点击进去如下图：可以看见我们上传数据需要准备三个文件，分别为：Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分别介绍每个文件如何填写以及准备。01、Metadata spreadsheet文件点击下方链接下载该表格该表格一共包括7个部分，以下将分别介绍如何填写：A、SERIES主要包含文章的标题、概述、实验整体设计、共同作者、
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2023-09-20 19:24:13
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地理数据模型是地理实体及其关系的形式化抽象和数学描述。随着数据库、面向对象等技术的发展，面向对象的地理数据模型成为大型空间数据库的首选方案，它克服了传统地理数据模型的局限性，将具有复杂结构的一个逻辑整体视为一个对象，提供了概念模型到逻辑数据模型以至物理模型的一致描述，从而大大提高了管理效率，同时也为版本管理、动态模式修改等功能的实现创造了条件。Geodatabase是ESRI公司在其ArcGIS产
GEOquery（library(GEOquery) ） 里面的getGEO 是一个很重要的函数。功能：从GEO数据库下载数据。返回值：GDS/GSE/GSM/GPL。取决于GEO参数。Gene Expression Omnibus database(GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库包含下面
生物医学数据库： 核酸，变异，表达，蛋白结构，功能，通路，表型，疾病，诊疗，药物实验原始数据(公共数据)：
1KG：目标是发现人群中频率大于1%的变异位点。下载
GEO：GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。GEO数据库是一个储存芯片、二代
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2023-07-11 20:46:33
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为了支持公共使用和散布基因表达数据，NCBI开始了基因表达汇编(GEO)计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自microarray，高密度寡核苷酸array(HAD)，杂交膜(filter)和SAGE的许多类型的基因表达数据都被接受，登记，和存档，作为一个公共数据集合。一系列预先计算的数据的定义和描述，以及用于交互检索和分析这些表达数
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2023-09-06 14:39:30
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Geodatabase是ESRI公司在ArcGIS8引入的一个全新的空间数据模型，是建立在关系型数据库管理信息系统之上的统一的、智能化的空间数据库。它是在新的一体化数据存储技术的基础上发展起来的新数据模型。实现了Geodatabase之前所有（包括Coverage\shape）空间数据模型都无法完成的数据统一管理，即在一个公共模型框架下对GIS通常所处理和表达的地理空间特征如矢量、栅格、TIN、网
NCBI于2000年发起的基因表达汇编(GEO)计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。GEO主要包含各种芯片数据，也有少部分测序数据，与TCGA的差别在于TCGA只包含人的数据，而GEO是多物种的，GEO上有各种平台的数据，而TCGA只有测序数据，芯片数据的数据量较小，而TCGA的测序数据数据量较大。GEO提供的数据类型Series: 多个样本
GEO数据挖掘1. GEO数据库简介2. 数据下载3. 数据质量检查4. ID转换5. 数据探索5.1 PCA分析5.2 hclust聚类5.3 limma包进行差异分析5.3.1 热图5.3.2 火山图5.4 GO and KEGG 生信菜鸟一枚，记录下学习生信技能树GEO数据挖掘相关视频的学习笔记。1. GEO数据库简介NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个
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2023-08-16 18:03:32
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TCGA是什么 TCGA：The Cancer Genome Atlas Program，癌症基因组图谱计划。TCGA存储了哪些信息临床样本信息：Biospecimen Clinical测序数据：RNA sequencing MicroRNA sequencing DNA sequencing SNP-based platforms Array-based DNA methylation sequ
初始化创建数据库连接var db *sql.DB //这里注意,要是用sql.DB的指针形式.
