Python标识符在python里，标识符有字母、数字、下划线组成。在python中，所有标识符可以包括英文、数字以及下划线（_），但不能以数字开头。python中的标识符是区分大小写的。以下划线开头的标识符是有特殊意义的。以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用"from xxx import *"而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私有
Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解一、安装Python二、运行Python脚本1. 打开命令行2. 导航到目标目录3. 确认脚本4. 运行脚本三、交互式执行Python代码1. 打开命令行2.
## Lammps调用Python的命令
在使用Lammps进行分子动力学模拟时，我们常常需要使用Python对模拟过程进行控制和分析。Lammps本身并不直接支持Python的调用，但我们可以通过一些方法实现Lammps调用Python的功能。本文将介绍如何在Lammps中调用Python，并给出一个简单的示例代码。
### Lammps调用Python的方法
要实现Lammps调用Pyt
原创
2024-03-14 03:18:19
712阅读
title: python中shell调用 date: 2018-07-18 22:28:30 updated: 2020-03-09 15:37:05 categories: python tags: - pythonpython前后端调用另辟蹊径–shell脚本调用再经过了前面的flask前后端调用的一天bug洗礼后，有个问题仍旧难以解决，大概就是flask是python的web服务，理论上来
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2024-06-17 13:59:34
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无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是 必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。 LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系
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2023-10-26 17:43:19
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附加测试：OpenCL通用计算性能测试通用计算是指用GPU来辅助CPU工作，通过强大的并行数据处理能力来获得数倍甚至数十倍的性能提升，实际上这种加速是通过OpenCL通用计算技术实现的。对于我们DIY玩家来说，我们最关心的就是用显卡通过OpenCL执行一些与显示/图形无关的任务，比如文件压缩、图片处理、视频转换等等。HSA架构加速也能算作是通用计算的一种类型，但HSA架构的目标更长远，hUMA的存
初始模型构建对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多)，将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版)：其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0
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2024-06-07 18:04:39
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ovito不仅提供了图形界面处理方法，也提供了python接口模块（OVITO Python Module），可以在python代码中调用ovito的分析功能，更加灵活方便。
原创
2022-10-02 08:37:06
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# LAMMPS Python工具的使用简介
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个功能强大的分子动力学模拟软件，它广泛应用于材料科学、化学、生物学等多个领域。LAMMPS具有高效、灵活的特点，可以处理从简单的原子到复杂的分子系统的各种模拟任务。而Python作为一种高效的脚本语言，为LAMMPS的
# LAMMPS与Python：科学计算的完美结合
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## 使用Python计算分子模拟中的径向分布函数
在分子模拟中，径向分布函数（RDF）是一种用于描述原子之间距离分布的重要工具。它可以提供有关分子体系结构和相互作用的有用信息。在本文中，我们将介绍如何使用Python和LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件包来计算分子系统的RDF，并展示一些实际的代
原创
2023-12-26 03:50:18
415阅读
# LAMMPS与Python联合建模的科普介绍
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛应用于分子动力学模拟的软件。借助于Python的强大功能，用户可以更加灵活地进行模型构建、数据分析和可视化。本文将介绍如何使用Python来构建LAMMPS模型，并给出相应的示例代码。
## LAMMPS的
一、广义胡克定律三、应力应变法求解弹性常数Lammps例子中的文件有 in.elastic.lmp、init.mod、potential.mod、displace.mod 以及对应的势文件。下面挑点有用的讲。主要是跟着 in.elastic.lmp 的流程理一下。（1） init.mod应变量up（最好测试一下微应变与最后得到的弹性常数的无关性，换
# LAMMPS与Python连接：分子模拟的强大工具
在材料科学与分子模拟领域，LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个广泛使用的开源软件包。它能够处理从简单的原子模型到复杂的生物分子系统的模拟任务。而使用Python与LAMMPS进行连接，则可以使分子模拟变得更加高效和灵活。
## LAMMPS
记录自己的学习而已，防止后续自己找不到自己的代码test1文件说明：21个lammpstrj文件每个文件前9行都是一些文件的说明，有10000条数据处理要求：1.以id排序；2.作图# 1处理第一个需求，就是将文本文档分割，导出成文件
import pandas as pd
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
import math
impor
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2023-10-24 09:04:24
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进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。1. minimize命令minimize命令通过力的计算排开距离过近的原子，使体系的能量降到一个较低的水平，便于后
原创
2022-01-06 17:15:04
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lammps后处理
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2022-01-06 16:57:36
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8. 基础知识此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。8.1.通用基础知识8.2. 设置入门8.3. 分析入门8.4.
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2024-07-21 09:10:19
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进行lammps模拟，如果初始模型不合理、原子间距离过近，容易导致体系能量过高，原子速度过快致使原子飞出box。前文介绍过“delete_atoms”命令可删除重叠或距离过近原子，但在大多数模型中，并不需要删除原子，有些模型也不允许删除原子，这时候就需要用到minimize命令。1. minimize命令minimize命令通过力的计算排开距离过近的原子
原创
2022-04-29 15:32:26
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开篇先明义：lambda是表达式，而def函数是语句代码块所以lambda其实就是一个稍微高级一点的式子而已，只不过这个式子比较长，而且还会自己进行一些逻辑上的处理而已，心里不要虚lambda也被叫做匿名函数，通俗点说就是一个没有名字的函数，那可不就是一个函数式子吗？在python的垃圾回收机制来看，如果一些内存空间没有引用指向，那这些内存空间就被回收掉，所以这个连名字都没有的匿名函数，肯定是用过
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2024-05-19 16:23:47
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