@https://www.bilibili.com/video/av97047290 视频讲解 #000014.sz.csv为通过tushare下载的日线数据*一、数据清洗
1、去除重复值
（1）利用pdandas的DataFrame 中的df.duplicated() 显示是否有重复值，重复则为True，没有重复则为False。
df.duplicated()
df.duplic
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2023-10-25 09:36:02
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1.RTCGA相关包的下载及使用？（1）相关包的下载：（原文中的代码在我的电脑上执行的有些问题，故包的下载代码修改如下：）if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("RTCGA")
BiocManager::insta
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2023-08-24 21:59:13
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之前对TCGA做了简单的了解，粗略了解了什么是TCGA，TCGA是做什么的等，接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据，毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载TCGA自2016年改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中，所以先进网址https://portal.gdc.cancer.gov/。以乳腺癌(BRCA)为例，
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2024-08-29 21:31:59
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# Python分析TCGA数据库
TCGA（癌症基因组图谱）数据库是一个包含多种癌症相关的基因组数据的重要资源，研究人员可以通过对这些数据的分析来发现癌症的潜在生物标志物，辅助临床决策。在本文中，我们将通过Python对TCGA数据进行简单分析，并绘制饼状图，以展示不同癌症类型的分布情况。
## 一、环境准备
首先，你需要安装以下Python包：
```bash
pip install
TCGA数据库目前是科研中最常用的数据库之一，其中储存着多种疾病的各组学的数据，借助该数据库，帮助了很多研究生们发表了自己的文章，达到了毕业条件。但是，如果你是刚入门的新手，不用担心，跟着我们的系列推文，完成TCGA数据库的认识与下载，开启TCGA数据库的大门。今天我们就来学习一下TCGA数据库中癌症的RNAseq数据下载。1.TCGA数据库简介TCGA数据库全称为The Cance
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2024-05-24 09:51:25
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欢迎关注”生信修炼手册”!TCGA全称如下The Cancer Genome Atlas是由National
原创
2022-06-21 09:20:22
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# TCGA数据库与Python基因表达数据分析
癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个旨在加深我们对癌症生物学理解的重要数据库。TCGA项目汇集了大量的基因组数据和临床信息，为研究人员提供了宝贵的资源。本文将探讨如何使用Python从TCGA数据库中提取基因表达数据，并展示一些数据可视化的方法，包括饼图和状态图。
## 获取TCGA基因表达数据
TCGA
前言 本教程涉及内容：1、TCGA网页数据下载，检索方式 2、gdc-client软件安装和配置 3、使用gdc-client下载TCGA数据 [补充]1、怎么根据TCGA官方的API下载数据？简单几句命令轻轻松松下载想要的TCGA大数据2、Python脚本下载TCGA大数据，非常简单，开放源代码3、图形界面下载TCGA大数据，GitHub项目正文开始 本教程使用原生态的TCGA官方数据下载方式，
## 如何使用R语言操作tcga数据库
### 1. 整体流程
可以使用以下表格展示整个操作流程：
| 步骤 | 操作 |
| --- | --- |
| 1 | 下载并安装`TCGAbiolinks`包 |
| 2 | 查询TCGA数据集信息 |
| 3 | 下载TCGA数据 |
| 4 | 数据预处理 |
| 5 | 数据分析 |
### 2. 每一步操作详解
#### 步骤一：下载
原创
2024-06-13 05:55:08
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GEO数据库简介1、GEO数据库是个什么鬼呢？GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。关键是这个数据是免费的！免费的！免费的！这么想一想世界还是很美好
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2024-02-28 14:26:37
125阅读
TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由 National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目， 收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异
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2023-09-22 19:45:00
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## TCGA数据库R数据分析指南
介绍：TCGA（癌症基因组图谱）是一项重要的癌症研究项目，提供了大量癌症患者的基因组数据。通过R语言进行TCGA数据分析，可以帮助我们从中提取有用的信息，比如基因表达、突变和临床数据等。
### 流程概述
为了帮助小白顺利完成TCGA数据分析，下面是一个详细的步骤流程表：
| 步骤 | 说明 |
|------|-
TCGA是什么 TCGA：The Cancer Genome Atlas Program，癌症基因组图谱计划。TCGA存储了哪些信息临床样本信息：Biospecimen Clinical测序数据：RNA sequencing MicroRNA sequencing DNA sequencing SNP-based platforms Array-based DNA methylation sequ
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2024-06-18 04:02:29
64阅读
这篇推文适合初学者看，大佬酌情阅读！从打开网址开始教你一步一步的下载TCGA的数据，图文并茂，真的是详细的不能再详细了！如果你看完了这篇还不会下载TCGA的数据，那不是你疯就是我疯！为什么我说最适合初学者，因为使用这个方法下载数据后，只需要2行代码即可完成表达矩阵的整理，同时包含counts/fpkm/tpm，自带gene symbol，而且自带和表达矩阵完全对应的详细临床信息，无需另外下载！在下
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2024-01-29 06:09:21
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TCGA数据源- R包RTCGA的简单介绍- 首先安装及加载包- 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据- 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot- 更多boxplot参数- 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据- 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析- 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析- 用突变数据做生存分析- 多个基因在多种癌症的表达量热图正文T
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2023-07-16 16:26:32
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TCGA数据库下载数据 (2014-12-11 21:40:40)转载▼标签： tcga数据库分类： biologyTCGA数据库是癌症基因图集（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，将针对不同癌症的所有基因变异进行系统分析。网址：http://cancergenome.nih.gov/ 点击“lauch
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2024-01-23 10:37:08
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# Python TCGA处理基因注释
## 介绍
基因注释是对基因及其功能进行解释和注解的过程。在TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目中，基因注释是非常重要的一步，它可以帮助研究人员理解基因在癌症中的角色和功能。Python是一种强大的编程语言，它可以用于处理TCGA数据并进行基因注释。本文将介绍如何使用Python处理TCGA数据并进行基因注释的方法。
## 安
原创
2023-09-29 05:36:55
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# 如何实现TCGA数据处理R语言
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
start(开始)
download_data[下载TCGA数据]
clean_data[清洗数据]
normalize_data[归一化数据]
analyze_data[分析数据]
visualize_data[可视化数据]
end(结束)
原创
2024-03-15 04:30:02
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# Python分析TCGA数据：一场数据科学之旅
癌症是当今医学研究中最复杂且挑战性的领域之一。癌症基因组图谱（TCGA, The Cancer Genome Atlas）为我们提供了一个宝贵的数据资源，包含了来自不同癌症患者的基因组、转录组和临床信息。本文将介绍如何使用Python分析TCGA数据，以期能够帮助研究者更好地理解这些数据。
## 数据准备与获取
### TCGA数据的获取
原创
2024-09-01 06:17:27
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目录一、数据库的安装和连接1.1 pymysql的安装1.2 python连接数据库1.3 更多参数版二、创建表操作三、操作数据3.1 增加数据3.2 删除操作3.3 更新操作3.4 查询操作四、游标操作五、pymysql事务六、SQL注入问题一、数据库的安装和连接1.1 pymysql的安装pip install pymysql1.2 python连接数据库建立数据库连接对象 conn通过 co
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2023-07-11 11:32:12
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