的主流是基于NGS，即所谓的二代测序技术，虽然二代测序技术极大地提高了测序通量，且能够发现novel的转录本，但是由于其先天的缺陷，测序读长只能达到几百个碱基（MiSeq可以达到PE300），在转录组结构分析方面，往往效果不尽理想，譬如检测新转录本、寻找可变
转载
2024-10-18 15:27:27
98阅读
# R语言进行转录组测序
## 摘要
在转录组测序中，R语言是一个非常强大的工具，可以帮助我们进行数据处理、分析和可视化。本文将介绍如何使用R语言进行转录组测序，包括整个流程和每一步所需的代码。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
Start((开始))
Step1[数据预处理]
Step2[数据质控]
Step3[差异表达分析]
原创
2024-03-10 06:42:01
434阅读
# 转录组测序分析入门指南
随着基因组学的进步，转录组测序分析在生物信息学的研究中变得越来越重要。对于刚入行的小白来说，掌握这一过程是至关重要的。本文将详细阐述转录组测序分析的流程，并通过 R 语言实现每一个步骤。
## 转录组测序分析流程
| 步骤 | 说明 |
|----------
