作者：林骥很多分析思维模型，本质上都是在研究人的行为。下面介绍的 RFM 分析思维模型，本质上也是在研究人的行为。1. 模型介绍美国有一个叫 Arthur Hughes 的研究所，从客户数据库中发现了 3 个神奇的要素：（1）Recency 最近购买时间，离得越近，价值越大。（2）Frequency 累计购买次数，次数越多，价值越大。（3）Monetary 累计购买金额，金额越高，价值越大。将这
MEME 安装我的一些基本环境CentOS 7.8Bash 4.2.46gcc 9.1.0并行依赖 / MPICH安装若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要先安装下面两个软件之一：OpenMPI from http://www.open-mpi.org
MPICH from http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich
因为MPICH 有详细
类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP1，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 有特定的序列motif 不同 ...
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2021-08-08 23:12:00
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欢迎关注”生信修炼手册”!ggseqlogo是一个motif可视化的R包，可以看做是seqLogo的加强版。
原创
2022-06-21 06:09:17
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欢迎关注”生信修炼手册”!WebLogo是一款经典的motif可视化软件，在很多的文章中都提到了使用该软件绘
原创
2022-06-21 06:10:02
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今天给大家介绍一下常用检测性能的10个基本命令。1. uptime$ uptime
23:51:26 up 21:31, 1 user, load average: 30.02, 26.43, 19.02该命令可以大致的看出计算机的整体负载情况，load average后的数字分别表示计算机在1min、5min、15min内的平均负载。2. dmesg | tail$ dmesg | tail
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1.1 Memetic算法的基本思想 在讲Memetic算法之前，我们先来了解一下meme。 基于图中内容，Mosato（1989）提出了Memetic算法。那么，Memetic算法出现的原因是啥呢？Memetic算法是啥呢？那在讲Memetic算法之前，我们先来稍微回忆一下遗传算法、蚁群优化算法、粒子群优化算法等这些进化算法以及群体智能优化算法，这些算法有啥共性呢？好吧，共性其实很多。这里我想讲
MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有一定功能的结构域。所以，MEME的输入必须
欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，对motif的几个基本概念进行了简单介绍。一致性序列采用IUPAC
原创
2022-06-21 06:09:43
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欢迎关注”生信修炼手册”!通过一致性序列和sequence logo可以直观的表示某个motif的情况，但是
原创
2022-06-21 06:09:49
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欢迎关注”生信修炼手册”!seqLogo是一个bioconductor上的R包，专门用于DNA序列的moti
原创
2022-06-21 06:09:55
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MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有一定功能的结构域。所以，MEME的输入必须至少有一个Pearson/FASTA格式的序列文件。命令：meme <dataset
欢迎关注”生信修炼手册”!JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif
原创
2022-06-21 06:16:49
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消息鉴别码可以确认自己收到的消息是否就是发送者的本意，也就是说，使用消息鉴别码可以判断消息是否被篡改，以及是否有人伪装成发送者发送该消息。消息鉴别码实现鉴别的原理是,用公开函数和密钥产生一个固定长度的值作为认证标识,用这个标识鉴别消息的完整性。使用一个密钥生成一个固定大小的小数据块,即MAC，并将其加入到消息中,然后传输。接收方利用与发送方共享的密钥进行鉴别认证等。一、消息鉴别码的定义：消息鉴别码
欢迎关注”生信修炼手册”!在chip_seq数据分析中，motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分
原创
2022-06-21 06:10:10
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导语前前后后找了不少方法途径，最后还是“通过充值解决问题”。使用奶牛快传来分发 TBtools 软件以及相关数据库，可以确保每个人都快速获得文件，经过国内国外多地多点测试，一般速度可以有 3Mb/s 以上。后续所有 TBtools 相关文件，都会通过这一通道提供。软件快速下载通道通过奶牛快传下载，打开链接可以看到（注意，数字越大，版本就越新）。双击该文件夹，并在其中下载电脑操作系统对应平台的安装器
欢迎关注”生信修炼手册”!MEME是一个motif分析的工具箱，提供了多种相关工具，网址如下http://m
原创
2022-06-21 06:09:10
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背景当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令$ centrimo -oc test test.500l.fa $meme_motif会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_counts.txt），用浏览器打开centrimo.html后，点击motif id前面的复选框后，会在左边位置的文本框显现出motif匹配
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2021-03-16 19:42:04
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看SilkTest代码的时候不小心看到winclass.inc里面的一些类申明使用的是motif tag，例如： [-] winclass MessageBoxClass : DialogBox [ ] setting DontInheritClassTag = TRUE [+] PushButton OK [ ] tag "OK" [+] PushButton Cancel [ ] tag "Cancel" [+] PushButton Yes [ ] tag "Yes" [+] PushButton No [ ] tag &quo
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2013-09-06 22:35:00
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最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感觉图3好惊艳。找了下材料和方法，发现是一个叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifSt
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2023-10-20 14:05:34
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