TCGA数据库目前是科研中最常用的数据库之一，其中储存着多种疾病的各组学的数据，借助该数据库，帮助了很多研究生们发表了自己的文章，达到了毕业条件。但是，如果你是刚入门的新手，不用担心，跟着我们的系列推文，完成TCGA数据库的认识与下载，开启TCGA数据库的大门。今天我们就来学习一下TCGA数据库中癌症的RNAseq数据下载。1.TCGA数据库简介TCGA数据库全称为The Cance
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2024-05-24 09:51:25
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欢迎关注”生信修炼手册”!TCGA全称如下The Cancer Genome Atlas是由National
原创
2022-06-21 09:20:22
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1.RTCGA相关包的下载及使用？（1）相关包的下载：（原文中的代码在我的电脑上执行的有些问题，故包的下载代码修改如下：）if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("RTCGA")
BiocManager::insta
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2023-08-24 21:59:13
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# Python分析TCGA数据库
TCGA（癌症基因组图谱）数据库是一个包含多种癌症相关的基因组数据的重要资源，研究人员可以通过对这些数据的分析来发现癌症的潜在生物标志物，辅助临床决策。在本文中，我们将通过Python对TCGA数据进行简单分析，并绘制饼状图，以展示不同癌症类型的分布情况。
## 一、环境准备
首先，你需要安装以下Python包：
```bash
pip install
## 如何使用R语言操作tcga数据库
### 1. 整体流程
可以使用以下表格展示整个操作流程：
| 步骤 | 操作 |
| --- | --- |
| 1 | 下载并安装`TCGAbiolinks`包 |
| 2 | 查询TCGA数据集信息 |
| 3 | 下载TCGA数据 |
| 4 | 数据预处理 |
| 5 | 数据分析 |
### 2. 每一步操作详解
#### 步骤一：下载
原创
2024-06-13 05:55:08
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GEO数据库简介1、GEO数据库是个什么鬼呢？GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。关键是这个数据是免费的！免费的！免费的！这么想一想世界还是很美好
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2024-02-28 14:26:37
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之前对TCGA做了简单的了解，粗略了解了什么是TCGA，TCGA是做什么的等，接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据，毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载TCGA自2016年改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中，所以先进网址https://portal.gdc.cancer.gov/。以乳腺癌(BRCA)为例，
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2024-08-29 21:31:59
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TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由 National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目， 收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异
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2023-09-22 19:45:00
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## TCGA数据库R数据分析指南
介绍：TCGA（癌症基因组图谱）是一项重要的癌症研究项目，提供了大量癌症患者的基因组数据。通过R语言进行TCGA数据分析，可以帮助我们从中提取有用的信息，比如基因表达、突变和临床数据等。
### 流程概述
为了帮助小白顺利完成TCGA数据分析，下面是一个详细的步骤流程表：
| 步骤 | 说明 |
|------|-
# TCGA数据库与Python基因表达数据分析
癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个旨在加深我们对癌症生物学理解的重要数据库。TCGA项目汇集了大量的基因组数据和临床信息，为研究人员提供了宝贵的资源。本文将探讨如何使用Python从TCGA数据库中提取基因表达数据，并展示一些数据可视化的方法，包括饼图和状态图。
## 获取TCGA基因表达数据
TCGA
这篇推文适合初学者看，大佬酌情阅读！从打开网址开始教你一步一步的下载TCGA的数据，图文并茂，真的是详细的不能再详细了！如果你看完了这篇还不会下载TCGA的数据，那不是你疯就是我疯！为什么我说最适合初学者，因为使用这个方法下载数据后，只需要2行代码即可完成表达矩阵的整理，同时包含counts/fpkm/tpm，自带gene symbol，而且自带和表达矩阵完全对应的详细临床信息，无需另外下载！在下
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2024-01-29 06:09:21
