本文主要是对Ubuntu下安装LAMMPS进行了详细的说明，并使用VMD对计算结果进行了可视化，最后分享了一些分子动力学计算的资源。
注：安装环境：Ubuntu 16.04 LTS，LAMMPS-14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively
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2024-02-01 14:07:26
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LAMMPS学习总结11、手册中说，Compute temp/region与执行温度调节的fix（fix nve/fix langevin等）命令一起使用，那么这个偏差将从每个原子中减去，剩余的热速度的温度调节将被执行，并且偏差将被添加回去。这是什么意思？？？？2、NEMD计算热导率的langvin控温法中，为什么两次langevin控温呢？而且第一次的fix 没有unfix就直接又fix了 这
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2024-04-25 18:07:33
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初始模型构建对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多)，将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版)：其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0
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2024-06-07 18:04:39
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#--------------------初始化（模拟基本信息介绍）--------------------
units metal #单位制，不同材料体系的单位如：质量，温度，时间
#在模拟之前应该确定是什么材料体系，金属metal，石墨烯或高分子等
dimension 3 #维度，设置模拟的维度，2代表二维如石墨烯；
boundary p p p #边界条件，p代表周期性，f固定边界,
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2024-03-15 12:04:31
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region命令用于定义一个空间几何区域。使用语法region ID style args keyword arg … ID = 待定义区域的ID style = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect delete = no args block args = xlo xhi yl
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2024-07-30 13:47:13
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大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为：用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_ato
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2024-05-03 11:30:42
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LAMMPS学习总结41、聚合物驰豫平衡的技巧2、分子动力学时间尺度理解3、minimize或run命令就会出现错误：Atom sorting has bin size = 0.0原因4、MS的car文件转出的data自带的力场参数对应lammps什么单位？5、已经转换为标准格式的XYZ文件导入ISAACS中报错，提示格式错误，怎么回事？6、fix deform拉伸命令理解7、报错ERROR:
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2024-10-18 21:19:10
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一、LAMP概述二、安装与配置LAMP三、深入理解LAMP(yum)四、Xcache五、php-fpm一、LAMP概述LAMP: A:apache,M:mysql/Mariadb,P:php/perl/python httpd:接受用户的所有请求{动态/静态}；静态直接响应，动态资源为php脚本,对此类资源的请求，交给php来
文章目录1.列举常用的lammps自带函数2.如何进行应力-应变的计算及绘制应力云图3.如何计算均方位移MSD4.如何计算径向分布函数g(r )以及fix ave/time命令5.在lammps流体模拟中如何计算温度6.如何计算单个原子的体积、位移和总能量7.如何计算原子组的相互作用8.如何绘制温度云图、速度云图 1.列举常用的lammps自带函数1.xcm() 计算原子组中心坐标xcm(gro
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2024-03-18 10:51:48
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圆锥形SiC纳米磨削单晶硅源代码fix indent命令实现纳米摩擦及摩擦力计算铝基石墨烯复合物压缩变形in文件源代码石墨烯自动卷曲到Fe纳米线模拟源代码铝/石墨烯复合物结晶过程lammps模拟高熵合金FeNiCrCoCu建模及拉伸模拟lammps案例：Cu/Al焊接过程模拟代码石墨烯单轴拉伸之velocity方式石墨烯单
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2022-01-06 17:10:51
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圆锥形SiC纳米磨削单晶硅源代码铝基石墨烯复合物压缩变形in文件源代码石墨烯自动卷曲到Fe纳米线模拟源代码铝/石墨烯复合物结晶过程lammps模拟石墨烯单轴拉伸之velocity方式石墨烯单轴拉伸之deform方式混合势函数设置详解（Al/Graphene复合物烧结）SiC拉伸下的裂纹扩展聚乙烯拉伸聚乙烯PE剪切过程分子动
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2022-01-06 17:16:40
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lammps学习总结31、质子交换膜 当量质量（equivalent weight）如何理解？2、MS中AC模块number of configuration 是什么意思？3、LAMMPS命令pair_style table4、lammps中几何平均混合规则和算数平均计算规则5、LJ势函数的两种形式以及非标准形式向标准形式推导6、错误：ERROR on proc 20: Neighbor lis
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2024-10-15 19:03:39
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内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中创建原子。当然，创建模型不仅限于这些命令，还有一些其他的命令，比如delete_atoms等。事实上，我看到有些大牛仅仅使用LAMMPS的内置命
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2024-03-15 15:28:22
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组合势的使用由于LAMMPS软件里面可提供的经验势函数种类特别多，而且经验势的可移植性较差，所以不同的势函数的适用范围是不一样的，对于这一问题，LAMMPS软件提供了组合势使用方法，来将势函数之间的优缺点进行互补。以下这一篇Cu-C体系的文章就是LAMMPS组合势使用方法的经典应用： 此文主要内容：南京航空航天大学汤晓斌教授课题组用分子动力学方法研究了Cu-Gr（石墨烯）
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2024-02-04 01:06:57
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