定义在Python中，除了使用def关键字声明普通函数外，还提供了一种使用表达式生成函数对象的形式。由于它与LISP语言中的一个工具很相似，所以称为lambda。lambda函数也叫匿名函数，即没有具体名称的函数，它允许快速定义单行函数，可以用在任何需要函数的地方。lambda的语法形式如下： lambda arg1, arg2, …, argN : expression 首先是关键字la
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2023-08-30 10:03:15
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初始模型构建对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多)，将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版)：其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0
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2024-06-07 18:04:39
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大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为：用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_ato
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2024-05-03 11:30:42
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#--------------------初始化（模拟基本信息介绍）--------------------
units metal #单位制，不同材料体系的单位如：质量，温度，时间
#在模拟之前应该确定是什么材料体系，金属metal，石墨烯或高分子等
dimension 3 #维度，设置模拟的维度，2代表二维如石墨烯；
boundary p p p #边界条件，p代表周期性，f固定边界,
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2024-03-15 12:04:31
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C-x
3 水平切分窗口C-x C-f 输入文件名，创建或打开文件C-c C-c编译Lisp原码C-c C-z切换至*REPL*C-c b
切换至*REPL*C-x
o 切换至其他窗口输入逗号后，再输入quit可以退出Lisp环境在函数调用出错时，会进入调试窗口，点击q会退出调试器，再次进入*REPL*(load
"hello.lisp
想写C/C++，得下Visual Studio，或者JetBrains CLion，或者CodeLite……想写Java，得用Eclipse，或者IntelliJ IDEA，或者NetBeans……想写python，得安PyCharm，或者Spyder，或者PyDev……正所谓“安装两小时，代码五分钟”最后，好不容易安装好，在配置过程中一不留神误删了某些插件或配置~ &nbs
# LAMMPS Python工具的使用简介
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个功能强大的分子动力学模拟软件，它广泛应用于材料科学、化学、生物学等多个领域。LAMMPS具有高效、灵活的特点，可以处理从简单的原子到复杂的分子系统的各种模拟任务。而Python作为一种高效的脚本语言，为LAMMPS的
# LAMMPS与Python：科学计算的完美结合
在现代科学研究中，分子动力学模拟是一种重要的工具，而LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）就是在这一领域被广泛使用的开源软件之一。通过结合Python，科学家们可以更加高效、灵活地使用LAMMPS进行模拟。本篇文章将介绍如何用Python控制LAMMPS
## 使用Python计算分子模拟中的径向分布函数
在分子模拟中，径向分布函数（RDF）是一种用于描述原子之间距离分布的重要工具。它可以提供有关分子体系结构和相互作用的有用信息。在本文中，我们将介绍如何使用Python和LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件包来计算分子系统的RDF，并展示一些实际的代
原创
2023-12-26 03:50:18
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分享一个气体扩散模拟案例。在三维空间内随机填充100个气体原子，初始化温度后，原子获得初始速度。在nve系综下，原子在lj力场下势能和动能相互转化，产生扩散现象。温度越高，扩散速度越快。代码已经全部注释，仅供参考。in文件代码如下：#气体粒子数量variable npart equal 100#模拟基本参数设置units
原创
2022-04-29 15:24:04
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# LAMMPS与Python联合建模的科普介绍
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛应用于分子动力学模拟的软件。借助于Python的强大功能，用户可以更加灵活地进行模型构建、数据分析和可视化。本文将介绍如何使用Python来构建LAMMPS模型，并给出相应的示例代码。
## LAMMPS的
一、广义胡克定律三、应力应变法求解弹性常数Lammps例子中的文件有 in.elastic.lmp、init.mod、potential.mod、displace.mod 以及对应的势文件。下面挑点有用的讲。主要是跟着 in.elastic.lmp 的流程理一下。（1） init.mod应变量up（最好测试一下微应变与最后得到的弹性常数的无关性，换
## 教你如何实现“调通python代码”
作为一名经验丰富的开发者，我将指导你如何实现“调通python代码”。在这篇文章中，我会告诉你整个流程的步骤，并详细说明每一步需要做什么，包括使用的代码和其作用。
### 流程步骤
首先，让我们通过表格展示整个流程的步骤：
| 步骤 | 内容 | 代码示例 |
| ---- | ------------ | ------
原创
2024-05-29 04:16:26
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# 如何在Python中使用wget下载文件
在现代程序开发中，下载外部文件是一个常见的需求。有时候，我们需要从互联网中获取资源，例如图片、文档或数据文件。而在Python中，`wget` 是一个非常方便的工具，可以用来实现这个功能。本文将向你介绍如何利用 `wget` 在 Python 中下载文件，以及完成这个过程的详细步骤。
## 整体流程
在开始编码之前，让我们先了解整个流程。我们将通
# LAMMPS与Python连接：分子模拟的强大工具
在材料科学与分子模拟领域，LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个广泛使用的开源软件包。它能够处理从简单的原子模型到复杂的生物分子系统的模拟任务。而使用Python与LAMMPS进行连接，则可以使分子模拟变得更加高效和灵活。
## LAMMPS
Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解一、安装Python二、运行Python脚本1. 打开命令行2. 导航到目标目录3. 确认脚本4. 运行脚本三、交互式执行Python代码1. 打开命令行2.
Python标识符在python里，标识符有字母、数字、下划线组成。在python中，所有标识符可以包括英文、数字以及下划线（_），但不能以数字开头。python中的标识符是区分大小写的。以下划线开头的标识符是有特殊意义的。以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用"from xxx import *"而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私有
一 前言 前一段时间使用python实现了一个多车道线检测的功能，代码400余行，但是运行速度非常低，需要200ms/帧。为了优化其运行速度，准备将一些Python函数使用C语言实现（据说C程序的运行速度是Python的5倍）。 &nb
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2024-02-02 13:11:09
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记录自己的学习而已，防止后续自己找不到自己的代码test1文件说明：21个lammpstrj文件每个文件前9行都是一些文件的说明，有10000条数据处理要求：1.以id排序；2.作图# 1处理第一个需求，就是将文本文档分割，导出成文件
import pandas as pd
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
import math
impor
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2023-10-24 09:04:24
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分享一个金球融化过程的lammps模拟案例。主要包含的知识点：（1）建模设置晶格后建立一个151515晶格的box，box内全部填充Au原子。在box内设置一个球形的区域（region），使用delete_atoms命令删除球形区域外的Au原子，实现金球的建模。（2）势函数设置pair_style eam
原创
2022-04-29 15:04:32
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