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TCGA是什么 TCGA：The Cancer Genome Atlas Program，癌症基因组图谱计划。TCGA存储了哪些信息临床样本信息：Biospecimen Clinical测序数据：RNA sequencing MicroRNA sequencing DNA sequencing SNP-based platforms Array-based DNA methylation sequ
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2024-06-18 04:02:29
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摘要自从TCGA的网站改版之后，下载TCGA的数据难度就加大了，一方面是网络的原因，另一方面是不在像以前一样“点点点”就可以下载，需要下载专用的下载器等，这就给对于TCGA网站不了解的同学们很大的困扰。之后过了不久，知名微信公众号“生新人”发布了自制的“TCGA简易下载工具”，这个工具的出现极大的方便了同学们下载最新版的TCGA的数据。笔者也使用过该工具
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2021-03-25 09:17:48
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@https://www.bilibili.com/video/av97047290 视频讲解 #000014.sz.csv为通过tushare下载的日线数据*一、数据清洗
1、去除重复值
（1）利用pdandas的DataFrame 中的df.duplicated() 显示是否有重复值，重复则为True，没有重复则为False。
df.duplicated()
df.duplic
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2023-10-25 09:36:02
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简介：本文将从web开发中的数据存储和持久化开始讨论，然后引入web开发中涉及到数据库相关技术，包括管理连接的sql库，以及连接数据库和不同编程语言的数据库驱动，同时还会介绍orm机制。?为什么我们在web开发中需要数据库?假设我们在设计一款基于图片的社交软件，我们可以通过在软件上分享和浏览图片来找到感兴趣的好友，只要有基本编程经验的人都知道，既然我们允许用户上传图片，那么势必得有服务器为我们进行
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2023-07-18 15:10:56
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文章目录一、实验目的：二、实验内容:三、题目：Newspaper DataBase Design四、ER图：五、数据库实体关系设计：六、实验小结：一、实验目的：熟悉数据库设计基本步骤；练习数据库需求分析方法，并能给出数据字典；练习 ER 图建模，掌握 ER 模型向关系模式的转化。二、实验内容:从用户需求出发，按照数据库设计步骤，分别完成如下内容：概念结构设计（ER 模型），给出满足需求的最终全局
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2023-12-18 15:54:23
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数据库 mySQL （1）开放性 （2）多线程 （3）支持多种API （4）跨数据库连接 （5）国际化 （6）巨大的数据库体积 其体积小、速度快、总体拥有成本低，尤其是开放源码这一特点，许多中小型网站为了降低网站总体拥有成本而选择了MySQL作为网站数据库 Oracle Oracle公司产品支持最广泛的操作系统平台。目前Oracle关系数据库市场占有率有率名
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2023-07-15 13:39:35
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到2023 年，大数据分析市场预计将达到 406 亿美元，增长率为 29.7%。Randstad 报告称，分析行业的加薪幅度比 IT 行业高 50%。 数据科学，着重于对数据进行的研究。数据科学是指借助于计算机
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2023-09-26 06:51:06
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最近TCGA更新了，下载研究一下，我们从TCGA下载STAD的数据，选择其中的一个打开，发现了一个好消息那就是矩阵的整合难度降低了，而且提供TPM以及FPKM 还有校正的count 以及gene_name在我的主页更新了TCGAbiolinks的方法，更为方便和快捷。同时我也提供了临床数据的处理方式其实整理起来比较简单，这里我没有使用python去写脚本，使用R硬刚，说实话头有点铁。首先整理好你要
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2023-11-01 18:05:46
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无论是网站建设还是任何其它系统项目中使用的数据流，锁是数据库不可分割的一部分，有了数据库锁，数据才能够在允许并发请求存在的同时，还能确保数据库ACID属性中的一致性和隔离性。但是，数据库锁有很多种，甚至连实现它们的方法也有很多种。下表中对各种开源数据库系统和第三方专有的数据库系统支持的各种锁类型进行了概述。
无论是网站建设还是
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2024-06-30 09:03:08
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