文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果 Prokka：快速原核基因组注释Prokka: rapid prokaryotic genome annotationBioinformatics, [4.531]2015-11-26 Metho
文章目录宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用写在前面背景研究方法病料收集与反饲文库构建基因组组装基因组注释研究结果Reference作者简介猜你喜欢写在后面 宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用撰文：李杰 常熟理工学院生物与食品工程学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所写在前面发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方
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2023-08-24 01:15:46
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## 宏基因组数据分析r语言
宏基因组数据分析是一种研究微生物群落整个基因组的方法，可以揭示微生物在特定环境下的功能和结构。在这个过程中，R语言是一种强大的工具，可以帮助研究人员处理、分析和可视化大规模的宏基因组数据。
### 什么是宏基因组数据？
宏基因组数据是从环境中收集到的微生物DNA的集合，包含了数以千计的微生物种群的基因组信息。通过对这些数据的分析，我们可以了解微生物在不同环境中的
原创
2024-04-25 04:55:19
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1.获取功能基因核酸序列（宏基因组操作，在服务器上进行）•从prokka输出文件中的ffn中获取序列信息，碱基序列长度及结构，数量信息2.获取参考序列（普通计算机）•在Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query进行核酸比对，获得参考序列物种、覆盖率、相似度、ID号、碱基序列和长度等信息(1)对于非细菌
宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因
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2024-01-05 17:15:27
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近日，《Nucleic Acids Research》学术期刊在线发表了题为 ”CRAMdb: a comprehensive database for composition and roles of microbiome in animals” 的研究成果。该研究建立了动物宏基因组领域首个跨宿主、跨样本位点和跨表型比较的综合数据库CRAMdb（网址：http://www.ehbio.com/C
# 如何使用 R 实现宏基因组物种丰度分析
宏基因组分析在生态学、微生物学等领域扮演着重要角色，尤其在研究微生物群落丰度时。本文将指导你如何使用 R 语言中的相关包来实现这一功能。从导入数据到分析和可视化，我们将逐步进行。
## 流程步骤
下面的表格展示了整个分析的流程步骤：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | -
原创
2024-08-06 08:12:26
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数据管理。 为方面研究，先创建一个名为leadership的数据框manager <- c(1, 2, 3, 4, 5)
date <- c("10/24/08", "10/28/08", "10/1/08", "10/12/08", "5/1/09")
country <- c("US", "US", "UK", "UK",
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2024-09-21 16:26:44
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在整个生信技能树的历史上，就分享过两次价值一千元的：第一次是：TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是：(重磅！价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧，怕粉丝看不懂，我还刻意花了一个星期做铺垫：1 把fasta序列读入到R里面去2 使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件3 把bam文件读入R，并且转为gra
**R语言宏基因组学统计分析**
近年来，宏基因组学研究在生物学领域引起了广泛关注。它通过高通量测序技术对生态系统中的微生物群落进行深入研究，揭示了微生物在环境中的分布、功能和相互作用。R语言作为一种功能强大的统计分析工具，被广泛应用于宏基因组学数据的处理和分析。
### R语言在宏基因组学中的应用
#### 数据预处理
首先，宏基因组学研究中需要对原始测序数据进行预处理。这包括质量控制，
原创
2024-01-31 11:56:03
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简介宏基因组学研究广泛应用于土壤、水体等环境样本，以及与人类疾病相关的微生物群落的生物多样性分析。由于宏基因组学无需单独对病原体（如病毒、细菌，真菌和/或寄生虫）分离培养，通过核酸提取纯化可以直接分析临床样本，为传染病病原尤其是未知病原检测提供了新的技术手段和思路。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)可以得到样本中全部物种的基因组，通过生物信息学分析技术根据唯一可识别的DNA和/或RNA序列，从而
写在前面mobileOG-db数据库github地址：https://github.com/clb21565/mobileOG-db文章发表于2022年8月份。题目为：mobileOG-db: a Manually Curated Database of Protein Families Mediating the Life Cycle of Bacterial Mobile Genetic El
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2024-09-10 19:56:40
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在RNA-Seq分析中，为了获取基因表达量差异，于是产生了RPKM、FPKM、TPM定量方法，去除测序深度和基因长度的影响。RPKM用于单端测序；FPKM用于双端测序。而TPM计算方法类似于RPKM，但更具有优势，是目前使用的较多的定量方法。详细的解释及计算公式：https://www.jianshu.com/p/1940c5954c81（建
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2024-10-21 09:50:42
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本次课程内容为欧易生物线上公开课内容，现讲主讲内容笔记进行一个梳理总结细菌全基因组简介
1.1细菌与科学研究
研究对象：病原菌、环境细菌、工业菌研究方向： 细菌全基因组研究
定义：对细菌所有基因进行核苷酸测序，了解个体的基因结构基础，研究单个基因或多个基因的作用、功能以及他们间的相互作用研究内容和相应分析：
结构基因组学 ：基因组序列的测定功能基因组学：
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2024-01-25 21:44:37
215阅读
分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Me
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2024-07-27 14:23:59
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分箱 物种鉴定
原创
2023-01-10 23:15:33
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。植物内生菌中可培养的微生物种类十分有限,宏基因组学(metagenomics)是研究植物内生菌的有效手段之一。植物内生菌宏基因组研究通过不依赖于纯培养的宏基因组学(metagenomics)研究方法,构建植物内生菌的宏基因组文库,并从该文库中直接筛选获得生物合成基因簇,进一步鉴定其功能, 对植物内生菌进行定性及定量分析，为植物的微生物起
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2024-05-22 23:36:55
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小编著： 最近在学Julia语言，想测试一下和R的区别，发现前辈的博客，翻译时不禁感慨，这是2018年了，博客是2010年的，8年已过，我才听说Julia。但……不晚！ 文章来源： https://www.r-bloggers.com/r-julia-and-genome-wide-selection/我想起一些琐事的事情，以及一些断裂的代码，在2010年我参加了基因组选择的sum...
原创
2021-06-01 16:53:41
446阅读
# 如何实现全基因组关联分析R语言代码
## 一、整体流程
下面是实现全基因组关联分析的R语言代码的整体流程：
```markdown
| 步骤 | 描述 |
|------|-----------------------------------------------------
原创
2024-03-24 04:49:58
136阅读
# 用R语言gggenes画基因组图谱
## 问题描述
假设我们有一组基因组数据，需要用R语言中的gggenes包来画出基因组图谱，展示基因在染色体上的位置。
## 解决方案
### 1. 安装和加载gggenes包
首先需要安装和加载gggenes包，可以使用下面的代码：
```R
install.packages("gggenes")
library(gggenes)
```
###
原创
2024-05-19 04:46:19
429阅读
