做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：１．下载IGV软件 去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary distribution类型软件２．运行IGV软件 软件下载后，直接解压。在命令行运行：sh
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2024-08-06 12:45:10
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简介在分析二代测序数据，进行变异检测的流程中，人工的确认和解读比对的read是非常重要的。人工的检查极大的提高了检测的可信度，降低假阳性的风险。Integrative
Genomics
Viewer（IGV）是一个提供NGS数据可视化的工具，目前还提供丰富的工具用于检查、验证和解读NGS数据集和其他类型的基因组数据。本文作者展示了IGV变异检查这个功
原创
2021-03-26 11:26:11
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IGV (Itegrative Genomics Viewer)是一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，能够将基
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2023-07-18 16:55:53
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中新社广西凭祥8月1日电 (杨陈 黄金兰 周游)广西交科集团有限公司8月1日介绍，由该公司承建的中越友谊关—友谊货运通道智慧口岸(以下称中越智慧口岸)项目首个IGV(智慧型引导运输车)卡口系统地磅，日前在新二道卡顺利完成吊装，标志着智慧口岸信息化建设加速。
8月1日，中越友谊关—友谊货运通道智慧口岸施工现场。广西交科集团有限公司供图
友谊关口岸位于广西凭祥市，是中国通往越南乃
原创
2024-08-16 17:42:42
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# 二代IGV点突变数据分析
在现代生物医学研究中，第二代测序技术（NGS）已经成为基因组学的一个重要工具。通过二代测序，我们能够获得大量的基因组数据，尤其是点突变信息。这些改变在疾病研究中尤为重要，如癌症生物学。本文将通过点突变数据分析，探讨如何使用IGV（Integrative Genomics Viewer）和Python进行数据处理与可视化。
## 什么是点突变？
点突变是指基因组D
原创
2024-10-09 04:59:53
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欢迎关注”生信修炼手册”!基因组浏览器可以直观的展示基因组及其各种注释信息，是展示NGS数据和分析结果的利器
原创
2022-06-22 04:52:42
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欢迎关注”生信修炼手册”!bam文件记录了reads比对到参考基因组的详细信息，是NGS分析中的核心文件。该
原创
2022-06-21 09:47:56
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找到了一个解释 https://sites.google.com/site/bioinformaticsremarks/bioinfo/sam-...
原创
2022-07-16 00:12:22
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欢迎关注”生信修炼手册”!除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具BlatMotif find
原创
2022-09-05 13:40:46
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中新网广西凭祥9月12日电(付冬月 黄金兰)9月11日，中越友谊关智慧口岸项目IGV无人车换电站完成调试工作，标志着换电站正式具备试运行条件。
图为IGV无人车换电站调试现场。广西交科集团供图
据悉，中越友谊关智慧口岸项目在中国国内率先将高效率IGV换电站应用于智慧口岸建设。该换电站拥有380V AC动力供电源，供电容量达到2500kVA，可满足50台IGV无人车用电需求。换
原创
2024-09-13 17:38:32
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Linux是一个开源的操作系统，它提供了各种不同的发行版，其中最著名的之一就是红帽Linux（Red Hat Linux）。安装Linux操作系统可能对一些人来说有些困难，但只要遵循正确的步骤，就能够顺利完成安装。
首先，要安装Linux操作系统，你需要准备一台合适的计算机。Linux可以在各种不同的硬件平台上运行，所以只要你的计算机符合最低系统需求，就可以安装Linux。硬件方面你需要至少4G
原创
2024-02-05 12:05:26
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apt-get update——在修改/etc/apt/sources.list或者/etc/apt/preferences之後运行该命令。此外您需要定期运行这一命令以确保您的软件包列表是最新的。
apt-get install packagename——安装一个新软件包（参见下文的aptitude）
apt-get remove packagename——卸载一个已安装的软件包（保留配置文件）
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2024-05-27 22:37:04
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文章目录查看桌面源通外网情况安装桌面安装源进入桌面永久切换为桌面模式内网安装桌面 查看桌面源当初在装系统的时候装的是最小化安装，但因为某些原因 需要用到图形化，但又不想重装系统，所以 可以直接使用命令安装图形化的，操作步骤如下： 执行命令 yum grouplist 查看系统安装的源里面是否有“GNOME Desktop”的可安装包【如果报错的话，先配置个本地源就能解决了，但一般有外网的话是不会
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2024-04-30 16:50:09
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wireshark是一个我们用来抓包的好帮手，使用它可让我们看到端口数据变化（tcp/http等都可以），如接收、发送甚至是我们每个操作命令如何传递，都可以通过wireshark来截取数据查看，它会把数据信息原样的展示给你。 这里有两个Linux版本安装说明，一个是Redhat，另一个是ubuntu平台上说明。一、ubuntu平台：1、安装安装包： 说明：#代表控制终端命令行#dpkg -l
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2023-09-24 22:24:33
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linux与windows的双系统安装方式有两种首先是分区：给windows和linux预留适合的分区大小，这里可以在安装windows的时候把windows分区分成ntfs格式，linux分区就留在那里空着，因为windows不支持exFAT3,4的格式，然后安装windows，这个是傻瓜式的，基本上不会有什么问题，安装完成后不用急着重启（万一失败了要重装，这就省下了很长的windows配置时间
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2024-03-05 06:55:30
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1.首先下载pycharm2020.1软件linux版本，我这里使用的是pycharm-professional-2020.1.tar.gz版本。 2.解压缩安装包将pycharm的压缩包解压到某一个常用的软件目录中。即在命令行中输入由于我直接将文件放在了桌面上，因此直接在命令行输入进入桌面的命令cd /Desktop/ 然后输入
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2023-05-29 19:45:13
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Linux下安装Elasticsearch1、版本虽然眼下已经出了v6.5.0，但为了和ik分词器版本一致，这里选择6.4.3的版本。 官网：https://www.elastic.co/ 选择适用于linux的安装包进行下载2、安装与配置2.1.新建用户由于Elasticsearch默认不允许以root账号运行，首先我们需要 创建用户：useradd orcas 设置密码（可选）： passwd
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2024-05-13 18:37:53
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Linux安装及学习Linux安装遇到的问题：问题：在我开始安装虚拟机的时候，在安装过程中总会出现初始界面，且无法跳过，陷入死循环。解决方法：我在网上百度搜索该问题之后得到了答案，第一个界面是要求我选择安装介质，而我因为无法看懂，所以选择错误。我使用的是光盘来安装，所以选择CDROM即可。第二个界面为选择需要加载的驱动设备类型，一般来说不需要手动选择。解决步骤：首先把虚拟机关机，打开虚拟机设置--
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2024-04-17 15:04:37
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Linux下Telnet服务的安装与配置
Telnet服务的安装Step1: 首先，载入光驱内容，看图操作
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2024-04-15 08:25:14
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Linux常见的安装为tar，zip，gz，rpm，deb，bin等。我们可以简单的分为三类. 第一：打包或压缩文件tar，zip，gz等，一般解压后即可，或者解压后运行sh文件； 第二：对应的有管理工具的deb，rpm等，通常的这类安装文件可以通过第三方的命令行或UI来简单的安装，例如Ubuntu中的apt来安装 &n
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2024-04-18 21:57:52
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