func initDB() (err error) {
dsn := "root:yaochizaocan@tcp(192.168.11.236:3306)/go_test" //用户名==>密码==>连接方式==>地址==>端口号==>数据库名称
db, err =
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2023-09-20 16:48:33
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上一节记录了如何下载数据，这一节学习id转换，主要是探针对应到symbol，其中表达矩阵的行是探针id，列是样品id，ids的列是探针id和symbol，我们的目的是利用探针id，将二者对应起来。1.如何从对象提取表达矩阵按照上一篇文章getGEO方式下载下来的GSE是一个对象，数据类型是list，里面存放着很多信息。 利用str(gse1009) 可以发现这是一个列表，则可以用gse1009[[
欢迎关注”生信修炼手册”!GEO是一个国际化的开源项目，允许研究者提交自己的数据到该数据库，在世界范围内公开
原创
2022-06-21 09:18:44
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【数据库】SRA数据库介绍及数据下载1. SRA数据库介绍(1) SRP开头的ID：PRJNA = SRP(2) PRJNA开头的ID：SAMN = SRS(3) SRX开头的ID(4) SRR开头的ID2. SRA数据的下载(1) 使用Aspera Connect 软件下载(2) 使用sratoolkit中的prefetch命令下载(3) 使用SRA Explorer下载(4) 使用wget直
Python语言特性 1 Python的函数参数传递看两个例子: a = 1
def fun(a):
a = 2
fun(a)
print a # 1 a = []
def fun(a):
a.append(1)
fun(a)
print a # [1] 所有的变量都可以理解是内存中一个对象的“引用”，或者，也可以看似c中void*的感觉。通过id来看引用a的内存地址可以比较
【生信技能树】GEO数据库挖掘P5 4 ID转换技巧大全【方法1】本章接导入，利用read.table函数导入gz文件后是一个data.frame# 根据情况设置分隔符啥的
a=read.table('GSE42872_series_matrix.txt.gz', sep = '\t',quote = "", fill = T,
comment.char = "!
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2023-08-25 16:09:48
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一、GEO数据库简介 GEO全称Gene Expression Omnibus data base，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页，All Databases下拉框中选择GEO DataSets)。收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。2000年开始建立的时候，主要是表达芯片数据，但是之后
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2023-07-11 20:42:07
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应该说，数据库编程是任何编程语言都有提供的基础功能模块，无论是编程语言内置的支持，还是通过外部库来实现；当然啦，不同编程语言提供的数据库编程API是不尽相同的，而且需要支持的数据库也是多种多样，如常用的MySQL，SQLServer,Postgres等数据库。抛开其他编程语言不谈，在这篇文章中，我们就来聊一聊Go语言数据库编程的那些事，了解如何使用Go语言提供的标准库，编写通用的操作数据库的代码。
# R语言与Geo数据库的融合应用
在当今的数据驱动时代，地理信息系统（GIS）已成为研究和分析空间数据的重要工具。R语言因其强大的数据分析能力和丰富的可视化功能，逐渐成为处理地理数据的热门选择。本文将介绍R语言在Geo数据库中的应用，并通过代码示例和可视化工具加以说明。
## Geo数据库简介
Geo数据库是一种用于存储地理信息的数据库，支持处理和查询空间数据。常见的Geo数据库包括Pos
Go基础之--操作Mysql(一)
关于标准库database/sqldatabase/sql是golang的标准库之一，它提供了一系列接口方法，用于访问关系数据库。它并不会提供数据库特有的方法，那些特有的方法交给数据库驱动去实现。database/sql库提供了一些type。这些类型对掌握它的用法非常重要。DB数据库对象。 sql.DB类型代表了数据库。和其他语言
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2023-08-12 14:06:44
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R语言是一种流行的统计分析和数据可视化工具，广泛应用于各个领域的数据处理和分析。在生物医学领域，GEO数据库是一个非常重要的资源，提供了大量的基因表达数据，可以帮助研究人员深入了解基因的功能和调控机制。本文将介绍如何使用R语言来处理GEO数据库。
首先，我们需要安装和加载一些必要的R包，以便能够在R中访问和处理GEO数据库的数据。我们可以使用以下代码来安装和加载这些包：
```R
instal
