初始模型构建对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多)，将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版)：其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0
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2024-06-07 18:04:39
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大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为：用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_ato
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2024-05-03 11:30:42
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#--------------------初始化（模拟基本信息介绍）--------------------
units metal #单位制，不同材料体系的单位如：质量，温度，时间
#在模拟之前应该确定是什么材料体系，金属metal，石墨烯或高分子等
dimension 3 #维度，设置模拟的维度，2代表二维如石墨烯；
boundary p p p #边界条件，p代表周期性，f固定边界,
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2024-03-15 12:04:31
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Python标识符在python里，标识符有字母、数字、下划线组成。在python中，所有标识符可以包括英文、数字以及下划线（_），但不能以数字开头。python中的标识符是区分大小写的。以下划线开头的标识符是有特殊意义的。以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用"from xxx import *"而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私有
进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。1. minimize命令minimize命令通过力的计算排开距离过近的原子，使体系的能量降到一个较低的水平，便于后
原创
2022-01-06 17:15:04
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lammps后处理
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2022-01-06 16:57:36
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8. 基础知识此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。8.1.通用基础知识8.2. 设置入门8.3. 分析入门8.4.
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2024-07-21 09:10:19
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进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。1. minimize命令minimize命令通过力的计算排开距离过近的原子
原创
2022-04-29 15:32:26
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LAMMPS学习总结11、手册中说，Compute temp/region与执行温度调节的fix（fix nve/fix langevin等）命令一起使用，那么这个偏差将从每个原子中减去，剩余的热速度的温度调节将被执行，并且偏差将被添加回去。这是什么意思？？？？2、NEMD计算热导率的langvin控温法中，为什么两次langevin控温呢？而且第一次的fix 没有unfix就直接又fix了 这
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2024-04-25 18:07:33
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region命令用于定义一个空间几何区域。使用语法region ID style args keyword arg … ID = 待定义区域的ID style = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect delete = no args block args = xlo xhi yl
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2024-07-30 13:47:13
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一、LAMP概述二、安装与配置LAMP三、深入理解LAMP(yum)四、Xcache五、php-fpm一、LAMP概述LAMP: A:apache,M:mysql/Mariadb,P:php/perl/python httpd:接受用户的所有请求{动态/静态}；静态直接响应，动态资源为php脚本,对此类资源的请求，交给php来
LAMMPS学习总结41、聚合物驰豫平衡的技巧2、分子动力学时间尺度理解3、minimize或run命令就会出现错误：Atom sorting has bin size = 0.0原因4、MS的car文件转出的data自带的力场参数对应lammps什么单位？5、已经转换为标准格式的XYZ文件导入ISAACS中报错，提示格式错误，怎么回事？6、fix deform拉伸命令理解7、报错ERROR:
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2024-10-18 21:19:10
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定义在Python中，除了使用def关键字声明普通函数外，还提供了一种使用表达式生成函数对象的形式。由于它与LISP语言中的一个工具很相似，所以称为lambda。lambda函数也叫匿名函数，即没有具体名称的函数，它允许快速定义单行函数，可以用在任何需要函数的地方。lambda的语法形式如下： lambda arg1, arg2, …, argN : expression 首先是关键字la
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2023-08-30 10:03:15
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文章目录1.列举常用的lammps自带函数2.如何进行应力-应变的计算及绘制应力云图3.如何计算均方位移MSD4.如何计算径向分布函数g(r )以及fix ave/time命令5.在lammps流体模拟中如何计算温度6.如何计算单个原子的体积、位移和总能量7.如何计算原子组的相互作用8.如何绘制温度云图、速度云图 1.列举常用的lammps自带函数1.xcm() 计算原子组中心坐标xcm(gro
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2024-03-18 10:51:48
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LAMMPS学习总结51、用vmd处理lammpstrj文件时，用了dynamicbonds依旧跨边界现象严重的解决方法2、fix langevin控温命令解读3、lammps中三种boundary4、ERROR: Cannot use nonperiodic boundaries with Ewald (../ewald.cpp:103)5、物质的热容量随温度变化内在原因解读6、lammps计
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2024-05-31 18:19:25
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lammps案例代码汇总
原创
2022-01-06 16:50:27
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lammps案例代码汇总
原创
2022-01-06 16:51:54
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lammps案例代码汇总
原创
2022-01-06 17:05:22
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圆锥形SiC纳米磨削单晶硅源代码fix indent命令实现纳米摩擦及摩擦力计算铝基石墨烯复合物压缩变形in文件源代码石墨烯自动卷曲到Fe纳米线模拟源代码铝/石墨烯复合物结晶过程lammps模拟高熵合金FeNiCrCoCu建模及拉伸模拟lammps案例：Cu/Al焊接过程模拟代码石墨烯单轴拉伸之velocity方式石墨烯单
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2022-01-06 17:10:51
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圆锥形SiC纳米磨削单晶硅源代码铝基石墨烯复合物压缩变形in文件源代码石墨烯自动卷曲到Fe纳米线模拟源代码铝/石墨烯复合物结晶过程lammps模拟石墨烯单轴拉伸之velocity方式石墨烯单轴拉伸之deform方式混合势函数设置详解（Al/Graphene复合物烧结）SiC拉伸下的裂纹扩展聚乙烯拉伸聚乙烯PE剪切过程分子动
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2022-01-06 17:16:40
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