宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因
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2024-01-05 17:15:27
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文章目录宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用写在前面背景研究方法病料收集与反饲文库构建基因组组装基因组注释研究结果Reference作者简介猜你喜欢写在后面 宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用撰文：李杰 常熟理工学院生物与食品工程学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所写在前面发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方
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2023-08-24 01:15:46
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文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果 Prokka：快速原核基因组注释Prokka: rapid prokaryotic genome annotationBioinformatics, [4.531]2015-11-26 Metho
写在前面mobileOG-db数据库github地址：https://github.com/clb21565/mobileOG-db文章发表于2022年8月份。题目为：mobileOG-db: a Manually Curated Database of Protein Families Mediating the Life Cycle of Bacterial Mobile Genetic El
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2024-09-10 19:56:40
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分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Me
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2024-07-27 14:23:59
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## 宏基因组数据分析r语言
宏基因组数据分析是一种研究微生物群落整个基因组的方法，可以揭示微生物在特定环境下的功能和结构。在这个过程中，R语言是一种强大的工具，可以帮助研究人员处理、分析和可视化大规模的宏基因组数据。
### 什么是宏基因组数据？
宏基因组数据是从环境中收集到的微生物DNA的集合，包含了数以千计的微生物种群的基因组信息。通过对这些数据的分析，我们可以了解微生物在不同环境中的
原创
2024-04-25 04:55:19
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在RNA-Seq分析中，为了获取基因表达量差异，于是产生了RPKM、FPKM、TPM定量方法，去除测序深度和基因长度的影响。RPKM用于单端测序；FPKM用于双端测序。而TPM计算方法类似于RPKM，但更具有优势，是目前使用的较多的定量方法。详细的解释及计算公式：https://www.jianshu.com/p/1940c5954c81（建
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2024-10-21 09:50:42
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简介宏基因组学研究广泛应用于土壤、水体等环境样本，以及与人类疾病相关的微生物群落的生物多样性分析。由于宏基因组学无需单独对病原体（如病毒、细菌，真菌和/或寄生虫）分离培养，通过核酸提取纯化可以直接分析临床样本，为传染病病原尤其是未知病原检测提供了新的技术手段和思路。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)可以得到样本中全部物种的基因组，通过生物信息学分析技术根据唯一可识别的DNA和/或RNA序列，从而
文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis热心肠日报导读摘要背景结果结论主要结果点评参考文献猜你喜欢写在后面 MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis题目：MetaWRAP——
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2023-12-30 21:15:32
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1.获取功能基因核酸序列（宏基因组操作，在服务器上进行）•从prokka输出文件中的ffn中获取序列信息，碱基序列长度及结构，数量信息2.获取参考序列（普通计算机）•在Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query进行核酸比对，获得参考序列物种、覆盖率、相似度、ID号、碱基序列和长度等信息(1)对于非细菌
前两次我们讲了数据挖掘中比较常见的两类方法。这次我来介绍一下ensemble（集成技术），总的来说，ensemble技术是归类在分类中的。它的主要原理是通过集成多个分类器的效果来达到提高分类效果的目的。简单我们可以通过两张图片来看看集成的效果：图一为多个基分类器单独工作时的分类效果图。图二为集成分类器的分类效果。我们可以看到集成分类器的分类曲线明显会平滑的多。来个比喻，在一件事情的表决上面，一个人
分箱 物种鉴定
原创
2023-01-10 23:15:33
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牛年大吉植物基因组数据库：1、NCBI中的genome，直接下载NCBI上的基因组文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/2、植物基因组数据库（包含约30...
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2023-04-26 09:15:49
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。植物内生菌中可培养的微生物种类十分有限,宏基因组学(metagenomics)是研究植物内生菌的有效手段之一。植物内生菌宏基因组研究通过不依赖于纯培养的宏基因组学(metagenomics)研究方法,构建植物内生菌的宏基因组文库,并从该文库中直接筛选获得生物合成基因簇,进一步鉴定其功能, 对植物内生菌进行定性及定量分析，为植物的微生物起
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2024-05-22 23:36:55
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软体动物是海洋中最大的门类，是仅次于节肢动物的第二大无脊椎动物门，约占所有命名海洋生物的 23%，软体动物系统学仍在不断变化，人类活动的增加影响了软体动物的繁殖和发育，对多样性和分类产生了强烈影响。然而，软体动物未描述物种的比例非常高，许多分类群的研究仍然很少。凌恩合作客户烟台大学生命与健康大数据中心构建了软体动物线粒体基因组数据库MODB，数据库收集了616种具有线粒体基因组信息的物种，该数据库
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2024-05-22 06:12:22
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1. 背景一个朋友之前问过这个问题，问题可以分为：基因组选择中如何将ATCG的数据转化为012的形式如何进行基因组数据的过滤筛选有没有示例代码可以演示今天我将用一份模拟的芯片下机数据，演示一下如何进行基因组数据的筛选。2. 数据筛选的几个标准1，去除缺失率大于10%的SNP位点这句话的意思是，比如有50K个SNP位点，有1000个体，如果某一个SNP位点在1000个体中，...
原创
2021-06-04 22:53:04
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1. 背景一个朋友之前问过这个问题，问题可以分为：基因组选择中如何将ATCG的数据转化为012的形式如何进行基因组数据的过滤筛选有没有示例代码可以演示今天我将用一份模拟的芯片下机数据，演示一下如何进行基因组数据的筛选。2. 数据筛选的几个标准1，去除缺失率大于10%的SNP位点这句话的意思是，比如有50K个SNP位点，有1000个体，如果某一个SNP位点在1000个体中，...
原创
2022-02-16 16:24:30
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本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
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2024-01-30 10:00:36
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从上面几篇的决策树開始,就能够開始进入到集成学习(ensemble learning)了,与其说集成学习是一种算法,倒不如说集成学习是一种思想. 集成学习的思想也是非常自然非常符合人类直观理解的. 用通俗的不能更通俗的话来说,要是一个机器学习器解决不了问题,那就多训练几个.再把这些学习器结合起来完毕机器学习任务. 能够类比开会,一群人讨论得到的解决的方法一般比一个人拍板的要好. 用过集成学习之
今天我们先详细讲解基于HUMAnN2的有参宏基因组分析流程 Metagenomics Tutorial (HUMAnN2) https://github.com/LangilleL
